在楊秀清主政時代，太平軍上下團結一致，絕對聽從中央政府號令。1856年初，燕王秦日綱、陳玉成剛攻破“江北大營”，部隊傷亡慘重，想亟需休整以恢復元氣。東王一紙政令下來，要求即刻渡江南下攻擊向榮、張國樑、馮子材駐守在南京孝陵衛的“江南大營”，秦日綱、陳玉成雖然一百萬個不樂意，但也只能絕對執行命令，絲毫不敢耽擱。4月，秦日綱、陳玉成遇到挫折，東王火速調遣正在圍攻南昌孤城的石達開回師輔助，翼王立刻拔營，親率翼殿將士四萬餘精銳星夜兼程抵達前線，一舉擊潰“江南大營”，太平天國達到軍事上全盛時期。
1856年9月，楊秀清死於“天京事變”，東殿將士也死傷殆盡;1857年7月，翼王石達開負氣出走扯旗自立，天國局勢頓時惡化。爲此，洪秀全開始重視在戰爭中崛起的少壯派，如陳玉成、李秀成、楊輔清、李世賢、吳如孝、吳定彩、葉芸來、林啓榮、陳坤書、範汝增、汪海洋，等等。1862年，只要有點戰績的各路將領，洪天王毫不猶豫地給他們封王，人數多達2000餘，堪稱歷史之最。
不過，洪秀全卻無法真正指揮他們，各路諸侯對中央政令也是陽奉陰違。例如，李秀成對“西征武昌”計劃不感興趣，故意拖延進軍時間，最終安慶陷落，陳玉成敗亡。曾國荃吉字營抵達天京城南雨花臺時，紮營未穩，李秀成卻不派兵回來解圍。在洪秀全一再催促下，李秀成雖然帶兵回援，但精力放在蘇州，以致雨花臺作戰失利，天京局勢更加險惡。至於李世賢，對洪天王命令更是愛理不理，坐擁幾十萬大軍卻看着天京被圍困而無動於衷，甚至還鼓動堂兄李秀成搞單幹。
在專制主義和忠君思想濃厚的古代中國，天王洪秀全就是太平天國的“皇帝”，只是爲了避天父皇上帝耶和華諱而不稱“皇帝”罷了。楊秀清，太平天國東王九千歲，掌管國家政務，任職“軍師”(相當於秦漢時期權勢極大的丞相)。在大夥的潛意識裏，皇帝權力至高無上，代表上天統治大地，操縱着生殺予奪之大權;丞相雖爲百官之首腦，但也要協助皇帝治理國政，共創盛世。既然如此，爲何身爲丞相的楊秀清可以指揮千軍萬馬，各路諸侯王服服帖帖;洪秀全貴爲太平天國的皇帝，爲何卻無法調動各路將帥呢?要知道，洪天王在沒有一兵一卒之情況下可以順利解決實力派楊秀清、韋昌輝等，這實屬不易。對於實力遠遜於楊秀清與韋昌輝的各路諸侯，爲何洪天王卻無可奈何呢?“縱橫國史”認爲，其中之原因很簡單，即是洪天王沒有威信，這既是“體制造成”，更是個人不思進取之結果。
和絕大多數知識分子一樣，洪秀全本來並不想反抗清王朝的黑暗統治，只是因爲屢次科場失利，被折磨得體無完膚，纔不得不在體制之外尋找出路。爲此，他決定創建拜上帝教，進行反清活動，由自己來當“皇帝”。熱血男兒，本應志存高遠，自強不息，這是中華民族傳統美德。但是，洪天王只是空有一腔熱血而已，卻沒有爲之奮鬥不息之自強精神與抗挫折能力。
在廣西老表家傳教失敗後，洪秀全心灰意冷，直接打道回府，繼續在廣東過着教書生活，反清之熱情已經消耗殆盡，所剩無幾。若是不出意外，洪秀全還會繼續參加考試，說不定那次考官看走眼，在榜上寫上自己的大名“洪秀全”，他就非常高興了。就算考不上，他家庭生活條件還算可以，至少溫飽問題可以解決，自己在家陪陪老婆孩子，過上小農式自給自足之生活。
與洪秀全打退堂鼓不同，戰友政治奇才馮雲山繼續深入廣西內地，披荊斬棘，深入不毛，到遠離家鄉一千多裏的桂平紫荊山區傳教。沒了洪秀全的餿主意，馮雲山傳教之手段相當理性與務實，他不執意於貫徹拜上帝教之“一神論”，對中國國傳統神靈與文化進行無情打擊。馮雲山注意緩和與知識分子之間的關係，利用民族矛盾、階級矛盾進行傳教，同時將“拜上帝教”進行改革，將純粹宗教性組織發展成反清活動基地。在馮雲山的努力下，楊秀清、蕭朝貴、韋昌輝、石達開、胡以晃、曾天養等紛紛入夥拜上帝教，成爲早期骨幹。
正當馮雲山在紫荊山區搞得風聲水起之時，洪秀全在廣東呆不下去，於是便趕來桂平接盤，當拜上帝教的精神領袖。其實，紫荊山區的拜上帝教徒從沒見過洪秀全，對其也沒啥感情，只是馮雲山在傳教時屢次提及“洪先生”，他們才知道有這麼一個神祕人物存在。不過，畢竟沒在一起並肩戰鬥過，紫荊山區教徒並不買洪秀全的賬，若不是礙於馮雲山面子，洪秀全在桂平都很難呆下去。正因爲洪秀全沒有親自去紫荊山創業，他與早期拜上帝教成員之間的關係不是很密切，除礦工佬秦日綱外，很少人願意聽他指揮。可以說，若是沒馮雲山，洪秀全在教徒心目中的真實地位堪憂。
馮雲山在紫荊山不但發展教徒，壯大拜上帝教，還爲太平天國制定一套有別於明清兩朝之特殊政體，即是搞“軍師負責制”，實行“虛位元首”制，天王臨朝不理政，國家大權掌握在軍師之手。馮雲山搞這一套政體，是想讓自己來幹軍師這一職務，統領朝政。很遺憾，因洪秀全脾氣太暴躁，眼界太低，非要強迫馮雲山帶隊去搗毀寺廟，激化與士紳階層之間的矛盾。結果，馮雲山被逮捕，燒炭佬楊秀清趁機搞“跳大神”來安撫教衆，取得“代天父傳言”之特權，最終成爲太平天國的實際“軍師”，掌握軍政實權。不過，楊秀清能力出衆，他不但成功救出馮雲山，還將金田團營規模擴大，爲起義做了充分準備。後來，楊秀清統帥大軍作戰，屢次衝破敵人封鎖，成功將洪秀全帶到了南京並穩住了各條戰線。
1856年9月，洪秀全利用各諸侯王之間的矛盾，讓其自相殘殺，成功解決了頭號實力派楊秀清東殿集團。不過，洪秀全畢竟威望低，手中又沒兵權，各路將領因楊秀清斃命，便不再畏懼中央政府。此外，洪秀全胸無大志，思想落後，屢次拿“上帝”這早已被衆人拋棄的工具欺騙大夥，讓各路將領更加瞧不起他。可以毫不客氣地說，有馮雲山、楊秀清在，大夥可以給天王面子;沒了南王、東王，洪天王在大夥心目中就啥也不是了。
