三藩之亂中，三藩和清政府都投入了大量的兵力，在八年的對峙中，消耗了極大的人力物力。三藩之亂兵力的對比，現在已經沒有一個明確的史料。但是從清史以及地方史記中，依然能看出不少端倪。
在三藩之亂開始初期，清朝廷只是調集了7萬軍隊。這些軍隊，包括滿洲八旗、科爾沁、察哈爾等地的兵馬。因爲當時的清廷還不知道八旗軍的戰鬥力已經下降，因此對於吳三桂的叛亂並沒有太大的重視，最終導致了三藩之亂前期的失敗。清廷不知道，吳三桂在長沙、萍鄉等地這些地方，就有7.3萬軍隊。吳三桂手下的將領王屏藩進攻丙北的漢軍就有2萬人以上，足見吳三桂兵力的可怕。不止如此，當陝西提督王輔臣反叛清朝以後，吳三桂的實力就更加的強大。吳三桂只是三藩中的一番，實際兵力已經超過了十萬。
三藩之二的耿精忠手下有15萬軍隊，包括程風手下7萬和郭應輔手下的8萬人;尚之信手下也有10萬人以上。因此，三藩之亂三藩兵力已經達到了35萬以上。清政府在戰爭初期遭受到了很大的損失。
雖然清政府當時在全國有四十五萬軍隊，但是由於中國太大，再除去保護京城的11萬人，能作戰的部隊也只有30萬左右。這三十萬，分散在全國各地。實際參加叛亂的清軍，只有15萬左右。這樣懸殊的兵力對比，清軍卻贏得了最後的勝利。
通過對三藩之亂兵力的研究，可以看出，即使三藩佔據了兵力上的優勢，但是若沒有人民的支持，最終還是會失敗。
