葉爾羌汗國是中國明朝新疆建立的伊斯蘭教地方政權，建立者蘇丹賽依德汗是察合臺後裔、東察合臺汗國滿速爾汗的三弟，即蒙兀兒人。史籍稱“蒙兀兒汗國”、“喀什噶爾汗國”、“賽依德汗國”等。《明史》對新疆各地政權統稱“地面”。因首府爲葉爾羌(今莎車)，故名。統治者均系察合臺後裔。轄地爲“阿爾蒂沙爾”(即六城：喀什噶爾、葉爾羌、于闐、英吉莎、阿克蘇、烏什)，盛時包括吐魯番、焉耆和費爾干納。1514年建國到1680年亡，凡166年，歷11代汗的統治。境內居民爲維吾爾族、柯爾克孜族等。居民從事農、牧業。遜尼派爲國教。東察合臺汗國的第12任汗阿黑麻在位時，把都城設在吐魯番。他死前，長子滿速兒在吐魯番即位，成爲東察合臺汗國的第13任汗。
15世紀初，在烏茲別克人大舉南下征服河中(阿姆河與錫爾河之間)的形勢下，帖木兒王朝和東察合臺汗國均陷於分崩離析的境地。1514年春，流亡在喀布爾的察合臺后王賽依德汗召集舊部5千人馬，從費爾干納進攻南疆，擊潰南疆統治者杜格拉特部埃米爾阿巴拜克所率5萬軍隊，乘勝追擊至巴達赫尚(巴達克山)，殺阿巴拜克，盡據六城，同年6月登上汗位。
葉爾羌汗國建立之後，在原東察合臺汗國境內出現了兩個政權並存的局面，即佔據喀什噶爾、阿克蘇、和田等南疆大部分地區的葉爾羌汗國，以及佔據吐魯番、哈密的滿速兒汗政權。1543年，滿速兒汗死，子沙汗繼位。後來，沙汗死於一次與瓦剌的戰鬥中。葉爾羌汗國的第三代汗阿不都克里木(熱西德汗的次子) 乘機出兵佔領了吐魯番、哈密等東部地區，結束了自東察合臺汗國中期以後向陽地(南疆)分爲東西兩部的局面，實現了統一。
在熱西德汗與阿不都克里木汗統治時期，葉爾羌汗國進入了鼎盛階段。汗國的奠基者賽依德汗採取了一系列寬容措施，使得在東察合臺汗國時期屢遭破壞的經濟取得了一定程度上的恢復，他的兩位繼任者繼承了這些政策，使得汗國經濟取得了進一步發展。在這一時期，喀什噶爾、和田、阿克蘇重新拓展成爲商貿繁榮的城市，首都葉爾羌的這些地區的綠洲農業也得到了恢復與發展。新疆各族人民的文化生活此時也取得了重大進步，維吾爾傳統藝術“十二木卡姆”在熱西德汗時期由汗妃阿曼尼莎汗主持整理成型，成爲一個體系。
葉爾羌汗國後期，陷入嚴重的教派鬥爭之中，最後甚至導致準噶爾入侵而亡國。早在阿布都克里木汗時期(16世紀60年代至90年代初)，伊斯蘭教的“和卓”一派即開始進入葉爾羌汗國。阿布都克里木汗之子馬黑麻汗繼位以後，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國內迅速發展。稍後，白山派也進入該國，要求分享黑山派的權力。兩派之間的矛盾越來越尖銳，甚至發生血腥廝殺。1670年(清康熙九年)，黑山派擁立伊思瑪業勒爲葉爾羌汗。伊思瑪業勒汗鎮壓白山派。白山派首領阿帕克和卓經克什米爾逃往西藏。後來他假借達賴五世介紹的名義，前往準噶爾勾結渾臺吉噶爾丹。噶爾丹於1678年(康熙十七年)進軍葉爾羌，將伊思瑪業勒汗及其家族俘獲，帶回準噶爾，另立阿帕克和卓爲傀儡國王。葉爾羌汗國亡。
建國
葉爾羌汗國(1514-1680) 的奠基者是察合臺後裔賽依德，他是東察合臺汗國滿速爾汗的三弟，爲爭奪權利，聯合另一兄長赫力烈在伊犁河谷和七河流域發動暴亂反對滿速爾汗，並顛覆了亦力把裏政權。不久，暴亂被滿速爾汗平定，赫力烈被殺，賽依德逃亡到帕米爾高原，並控制了費爾幹盆地。由於在塔里木盆地以南擴張的屢次受挫，他逃往阿富汗的喀布爾城，投奔遠親帖木兒的後裔巴布爾。
