西漢末年，由於王莽篡位，漢朝政府內部爭權奪勢，無暇西顧。匈奴單于一見有機可乘，便重新迫使西域各國接受他的殘暴統治。西域各國人民忍受不了匈奴人的殘酷剝削和迫害，都紛紛派出使節要求東漢政府出兵前去保護，東漢政府在西域各國人民的多次要求下，又考慮爲確保這條西去商路的暢通，於公元七十三年，派人前往恢復了西漢時候的都護制度。耿恭就是這次被派到西域來的東漢政府的一名官員。
耿恭來到西域以後，擔任了西域都護府裏的戊已校尉，負責屯田戍邊駐守在車師后王庭的金滿城，也就是今天的吉木薩爾一帶。當時校尉的官銜僅次於將軍，可是耿恭並不以此爲驕傲。他爲人慷慨遠謀，很有將帥的才能，常常和士兵在一起，同當地居民也相處得很好。
他到任不久，就發出公文和烏孫國聯繫，並且通過書信宣揚了東漢政府的德威。烏孫國王和他的大臣們見到公文和書信以後，都非常高興。於是，烏孫國王立即決定派使臣帶着名貴的禮物——烏孫馬到漢朝去進貢，同時還表示願意派太子到漢朝政府去服務。耿恭聽到這個消息，就派人帶着漢朝政府賞賜給烏孫國的金銀綢緞前去迎接。從此，又斷絕了烏孫又斷絕了和匈奴的關係，恢復了烏孫和漢朝的友好往來。到了第二年的春天，匈奴右谷鹿蠡王率領兩萬多騎兵來攻打車師，耿恭派遣他的司馬帶領三百人前去援救，還沒等走到地方就被匈奴騎兵給打敗了。匈奴人攻下了車師后王城，殺死了車師後國國王安得,接着又攻打金滿城。
當時，駐守在金滿城的耿恭知道寡不敵衆，便想出了一條退兵妙計，他一面揚言，說漢朝軍隊有一種神箭，無論誰只要中了此箭就無法被救活，一面讓守城的士兵把毒藥塗在箭頭上，等匈奴人來攻城的時候，用強弓發射出去。
果然，匈奴人中箭後個個傷口潰爛，不能醫治。弄得匈奴士卒驚恐，將帥不安。恰巧，正在這個時侯，天氣突然驟變，下起傾盆大雨來，攪得天昏地暗。耿恭一看機會到了，就帶領全部守城人馬衝擊出去，殺聲混合着風雨雷鳴，弄得匈奴人不知虛實，嚇得愴慌逃竄。從此匈奴人就傳開了：“漢朝神兵，真厲害呀!”等到匈奴的騎兵逃遠了，耿恭一想，金滿城的地理條件不好，守起來太困難。於是就帶領軍隊轉移到疏勒城去駐守。疏勒城離金滿城很近，依山傍水，城外有一條從山澗流下來的小溪流經城下，可供城裏的人飲用，也便於長期駐守。
耿恭進駐疏勒城之後，就積極招募勇士進行訓練。到了夏天，匈奴人又來攻打疏勒城，耿恭率領好幾千名勇士騎着壯馬，飛快地直向匈奴騎兵隊伍衝去，由於匈奴人毫無戒備，遭到意外襲擊，弄得兵慌馬亂，擺不成陣式，只好敗走。匈奴人見硬打不行，便改換辦法，採取長期圍困。他們一面堵塞河流，斷絕城內水源，一面派兵把疏勒城四面團團圍住。
耿恭一看，城裏斷了水，渴得人困馬乏，走路都沒有精神，決定動員城裏居民和士卒一起日夜苦戰，就地挖井，一連挖了好幾天，有的井挖到十五丈深還不見水，耿恭心裏十十分着急。他情不自禁門地想起大將軍李廣在大宛拔劍刺山，泉水噴涌的情景。看看自己眼前的處境，真有說不山的慨嘆。正在此時，一陣歡呼聲驚破了他的出神。他三步並做兩步地走過去—看，原來是井裏出水了。他興奮地趕忙命令士兵提着水桶到城上去，向城外潑水給匈奴人看。匈奴人一見城裏有那麼多水，甚是驚奇，以爲有神仙相助，覺得再圍困下去也沒有用，就主動撤兵了。過了—段時間，匈奴人又發動了一次全面進攻。當時都護府被敵人佔領，都護隊陳睦遇害，駐守在各城的兄弟軍隊也都被圍困起來。
耿恭在這種孤軍無援助的情況下，又和強大的敵軍展開了—場搏鬥。開始，車師后王庭國王的夫人，她常常暗地裏派人把匈奴軍隊的情況告訴耿恭，並且還偷偷地運送糧食援助耿恭;後來，由於匈奴人防範得太嚴，就斷絕了聯繫。糧食吃光了，士兵們只好把弓上的皮條和腰間的皮帶解下來煮着吃。耿恭和士兵們在一起同甘共苦，發誓和全城百姓共存亡。匈奴單于得知城裏沒糧，就派使臣前來勸降，說什麼只要耿恭率部歸順匈奴，就封他爲白屋王，並賞賜美女若干。這些都遭到了耿恭的的嚴厲痛斥，匈奴右谷鹿王惱羞成怒，調來更多的軍隊加緊攻城。城裏的百姓和士兵看到耿恭如此堅守城池的決心，十分敬佩，頗受感動。於是個個奮勇當先，大家齊心協力，一直堅守到漢朝救兵來到的那一天。耿恭這種愛國愛民的奮不顧身的精神是可歌可泣的。後來，新疆各族人民還爲他修建了耿恭臺，以示紀念。
