整個拉辛領導的農民戰爭分爲四個階段。
第一階段(1667-1669年)拉辛進軍伏爾加河和裏海以及與此有關的事件，屬於第一階段。就其形式和目的而論，這次進軍無異於哥薩克搶劫財物的“掠奪性”遠征，但俄國南部和東南部階級鬥爭急劇高漲，從根本上改變了進軍的內容和規模，使哥薩克的軍事行動大都具有反政府和反封建性質。
除1667年春在頓河上游由哥薩克下層和逃亡農民組成的拉辛部隊(人數有時超過2000人)之外，亞伊克哥薩克軍、射擊軍，還有頓河哥薩克的一些較小的隊伍、奴僕和逃亡農民也參加了起義運動。這些隊伍有些是單獨行動，其餘皆投奔拉辛。
1667-1669年，起義軍在與政府軍進行武裝鬥爭過程中，明顯地表現出他們的階級傾向：他們處決地方行政官吏、沙皇軍隊的指揮官員、封建主和富商，分發他們的財產，開獄釋放囚犯等。在軍事方面有三點十分重要，在1667-1669年的軍事行動中，起義軍骨幹已經形成，選拔了起義軍各級首領，並籌備進軍俄國腹地所必需的物質和軍事資源。取得了與政府軍大部隊作戰和奪取伊朗拉什特、法拉哈巴德以及古裏耶夫等要塞的經驗。
拉辛於1669年11月返回頓河，在頓河岸邊卡加利尼克鎮附近一個島上安營紮寨開始下一步軍事行動的準備工作。
第二階段(1670年年初-1670年9月初)
這個階段斯洛博達烏克蘭和扎波羅熱極端貧窮的(“赤貧”)哥薩克、農民和俄國南部和中部各縣的逃亡農民、市民、奴僕，紛紛投奔到拉辛起義軍。1670年春，拉辛實際上奪取了頓河地區的政權，鎮壓了哥薩克縉紳和富裕哥薩克的抵抗。拉辛處死沙皇派赴頓河刺探起義部隊意圖的使臣葉夫多基莫夫，是公開反政府的行動。拉辛主動與扎波羅熱賽切和右岸烏克蘭的督軍多羅申科保持聯繫。1670年5月初，拉辛的部隊移防潘申鎮，烏斯派重兵投奔其麾下。進軍“羅斯”的準備工作已經就緒。拉辛在全體大會上提出了給“黎民百姓”自由，殺“亂臣賊子——貴族、督軍和衙門官吏”的口號，作出了“進軍伏爾加，再取羅斯”的決定。
1670年5月14日，起義軍(7000多人)進至伏爾加河察裏津(今伏爾加格勒)附近，5月15日包圍察裏津要塞。市民和當地射擊兵士把該城獻給了起義軍。接着，起義軍又擊敗了前來增援貴族、督軍的莫斯科射擊軍的一支大部隊。但是，位於後方的阿斯特拉罕尚未奪取。起義軍大會決定奪取該城，遂將溯河而上進軍羅斯，推遲到農民收完莊稼之後進行。拉辛爲確保起義軍基地察裏津，保障與頓河的聯繫暢通，併爲日後沿伏爾加溯河北上，留一支相當大的守軍(約2000人)防禦察裏津。拉辛率大部起義軍(7000人，由頓河流域的起義軍、伏爾加河流域的“普通”工人和察裏津市民和射擊兵組成)，乘船南下阿斯特拉罕。騎兵則由舍盧佳克大尉、葉列梅耶夫大尉率領沿伏爾加河岸的山地開進。
6月6日，起義軍在黑亞爾附近與利沃夫公爵的沙皇軍隊(約5000人)遭遇。拉辛派哥薩克乘8艘平底船前往偵察，主力隱蔽待機，迫敵投入戰鬥。戰鬥剛一開始，大部分射擊兵和士兵即倒戈投到起義軍方面，幾乎所有的軍官均被處死。射擊兵大量投奔起義軍，爲沙皇部隊公開加入起義奠定了基礎。黑亞爾之戰對拉辛領導的農民戰爭以後的發展有着重大意義。