1512年，賽依德隨巴布爾的軍隊回到撒馬爾罕城。但1512年，烏孜別克軍隊攻佔費爾幹盆地，巴布爾軍潰敗。賽依德再次進入塔里木盆地南緣。
1512年秋，賽依德率兵攻佔阿圖什，切斷了阿克蘇與喀什的聯繫，圍困了杜格拉部的統治者阿巴拜克。暴君阿巴拜克被困三個月，突圍逃往葉爾羌城。
1513年，喀什、阿克蘇、葉爾羌相繼被賽依德的軍隊攻陷。在葉爾羌城城被攻陷前阿巴拜克讓位給兒子，自己攜大批財寶外逃，他將大批財寶倒入喀浪沽河，企圖拖延賽依德軍隊追擊的速度，但他仍舊在崑崙山被俘，在押往葉爾羌的途中被祕密處死。
1514年9月，賽依德正式稱汗，定都葉爾羌，建立了葉爾羌汗國。
滅亡
隨着東察合臺汗國的衰微，葉爾羌汗國的勢力滲入伊犁河谷和巴爾喀什湖一帶。1516年，滿速爾汗向賽依德稱臣。之後，賽依德相繼征服了巴達克山和帕米爾高原南部的瓦罕地區，並一度深入到今巴基斯坦俾路支地區。隨後賽依德領兵進攻克什米爾，突入克什米爾腹地，並逼近克什米爾都城，但不久遭到當地軍民的反抗，1533年，賽依德撤軍，病死在返回葉爾羌的途中。
汗位的繼承權引發統治階級內部紛爭。汗國宰相陰謀篡權未遂，被賽依德汗的長子拉失德處死。1533年，拉失德成爲葉爾羌汗國的第二代汗。他是一個對文化活動相當重視的君主，葉爾羌汗國進入了文化繁榮期。他在位期間，其妻子阿瑪尼沙罕開始組編《木卡姆》，爲後人留下了寶貴的文化財富。1570年，熱西德死後，其子阿不都克里木繼位。當東察合臺汗國的沙汗戰死後，阿不都克里木趁機出兵佔領吐魯番、哈密等東部地區，重新統一西域。東察合臺汗國就此消失。此時，葉爾羌汗國達到鼎盛時期疆域包括天山南部、巴爾喀什湖以東、以南地區費爾幹盆巴達克山、和瓦罕地區，管轄着祖國西部實際的版圖。
阿不都克里木之後拉失德的五子穆罕默德稱汗。穆罕默德之後，其子艾合買提有過短時間執政。拉失德的九子阿不杜熱依木進軍葉爾羌企圖稱汗，但在阿克蘇遭到打擊，1594年，阿不杜熱依木在吐魯番建立政權統轄東起哈密西至賽拉米(今拜城)之間的塔里木盆地的北緣地區。並一度越過天山，使準噶爾盆地以東的七個小汗國臣服於他。葉爾羌汗國開始分裂。之後，葉爾羌汗國的統治權又回到拉失德汗諸子手中。新可汗是阿不都裏提夫。葉爾羌汗國的衰敗自此開始。他死後，其婿穆罕默德繼位。
1627年，吐魯番統治者阿不杜熱依木之子阿不杜拉繼位。乘其兄弟爭奪吐魯番統治權之機，阿不杜拉帶領葉爾羌汗國軍隊出兵吐魯番，再次統一了葉爾羌汗國，並使哈密市臣服。他任命胞弟蘇里唐爲吐魯番阿奇木，直接行政管轄吐魯番市。接着，他出兵伊犁河谷，在鞏乃斯草原擊敗了準噶爾汗國軍隊，重新控制伊犁河谷和巴爾喀什湖一帶。經過一系列戰爭，葉爾羌汗國再次統一塔什干和費爾幹。葉爾羌汗國大體恢復到賽依德時期的疆域。
1655年，阿不杜拉與清朝建立聯繫。第二年，阿不杜拉向清朝稱臣，並遣使入貢。1665年阿不杜拉朝覲歸途中在印度德里死去。
1665年，阿不杜拉長子堯勒瓦斯繼承汗位，兩年後，堯勒瓦斯被謀殺。其弟司馬依繼位。此時，葉爾羌汗國的統治範圍急劇縮小。塔什干、費爾乾等帕米爾以西地區脫離了葉爾羌汗國。
在伊犁河谷和巴爾喀什湖一帶準噶爾汗國取代了葉爾羌汗國的統治。司馬依的統治勉強維持了十二年。1680年伊善教派的白山派首領和準噶爾可汗推翻了司馬依的統治。賽依德家族的葉爾羌汗國結束了。
葉爾羌汗國從1514年建立，歷經6代、11位汗主政，到1680年被準噶爾部滅亡，存在了166年。
