1799年，那爾巴圖去世，王位傳給了他的兒子愛裏木伯克(AlimBeg)。1805年，愛裏木伯克正式稱汗，他在位期間(1799～1810年)，創建了一支主要由塔吉克高地人組成的僱傭軍，他利用這支軍隊，對內進行統一戰爭，對外與布哈拉爭奪位於兩國邊境上的一些重要城市。愛裏木在位期間，致力於浩罕汗國的統一。繼位初，地方割據勢力強大，伊斯法拉、楚斯特特等城鎮的統治者都蔑視汗的權威，甚至發展到以武力對抗的程度。愛裏木採取強硬手段，將反對者一一剷除，很快統一費爾千納。愛裏木與布哈拉汗國之間，爭奪烏拉秋別城和吉扎克城的戰爭持續了很久，愛裏木對烏拉秋別進行了15次征討。
烏拉秋別城主採取靈活的外交手段，時而投靠布哈拉汗國，時而投靠浩罕統治者，以保持自己的獨立地位。愛裏木還奪取了一些由地區統治者控制的北部要塞，如安格連谷地、奇姆肯特、賽拉姆等。愛裏木汗最大的成功在於1808至1809年間吞併了塔什干。至此，他的領土比他剛繼位時擴大了一倍。之後，哈薩克人起義反對浩罕統治，愛裏木汗兩次派弟弟愛瑪爾伯克(Umar Beg)及其母舅率軍前往鎮壓，他命令浩罕軍隊消滅所有遇到的哈薩克人，哈薩克人被迫投降。他統治時期，還征服阿姆河上游的達爾瓦茲地區，浩罕汗國的領土進一步擴大。到他統治末期，浩罕汗國的版圖西北抵達錫爾河下游，東北侵佔了清朝的大片領土，抵達伊塞克湖，南部抵達帕米爾高原。
1810年，塔什干傳出愛裏木汗被殺的謠言，他的弟弟愛瑪爾伯克在浩罕城被扶上汗位。當時愛裏木汗不在浩罕城，他得知這一背叛行爲後，匆忙趕回浩罕城，途中在阿爾提·庫什(Ali-Qush)附近被殺死。1811年2月，愛瑪爾繼位。愛瑪爾是浩罕汗國曆史上很有作爲的統治者，在他和他的兒子瑪達裏統治時期，汗國出現了鼎盛局面，成爲中亞的一個大國。愛瑪爾的統治得到了浩罕汗國大封建主的支持，依靠他們的支持，建立起從中央到地方的一套完備的國家機構。他的統治基礎是烏茲別克族明格部的貴族及以和卓家族爲首的宗教上層人物，大封建主和宗教上層人物在國家政權中擔當着重要職務。
愛瑪爾汗時期(1811～1822年)，浩罕汗國興建了一系列大型灌溉渠，同時在安集延西部建築沙赫裏汗城(Shahrikhan)，開鑿了大運河納赫爾·依·汗(Nahr--i Khan SayKara Darya)水引入沙赫裏汗城，耗時3年建成新阿雷克渠，實現由錫爾河引水灌溉的目的。愛瑪爾於1814年重新奪取突厥斯坦城(即雅西)和塔什干北部的一些小城鎮，使浩罕汗國的領土得到擴展。汗國的疆域範圍爲:西北濱臨鹹海，包括錫爾河下游附近的哈薩克草原，東北與巴爾喀什湖以南的清王朝屬地相鄰，南達卡拉捷金山區。費爾干納的城市生活達到相當高的水平，大城市有浩罕、安集延、納曼乾和馬爾格蘭。