6月19日，拉辛部隊兵臨阿斯特拉罕城下。督軍普羅佐羅夫斯基公爵拒絕了交出該城的建議。爲攻取該城。拉辛將起義軍分兵八路，由拉辛和烏斯分頭率領。起義軍主力在庫圖莫夫卡河畔集結，等候夜幕降臨。起義軍(8000-1萬人)與盼望着拉辛解救他們的當地居民取得聯繫，遂於6月21日夜間開始對堅固的要塞(有兩道石砌圍牆、要塞炮500餘門、守軍1.2萬人)發起攻擊。由於社會下層羣衆(城市貧民和“普通”工人)的積極支援，6月22日午前要塞即被攻克。相當多的普通射擊兵和工商平民沒有對拉辛的起義軍進行抵抗。根據有阿斯特拉罕居民參加的起義軍大會的判決，許多行政官吏、督軍、貴族被處死，他們的財產被沒收、分掉。起義軍焚燬沙皇公文卷宗，並建立以烏斯和起義軍及當地居民代表爲首的哥薩克式的市政自治機構。
7月，起義軍積極改編和補充部隊，準備北征，吸收缺乏軍事素養的“普通”工人和“流浪人”以及阿斯特拉罕的射擊兵和市民參加起義部隊，以接替留守阿斯特拉罕的老拉辛起義軍戰士爲核心的守軍(2000人)的防務。起義軍編爲千人團、百人隊、十人隊。當開出阿斯特拉罕時，部隊總兵力爲1.1-1.2萬人，其中約8000人裝備火器，其餘均使用冷兵器(鏢槍、馬刀)，炮兵裝備波斯遠征遺留的火炮和起義軍在黑亞爾附近繳獲的野炮。起義軍彈藥充足，多爲在阿斯特拉罕繳獲的彈藥。
1670年7月，起義軍開始沿伏爾加溯河北征。8月4日抵達察裏津，當日召開起義軍大會，最後通過以主力沿伏爾加河遠征莫斯科的計劃(原定入冬前攻下喀山)，並擬定了從頓河上游和斯洛博達烏克蘭實施輔助突擊的計劃。
8月7日，起義軍(1萬人)由察裏津出發，8月15日兵不血刃進入薩拉托夫，市民捧着麪包和食鹽熱情迎接起義軍，一週後，進佔薩馬拉。9月4日，起義軍進抵辛比爾斯克(今烏里揚諾夫斯克)。該城是由鹿砦防線環繞的堅固要塞。米洛斯拉夫斯基率4500人(包括莫斯科射擊兵、當地射擊兵、莫斯科精銳團士兵、當地封建武裝，工商平民除外)在此設防。8月31日，巴里亞京斯基公爵率騎兵部隊(2個僱傭騎兵團和伏爾加河流域各縣的封建民團)，由薩蘭斯克馳援該城，配合守軍作戰。9月6日，部分射擊軍士兵和工商平民把起義軍放進辛比爾斯克的尖柱城堡。巴里亞京斯基企圖奪回尖柱城堡，但未得逞。拉辛部隊幾乎全殲撤向喀山退卻的巴里亞京斯基的部隊，並攻佔辛比爾斯克大部，包圍了躲藏着頗大一部分守軍(近4000人)的內城。但4次強攻均未奏效，牽制了拉辛軍隊主力。
第三階段(1670年9月初-1671年2月)
這時，起義已擴展到伏爾加河中游地區、扎沃爾日耶、坦波夫地區和斯洛博達烏克蘭的廣大地區，這些都是封建土地所有制比較發展的地區。同時，俄羅斯中部許多縣(圖拉、葉弗列莫夫等縣)也有小股起義軍活動。農民騷動已席捲俄羅斯中部、烏拉爾和西西伯利亞的許多縣份。拉辛呼籲給黎民百姓自由的“具有誘惑力的文告”傳遍了全國各地直至西部邊界各縣，階級鬥爭已達到白熱化程度，城鄉普遍建立了哥薩克式的自治機構。
起義軍奪取了約25座要塞。截至10月中旬，伏爾加河中游地區的絕大多數城市皆處於起義軍控制之下。他們與沙皇討伐軍進行40餘次大規模戰鬥。數千俄羅斯農民、奴僕、中下層市民、“招募”公職人員、伏爾加河流域各族人民(摩爾多瓦、韃靼、楚瓦什、馬裏等族)參加戰爭，決定了這場戰爭具有階級鬥爭的性質。並涌現出許多有才幹的軍事首領(如阿爾馬凱、博利亞耶夫、卡拉丘林、穆馬林等)。
