經過
當天夜裏討幕派召開小御所會議，壓倒山內豐信、鬆平慶永等公議政體派，做出要德川慶喜辭去內大臣職務和沒收其領地的決定。倒幕派爲了要找到討幕的藉口，因此,薩摩藩的大久保利通,西鄉隆盛與朝廷公卿巖倉具視便決定於一八六八年一月三日發動政變，由明治天皇宣佈[王政復古]，廢除幕府，並命令德川慶喜辭官，納地。他們知道德川慶喜絕不會交出首長之職位，更不會把德川家所屬的領地納給天皇。於是便可以德川慶喜違抗聖旨爲理由，名正言順地發動討幕之戰。
江戶時代末期，黑船來航之後，圍繞與外國締結通商條約等事，朝廷開始恢復其傳統權威。既出現了倡導幕府和朝廷協作的公武合體派，又出現了反對幕府，甚至主張武力推翻幕府的尊王攘夷派。
基於土佐藩的建議，江戶幕府第15代將軍德川慶喜根據公議政體論，於慶應3年10月14日(1867年11月9日)上奏明治天皇，提出大政奉還，翌日獲得敕許，將260年來由德川幕府掌握的政權返還朝廷。其目的被認爲是使討幕失去名分，而德川家將作爲政治中樞繼續掌握實權。
朝廷爲了創設新的公議政體，下令德川家一門的德川慶勝和鬆平慶永，薩摩藩的島津久光，土佐藩的山內豐信，宇和島藩的伊達宗城，廣島藩(安藝藩)的淺野長訓，肥前藩的鍋島直正，岡山藩的池田茂政(德川慶喜的親弟弟)上洛(去京都)。公家的巖倉具視和薩摩藩的大久保利通等討幕派準備通過政變，阻止親德川派的攝政二條齊敬和賀陽宮朝彥親王建立德川中心的政府。大久保利通等人決定不理睬薩摩長州兩藩10月21日下達之延期執行討幕密敕的命令，締結了薩摩、長州、安藝三藩出兵同盟。實行王政復古的日期原定於12月8日(1868年1月2日)，由於土佐藩後藤象二郎的要求而延期一日。
12月8日(1868年1月2日)夜，巖倉具視在自宅召集薩摩、土佐、安藝、尾張、越前等藩重臣，宣言斷然實行王政復古。翌日，召開了舊體制下的最後一次朝議，決議恢復長州藩主毛利敬親、毛利定廣父子的官位，允許其進京;解除巖倉具視的蟄居和出家處分;赦免八月十八日政變後逃往九州的五卿(原七卿中錦小路賴德已病故，澤宣嘉逃亡)。衆朝臣退出之後，正在待機的薩摩等5藩軍隊控制了京都御所(皇宮)的九門，並嚴格限制通行，禁止攝政二條齊敬和賀陽宮朝彥親王進宮，剛剛被赦免的巖倉具視進宮參見。隨後，天皇在御所內學問所發佈了“王政復古的大號令”。當天，在京都御所內的小御所進行了第一次總裁、議定、參與三職會議，稱爲小御所會議，要求德川慶喜辭去內大臣官職並削封德川家領地。
結果
一月二日九時左右，薩摩、尾張、越前及安藝的藩兵浩浩蕩蕩地前往各處宮門，要求接受警衛工作，原先駐守在宮門的會津及桑名藩兵見對方來勢洶洶，只好撤離宮門。到了下午所有接到天皇召令的公卿，藩主、志士都齊集在宮廷後,明治天皇宣讀由大久保利通，巖倉具視等人聯合草擬的[王政復古]文案，到了晚上第一次三職會議正式召開,經過長時間的辯論，終於達成了命令德川慶喜辭官,納地的決議，並由鬆平慶永及德川慶勝二人到二條城說服德川慶喜主動辭官，納地。德川慶喜眼見自己在京都兵力不足，只好假裝同意會議的決定，但須與老中們商量過後纔可答覆朝廷。另一方面爲了避免與倒幕派在京都發生武力衝突，德川慶喜只得暫時率兵前往大阪。因此，1868年1月27日(應慶4年1月3日)發生鳥羽、伏見之戰。這次戰役勝利後，新政權1868年2月8日(應慶4年1月15日)向外國宣佈“王政復古”，並逐步完善它的建設工作。