1822年秋，愛瑪爾病逝，其子瑪達裏(1822～1841年， MuhammadAli，漢語又譯爲邁買底裏汗)繼承汗位。瑪達裏繼續其父親的擴張政策，先後征服烏拉秋別、卡拉捷金、庫拉伯(Kulab)和爾瓦茲諸城。瑪達裏時期，浩罕汗國脫離了與清王朝的藩屬關係，開始干涉喀什噶爾的內政，支持該地的和卓後裔進行反清的叛亂活動，甚至出兵侵犯喀什噶爾。1826～1831年，瑪達裏汗對喀什噶爾進行遠征，他統治後期，還唆使張格爾竄擾喀什噶爾。瑪達裏汗時期，浩罕汗國與布哈拉汗國之間的關係更加惡化。1841年，瑪達裏將汗位讓給弟弟速檀·馬木特(Sultan Mahmud)，布哈拉埃米爾納斯魯拉趁機進攻浩罕並於1842年4月奪取浩罕，處死瑪達裏和新汗馬木特等人，任命布哈拉總督伊布拉依木(Ibrahim Dad khwah)統治浩罕汗國。
然而，浩罕人不願服從布哈拉總督的統治，他們把布哈拉總督伊布拉依木趕走，立已故愛裏木汗和愛瑪爾汗的堂兄弟希爾·阿里(ShirAli，1842～1845在位)爲汗，布哈拉埃米爾納斯魯拉對浩罕再次發動進攻，但是沒有成功。希爾·阿里汗時期，浩罕汗國不僅面臨着布哈拉埃米爾的威脅，還面臨着俄國從北面入侵的威脅。希爾·阿里汗時期，實權掌握在烏茲別克族克普恰克部人手中，由於苛捐雜稅繁重，各地人民紛紛起義。1845年，克普恰克部的千夫長(ming--bashiMusulman Qul前往鎮壓起義，已故愛裏木汗之子木拉特汗(Murad)趁木素滿庫裏不在都城的機會，處死希爾阿里汗，自稱汗。
木素滿庫裏鎮壓起義後，將自己的女兒嫁給希爾·阿里的兒子胡達雅爾(Khudayar)，然後以岳父的身份與胡達雅爾一起進軍浩罕城，抓獲並處死了木拉特汗，宣佈胡達雅爾(當時還未成年)爲汗，自己成爲攝政王。在胡達雅爾統治的第一個時期(1845～1853年)，國家政權基本上掌握在木素滿庫裏手中。1852年，胡達雅爾免去了專橫的岳父的職務。1853年，俄軍奪取了浩罕阿克麥切特要塞(Ak-Mechet-，aq-masji，或者說白清真寺)，俄國官員威爾雅米諾夫·哲爾諾夫(velyaminov- Zernov)祕密會見木素滿庫裏。胡達雅爾在得知此事後，懷疑克普恰克人陰謀推翻他，於是，進行血腥大屠殺，包括木素滿庫裏在內的兩萬多克普恰克人慘遭殺害。
1858年，胡達雅爾汗的兄弟邁裏伯克(Malla Beg Malla Khanan)集結支軍隊，武裝奪取了浩罕城，胡達雅爾逃往布哈拉汗國。克普恰克人首領木素滿庫裏之子阿林沽開始了他的政治活動，對新汗邁裏施加了重要的影響。然而，邁裏汗的統治並不長久。1862年，邁裏汗被殺，邁裏汗之子沙木拉特被擁立爲浩罕汗。1863年5月，逃亡布哈拉的胡達雅爾率領一支塔什干軍隊返回浩罕，恢復了汗位。然而，布哈拉軍隊撤走後1863年7月，沙木拉特又被扶上浩罕汗位，胡達雅爾再次逃往布哈拉。後來，胡達雅爾再次復位，直到俄國征服浩罕汗國前夕。胡達雅爾統治後期，對內實行暴虐統治，對外屈服於俄國，他不僅承認沙皇的最高權威，而且向俄國支付賠款。
1873～1874年，浩罕國內發生人民起義，胡達雅爾派軍隊進行殘酷鎮壓，烏茲根城民曾要求俄國幫助他們反抗胡達雅爾汗。1875年，起義軍立胡達雅爾之子納斯魯丁(Nasrud'ddn)爲汗。這種混亂局面給俄國提供了機會。1876年，俄國征服了浩罕汗國。
