藤原高子出生於承和9年(842年)，爲家中次女。父爲時任從四位下藏人頭的藤原長良，母爲藤原乙春。出生的同年朝廷發生了被稱爲“承和之變”的政變，高子出身的藤原氏在這次政變中成爲最大贏家，爲將來開創攝關政治打下基礎。
高子的父親長良雖然是其父親藤原冬嗣的長子，但在兄弟之中仕途最順的是二叔藤原良房。藤原良房只有一位妻子源潔姬，與妻子之間也只生有一個女兒藤原明子(染殿後)，因此高子的同母兄長藤原基經成爲了二叔的養嗣子。
清和天皇尚在東宮時，高子以女官的身份出仕於皇太后藤原順子(五條後)的宅邸。貞觀元年(859年)9歲的清和天皇即位，在一代天皇只舉行一次的大嘗祭上，高子被選爲五節舞的舞姬，並敘從五位下。之後高子可能轉而出侍清和天皇之母侍奉染殿後藤原明子，因此得以經常出入宮廷，是以在清和天皇元服兩年後於貞觀8年(866年)入內，當時高子24歲，清和天皇16歲。貞觀8年(866年)12月，高子獲封女御，九年，晉位正五位下。與清和天皇之間生有貞明親王(陽成天皇)、貞保親王、敦子內親王等二男一女。貞觀11年(869年)，晉從四位下 ，貞觀13年(871年)，又晉從三位。
清和天皇的后妃很多，其中“有專房寵”的是和高子差不多同時入宮的堂姐妹藤原多美子，她是高子的三叔藤原良相的女兒。高子的哥哥藤原基經也將兩個非嫡出的女兒賴子、佳珠子送入了清和天皇的後宮，其他還有很多皇族的女王和源氏出身的女御、更衣等。值得一提的是在原業平的侄女在原文子也是清和天皇的後宮之一。
貞觀18年11月29日(876年12月18日)，清和天皇讓位於年僅9歲的皇太子貞明親王，高子由此成爲天皇之母，封皇太夫人，稱中宮。
成爲國母時，兒子陽成天皇尚年幼，政權由高子與清和太上皇、攝政藤原基經共同輔佐。不久後清和太上皇於元慶4年12月4日(881年1月7日)駕崩，高子與兄長藤原基經之間漸生嫌隙。清和天皇去世後不久是高子的四十大壽，但因天皇駕崩，因此推移到了第二年即元慶六年(882年)三月舉辦。陽成天皇設宴清涼殿，王公貴族皆列席，更衣在原文子所生皇子貞數親王獻上了蘭陵王之舞，高子通過重用在原文子母子，表達了親近在原氏的態度。
同元慶六年(882年)，陽成天皇加封母親高子爲皇太后。按照日本的禮法，非前任天皇正配的天皇之母只能封爲皇太夫人而非皇太后。但孝子之心、外戚勢力的膨脹以及仁明、文德、清和三天皇都未正式冊立皇后，使這一禮法未能嚴格遵守。因此文德天皇的母親藤原順子、清和天皇的母親藤原明子都在冊立皇太夫人不久後，又晉皇太后，高子也不例外。
元慶7年(883年)11月，據《日本三代實錄》記載，陽成天皇在宮中殺害了自己的乳母紀全子的兒子源溢。前所未聞的天皇在宮內殺人事件成爲藤原基經逼迫陽成天皇退位的理由，因此，陽成天皇自稱生病於元慶8年2月4日(884年3月4日)下詔退位，時年僅15歲。陽成天皇成爲太上皇后，高子仍稱皇太后。母子二人被迫遠離政治，皇統改由陽成天皇的叔公、仁明天皇次子時康親王繼承，是爲光孝天皇。
寬平八年(896年)，54歲的藤原髙子因爲被懷疑與自己創建的東光寺的座主善祐私通而被廢除了皇太后的地位。但是4天后，朝廷又給了她四百戶的封戶。這是光孝天皇的兒子宇多天皇時代的事。宇多天皇退位由其子醍醐天皇即位後，高子在延喜10年3月24日(910年5月6日)薨，享年68歲 。
天慶6年5月27日(943年7月2日)，在高子已死去33年、皇位已輪到醍醐天皇的兒子朱雀天皇繼承時，高子的皇太后稱號終得恢復。
恢復皇后的詔書，由菅原文時所作，《本朝文粹》收錄，全文如下：
詔。朕以菲虛，忝嗣鴻業。思施德義之政，以致治理之風。元慶皇太后，在昔停徽號，稱前皇太后。椒庭之月長閒，芝砌之霜多改。未及渙汗，早斷德音。往事在耳，朕猶慟焉。故追複本號，以慰芳魂。青苔故宮，縱無增光於雨露之影，白楊荒隧，庶更變風於山陵之聲。普告天下，俾知朕意。主者施行。