鎮壓農民戰爭需要動員大批軍隊。多爾戈魯科夫公爵統率的討伐軍編有精銳部隊——莫斯科團、僱傭騎兵團、龍騎兵團、精銳步兵團、莫斯科射擊軍6個團、莫斯科城郊和烏克蘭各縣貴族義勇軍、斯摩棱斯克貴族武裝。1671年1月，對起義軍作戰的軍隊共有3.2萬餘人。
1670年9月15日，巴里亞京斯基公爵率大批軍馬(“外國編制”騎兵和步兵、炮兵)由喀山出發馳援辛比爾斯克內城被圍沙皇軍隊，沿途與起義軍交戰4次，直至10月1日才逼近辛比爾斯克。
1670年秋，許多起義隊伍在伏爾加河流域活動。9月16日，奧西波夫的部隊攻佔了阿拉特里，接着又攻佔了庫爾梅什、亞德林和瓦西里蘇爾斯克諸城。這時，哈里東諾夫和其他統領的部隊在辛比爾斯克以西活動。9月19日，他們攻克薩蘭斯克，接着又佔領奔薩，哈里東諾夫與費多羅夫兩軍在此會合。10月，起義軍連克納羅夫恰特、上洛莫夫、下洛莫夫，克連斯克、捷姆尼科夫和卡多姆，幷包圍集中在沙茨克地區守衛通往莫斯科要道的大量沙皇部隊。鄰近各縣也爆發起義。起義軍經10天圍攻，佔領馬卡里耶夫修道院。起義烽火席捲了下諾夫哥羅德、庫爾梅什、亞德林、齊維利斯克和切博克薩雷各縣。10月1日，伊萬諾夫(舒姆利夫)領導的起義軍佔領科濟莫傑米揚斯克，在此建立了波諾馬廖夫部隊，他們在伏爾加河中下游左岸林區(加利奇縣)點燃了武裝鬥爭的烈火。在這種情況下，多爾戈魯科夫公爵討伐軍(9月26日)被迫在阿爾扎馬斯停止前進，在那裏，發起攻擊的起義大軍從四面八方包圍了多爾戈魯科夫部隊。但由於沙皇軍隊在武器裝備和軍事素質上居優勢，各起義部隊行動又不協調，致使起義軍於9月底至10月初在阿爾扎馬斯附近連續4次交戰皆遭失敗。
9月末，在辛比爾斯克附近就連拉辛率領的起義軍主力內部亦發生了重大變化：兵員數額雖有增加(超過2萬人)，但戰鬥素質卻大爲下降。經驗豐富、裝備精良的士兵大量減員，所補新兵(俄羅斯農民、市民、奴僕、以及伏爾加河流域各族新兵)，既無武器裝備，又缺乏實戰經驗和組織紀律。堅定的階級意識和英勇頑強的戰鬥精神只能部分地彌補軍事訓練上的不足。
10月1日，起義軍與進抵辛比爾斯克的巴里亞京斯基公爵部隊接觸，初戰順利，但因沙皇軍隊炮兵居於優勢而終遭失敗。戰鬥中拉辛兩處負傷(頭部和腳部)，一度使起義軍軍心渙散。結果巴里亞京斯基攻進辛比爾斯克，於10月3日與米洛斯拉夫斯基會合。當日傍晚，政府軍合擊在尖柱城堡設防的拉辛部隊。起義軍用一部兵力擊退敵軍進攻，夜間突然調動精銳部隊強攻內城。然而沙皇軍隊於10月4日在辛比爾斯克城下最後挫敗起義軍。拉辛部隊乘船沿伏爾加順河而下，撤至頓河對岸。
10月14-17日，沙茨克附近發生激戰，其他起義部隊也被擊潰。10月22日，在穆拉什基諾(下諾夫哥羅德縣)一戰，儘管起義軍英勇抵抗，最終仍然戰敗。
