對邪馬臺國的研究始於江戶時代中葉，新井白石和本居宣長對《魏志》中有關倭人的記載進行了細緻的研究，分別提出邪馬臺國在畿內大和和在九州的說法，對於卑彌呼是否是神功皇后，也作了深入的考證。
明治維新以後，日本歷史學界肯定倭人記載的史料價值，形成主張邪馬臺國在九州和在畿內大和的兩個學派，並否定卑彌呼即神功皇后的傳統說法。
第一次世界大戰前後，考古學家和馬克思主義歷史學家參加討論，對邪馬臺國的社會性質等作了理論上的研究和闡述，擴大了研究領域。
第二次世界大戰後，邪馬臺國的研究出現飛躍發展。但在地理位置問題上，仍然無法解決九州說在里程上的矛盾、大和說在方向上的矛盾，從而在社會性質和國家論上也是議論紛紜。
因此，關於邪馬臺國的社會，有原始社會末期、英雄時代、從原始社會向階級社會過渡階段和奴隸制社會等各種看法。在國家論上也有部落聯盟、國家的雛形或原始國家以及東方專制君主制等各種觀點。
日本奈良縣櫻井市教育委員會2009年3月20日宣佈，近期對位於該市的纏向遺蹟的考古發掘發現了公元3世紀前半期的建築羣。這一發現有可能成爲探尋作爲日本國家起源的“邪馬臺國”的新線索。
纏向遺蹟被認爲是“邪馬臺國”在畿內地區最有可能的所在地，此前曾進行過多次發掘。2009年2月開始的此次調查對1978年發掘出的柵欄和建築遺蹟及其周邊約400平方米的範圍進行了擴大發掘，結果發現了新的建築和柵欄遺蹟。這些建築和柵欄的年代爲公元3世紀前半期，正好和《魏志·倭人傳》中卑彌呼所處的時代一致。
已發掘的建築正好排列成一排，被柵欄分隔開來。櫻井市教委稱，這樣的構造在同一時期的考古發現中尚屬首次，這裏很可能是“王權中樞設施的一角”。
一些支持畿內說的學者認爲，此次發現的建築規模較小，應該是“中樞設施”的附屬設施，今後的發掘令人期待。還有學者注意到建築羣的規劃性，認爲這可能是卑彌呼爲迎接魏國使者而整頓“國家威容”的結果。
但也有支持九州說的學者認爲，僅憑少量建築和柵欄遺蹟就認爲這裏是“邪馬臺國”還爲時尚早，此次發現並不能動搖九州說。
日本考古專家通過科學檢測發現，奈良縣櫻井市箸墓古墳出土的文物與日本古代“邪馬臺國”女王卑彌呼的去世時間相吻合。這一發現可能對確定作爲日本國家起源的“邪馬臺國”的位置產生重要影響。
據日本媒體2009年5月29日報道，日本國立歷史民俗博物館的一個研究小組利用碳14測年法對從箸墓古墳周邊出土的土器上附着的碳化物進行了檢測。考古學家根據出土狀態判斷這些土器是古墳完成後不久丟棄的，其年代也應與古墳建造年代相近。研究小組根據檢測結果推定，箸墓古墳的建造年代在公元240年至260年之間。這與中國古代史書中記載的卑彌呼的去世時間公元248年左右相吻合。研究小組因此認爲，箸墓古墳很可能就是卑彌呼的陵墓。
箸墓古墳位於公元3世紀時期日本最大的村落遺蹟纏向遺蹟內，全長約280米，遠大於此前發現的110米的最長古墳，被認爲是強大政權出現的結果，但其墓主卻一直是個謎。由於箸墓古墳是日本宮內廳指定的皇族陵墓，不允許發掘，因此古墳周邊出土的土器成爲判斷古墳年代的線索。此前的考證基本是根據土器樣式進行的，有卑彌呼本人陵墓、卑彌呼後繼者陵墓以及與卑彌呼無直接關係者的陵墓等多種說法。
“邪馬臺國”被認爲是日本國家的起源，其記載見於中國史書《三國志》中的《魏志·倭人傳》。書中稱“邪馬臺國”在經過大亂後產生了一個名叫卑彌呼的女王，並記載了卑彌呼統治下的“邪馬臺國”在公元239至248年間與魏國互派使節的情況。但關於“邪馬臺國”的位置，書中沒有準確記載，史學界一直有畿內地區和九州地區兩種意見。日本媒體均認爲，上述考古成果很可能對“邪馬臺國”位置之爭產生影響。
有學者指出，碳14測年法在取樣時容易混入雜質從而影響檢測結果，從世界考古實踐來看，檢測結果也往往比考古學認定的年代靠前，因此不能僅憑這一點就輕易下結論。但研究小組聲稱，除箸墓古墳外，他們還對周邊古墳出土的土器作了檢測，結果年代相同。