影響
作爲近代東亞最爲著名的兩個君主，明治和光緒截然不同的命運一直是中國知識分子的心結。因爲，就在相同的年代，日本由此鹹魚翻身，超越中國成爲世界強國，而中國，則積貧積弱了百餘年，至今不敢說“強”。與中國的百年鉅變相比，日本似乎是一夜之間完成現代化轉型，而且，是在“王政復古”“尊皇攘夷”等看似落後的政治口號中完成的。同樣有意思的是，山岡莊八的這本歷史傳記小說《明治天皇》將開卷的重點放在了明治即位之前的孝明天皇時代，看來，作者似乎更有史家的野心——英雄的誕生，總是時勢使然。
幾乎是和中國的鴉片戰爭同時，美國軍艦造訪日本，要求日本開港通商，其後還有英、法、荷的軍艦虎視眈眈，在目睹了中國鴉片戰爭的慘敗後，幕府便意識到了“船堅炮利”的威力，其“武家天下”的政權也自然開始出現危機。與當時的中國一樣，當時大多數保守的日本人紛紛反對開港通商，並由此提出“尊皇攘夷”，其後，伴隨着“黑船來航”的陰影，各藩的武士分爲“尊皇”與“佐幕”，展開激烈對抗——“安政大獄”、“櫻田門外之變”、“和宮下嫁”、“寺田屋騷亂”等一系列事件幾乎是環環相扣，不可避免。
在一場統治危機來臨之際，即便是一向高高在上的日本皇室，也同樣難以倖免。面對各藩武士的質疑與騷亂，強行與西洋列國開戰，日本免不了被人四分五裂(國土人口強大許多的中國就是一例)，如何“師夷長技以制夷”，如何以退爲進，以時間換空間，纔是切實可行的良策。所以，將一些只喊口號的愛國志士暫時囚禁，將部分激進分子調離崗位——在某種程度上，皇室和幕府都意識到了外患下的內憂同樣可怕：大老井伊也正是因爲堅持這樣的主張被愛國志士所殺害，直到他派往美國的使者回日本開辦第一個現代化造船廠，人們纔開始重新審視他的價值。
應該說，幕府與皇室都屬於能理性看待這場戰爭全局的人，所以，孝明天皇在巖倉具視的勸說下，同意“和宮下嫁”，試圖建立“公武合一”的政體，以便整合日本離散的民心，全民一心，以免亡國滅種。然而，在野的藩邦和武士卻不是處在他們的位置，沒有他們的深謀遠慮，卻也有他們沒有的一腔熱血，以及不怕犧牲的膽略，更重要的是，武士也無需像政府那樣瞻前顧後，自然，暴力暗殺就一浪高過一浪——大老井伊死在自己門口，而襲擊他的武士也先後被處死;寺田屋中，薩摩與長州的武士試圖舉事，也先後被自家的家主鎮壓。畢竟，在領袖看來，舉兵造反不能一時意氣用事，需要的是實力。
歷史很快就驗證了幕府與皇室的判斷——長州的武士與西洋軍艦開戰，大敗而歸，薩摩的武士與英國軍隊開戰，同樣一敗塗地。匹夫之勇難以勝過船堅炮利，然而，最重要的是，日本民族的精氣神卻在這場戰爭中得到了磨練，失敗並不可怕，在某種程度上，勝利就是以失敗爲階梯築成的。這兩場戰役的失利，使得全體日本人都明白，愛國、勤皇需要的是實力：一代人的鮮血，終究喚醒了下一代人。在將軍家茂和孝明天皇相繼過世後，明治天皇的維新變法推行便極爲順暢，再也沒有遇到任何保守派的阻撓——這其中，有無數的無名英雄，無論他們是“尊皇”還是“佐幕”，在客觀上，都爲日本的近代化轉型成功做出了貢獻——日本也由此開始了長達半個世紀的飛速發展。