10月底，沙皇軍隊在多爾戈魯科夫統一指揮下轉入進攻。辛比爾斯克解圍後，巴里亞京斯基部隊直搗辛比爾斯克防線。11月，沙皇軍隊經數次大規模戰鬥，佔領阿拉特里。政府軍向薩蘭斯克推進途中多次與起義軍進行激戰，1個月後才奪取該城。巴里亞京斯基公爵部隊在喀山西北對起義軍作戰，起義軍所佔城市務需強攻方能奪取。11月，起義軍企圖在這一地區轉入進攻，重新佔領科濟莫傑米揚斯克。直至12月，政府軍纔在蘇拉河和伏爾加河之間的重要中心地帶挫敗起義軍的抵抗。11-12月，多爾戈魯科夫主力先後將捷姆尼科夫和卡多姆兩縣起義鎮壓下去。希特羅沃部隊由沙茨克向克連斯克推進。12月13日，沙皇軍隊在伏爾加河中下游左岸地區追上並擊潰了波諾馬廖夫部隊，12月20日，起義軍在伏爾加河中游地區的最後一個堡壘奔薩陷落。
在這一時期，起義席捲了坦波夫一帶地區，而且持續時間最長。1670年9月，起義軍首次包圍坦波夫。10月，梅謝里亞科夫率坦波夫士兵和哥薩克舉行起義，再次包圍坦波夫。11-12月初，起義軍第3次強攻該要塞。沙皇軍隊重兵來援，迫使起義軍退入森林。哥薩克部隊由霍皮奧爾河趕來增援。12月4日，起義軍巧妙設伏，一舉擊潰政府軍先遣部隊2000人，並再度包圍坦波夫。到1671年1月底，多爾戈魯科夫派重兵力馳援該城，才使沙皇軍隊處於優勢地位。2月3日的一場激戰中，起義軍徹底失敗。清剿伏爾加河流域農民戰爭策源地的軍事行動一直持續到1671年春。
斯洛博達烏克蘭武裝鬥爭的規模較小。9月9日，科爾切夫率一支不大的起義部隊佔領奧斯特羅戈日斯克，爾後在該市軍民幫助下，又佔領奧利尚斯克。幾切爾卡舍寧部隊沿北頓涅茨河北征進展順利。10月，起義軍依靠鹽場“普通”工人和烏克蘭普通哥薩克連克莫亞茨克、察廖夫-鮑裏索夫、茲米耶夫、丘古耶夫等要塞。科薩戈夫重兵討伐以及當地哥薩克縉紳相繼背叛，迫使起義軍退卻。11月初，他們在莫亞茨克附近遭到慘敗。至1671年春，此地的起義軍被鎮壓下去。據不完全統計，討伐軍殺害1.1萬餘人。許多村鎮被夷爲平地。
第四階段(1671年3-11月)
此時起義軍仍控制伏爾加河下游地區和頓河流域部分地區。拉辛的失敗使哥薩克縉紳公開採取敵對行動，促使動搖不定的哥薩克轉到他們的陣營。1670年12月，拉辛的擁護者在切爾卡斯克被殺，拉辛在卡加利尼克鎮的駐地亦遭襲擊。政府向頓河哥薩克縉紳許諾：如交出斯捷潘·拉辛和弗羅爾·拉辛兄弟二人並積極參加鎮壓起義，就可得到寬恕。1671年4月，由於以軍事統領雅科夫列夫爲首的哥薩克諸縉紳的部隊進行第二次征討，拉辛被俘，並被押赴莫斯科，經法庭刑訊和審判，於1671年6月6日被處死。
然而，軍事行動仍在繼續着。1671年5月，舍盧佳克和康斯坦丁諾夫率起義大軍由阿斯特拉罕出發再次北征。起義軍對辛比爾斯克進行3次強攻，均未奏效，6月初返回阿斯特拉罕。8月底，沙皇軍隊(近3萬人)包圍阿斯特拉罕。儘管糧彈不足，起義軍民仍英勇抵抗達3個月之久。城防首領舍盧佳克談判時受騙被扣，沙皇許諾寬恕起義軍民，因而阿斯特拉罕纔在11月27日不戰而降。沙皇政府卻未履行自己的諾言，從1672年夏開始刑訊和屠殺起義軍民。
最初，沙皇政府低估拉辛起義的力量和規模，只派少量軍隊去鎮壓。在起義軍節節勝利，戰爭擴展到伏爾加河中游地區和斯洛博達烏克蘭後，政府才動員和投入大批軍隊鎮壓起義軍。沙皇軍隊在軍事學術上的表現，是力圖在起義軍主要突擊方向造成兵力兵器優勢。在同起義軍作戰中，沙皇軍隊的指揮官採取了極端殘酷的鎮壓手段。例如根據督軍們的指令，在戰場大批殺害俘虜。
