1867年日本孝明天皇死，明治天皇即位。1868年(戊辰年)1月3日，天皇發佈《王政復古大號令》，廢除幕府，令幕府將軍德川慶喜“辭官納地”。1月8日及10日，德川慶喜在大阪宣佈“王政復古大號令”爲非法。1月27日，以薩、長兩藩爲主力的天皇軍5000人，在京都附近與幕府軍1.5萬人激戰，德川慶喜敗走江戶，戊辰戰爭由此開始。天皇軍大舉東征，迫使德川慶喜於1868 年5月3日交出江戶城，至11月初平定東北地區叛亂諸藩。1869年春，天皇軍出征北海道，於6月27日攻下幕府殘餘勢力盤踞的最後據點五棱郭(在函館市)，戊辰戰爭結束。
戰爭背景
1853年和1854年美國東印度艦隊司令馬修·佩裏(Mathew Perry)准將率領艦隊兩度叩關日本(“黑船事件”)，迫使幕府與美國簽署了不平等的《日美親善條約》(又稱《神奈川條約》)，德川幕府兩百餘年的“鎖國”政策宣告破產，歐美列強以炮艦爲後盾打開了日本的國門，又憑藉不平等條約規定的殖民權益，把日本變成了歐美近代大工業的原料供應地和銷售市場，日本面臨着和同時期其他亞洲國家一樣淪爲西方列強殖民地、半殖民地的厄運。接下來的十餘年間，日本國內“佐幕”和“倒幕”勢力進行了激烈的鬥爭，而德川幕府已經無力挽救民族危機，日漸成爲日本近代化的障礙。
各方態度
即將爆發衝突之時，十五歲的明治天皇雖然沖齡，但已經表現出過人的智慧，受宮中人一致地信服。當時各方對形勢的看法也各不一樣：法國是明確擁護幕府。而英國支持薩、長兩藩，如果幕府能與之合作更好，對大政奉還也贊成。美國荷蘭無意見。宮廷內的討幕派以巖倉具視爲中心，與王政復古派聯合。王政復古派只要幕府肯在形式上奉還政權就已滿足。佐幕派主張公武合體。親幕派是則是德川慶喜的死黨。親法派主張強化幕府。長州藩力主反幕。薩摩藩反幕，但也贊成大政奉還。土佐藩、芸州藩、宇和島藩及越前藩主張大政奉還，但也不反對反幕。會津藩擁護幕府。其中土佐藩主張大政奉還最堅決，土佐藩代表山內豐信的心腹後藤象二郎和阪本龍馬共同提出了著名的《船中八策》(大政奉還案的原稿)。
大政奉還
大政奉還的呼聲剛開始的時候，慶喜根據目前形勢，知道各強藩正虎視眈眈，伺機而動。對付長州藩已經很吃力，所以虛與委蛇，假意同意大政奉還，徐圖再起，或者取實棄名，暫時放棄將軍之名，以觀後變。
山內提出的方案，遠比慶喜想象的要緩和得多。這方案似乎只要慶喜做列藩會議的議長，其他對幕府的態度和要求似乎沒有多大的改變。
英國大使聽到這消息以爲從此幕府一切權限都轉移到天皇，日本將真正成爲以朝廷爲中心的國家。法國大使非常驚訝，立刻召集會議，研判的結果認爲日本如果想要近代化，非將軍莫屬。
天皇密敕
大政奉還案相當緩和，與討幕派有很大的距離。堅持討幕的只有長州藩，其餘的強藩都是兩面贊成，但這時忽然出現了密敕——即天皇的詔書，文曰：
源慶喜，借累世之威，恃闔族之強，妄賊害之忠良，數棄絕王命，遂矯先帝之詔而不懼，躋萬民於溝壑而不顧，罪惡所至，神州將傾覆焉。朕今爲民父母，是賊而不討，何以上對先帝之靈，下報萬民之深讎哉。此朕之憂憤之所在，諒闔而不顧者，萬不可以也。汝宜體朕之意，殄戮賊臣慶喜，以速奏迴天之偉勳，而措生靈于山嶽之安。此朕之願，無敢或懈。
密敕慶喜的大政奉還的奏章同時到達，薩、長兩藩暫時吧密敕收起，靜觀慶喜以後的動向。慶喜接到大政奉還案之後，本想以退爲進，索性把將軍的職位也辭掉。朝廷因此又將討幕行動延期，各公卿很怕會打起仗來，決定召集十萬石以上的諸藩主來京都開會。於是諸藩主中反幕派和擁幕派兩方都調集大軍，形成對峙局面。
導火索
1867年12月19日(陰曆，下同)，佔據京都的倒幕派在15歲的明治天皇的支持下發動宮廷政變，實行“王政復古”，也就是天皇從幕府收回統治權，下令剝奪德川家的將軍之職，廢除幕府制度，緊接着要求德川將軍“辭官納地”即交出統治地區。
戰爭本來就是倒幕派所希望的奪權手段。西鄉隆盛和大久保利通曾表示：“二百餘年太平舊習污染了人心，一旦動起干戈，反使天下耳目一新，中原彌定，構成盛舉。決然一戰，乃是死中求活的着眼點，最爲緊要之務。”
但幕府不甘滅亡，1868年(農曆戊辰年)1月1日，德川幕府發出《討薩表》，以清君側爲名向倒幕派宣戰，次日幕府軍和佐幕各藩的軍隊便開始由大阪出發進軍京都。鑑於兵力上的劣勢，倒幕派依託京都採用戰略防禦態勢。戊辰戰爭爆發了!
