作爲明朝特有的官職，錦衣衛和東廠還是有區別的。錦衣衛主要職能爲“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，而東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢”，二者是有一定區別的。
1、職能不同
錦衣衛有侍衛儀仗職能，而東廠沒有審訊犯人的權利。東廠、西廠和錦衣衛是明代在刑部、都察院、大理寺這三個司法機關以外設置的直接聽命於皇帝，執掌“詔獄”的特務機構。東廠、西廠與錦衣衛共同點是監視、偵查、鎮壓官吏的不法行爲，即“巡查緝捕”。
但在綜合職能方面，有所不同。一是錦衣衛主要職能爲“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，即錦衣衛首先是皇帝的侍衛親軍和儀仗隊，其偵緝廷杖職能是附屬職能。即作爲皇帝的貼身衛隊，爲了保證皇帝的安全，錦衣衛必須防患於未然。於是錦衣衛時時出動，刺探可能威脅皇權、危害朝廷的行爲和言論，並捉捕和審訊嫌疑人。這項任務被皇帝特許，並逐漸演變爲軍事特務的職能。
而東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢”，並沒有侍衛親軍和儀仗隊職能;二是東廠只負責偵緝、抓人，並沒有審訊犯人的權利，抓住的嫌疑犯要交給錦衣衛北鎮撫司審理。
2、地位不同
錦衣衛和東廠的一開始是互補的，是平級，但東廠後來居上，有監督錦衣衛人員的權力。《明史·刑法志》記載“廠與衛相倚，故言者並稱廠衛”。可見，一開始錦衣衛和東廠並存，是互補關係。由於東廠廠主與皇帝的關係密切，又身處皇宮大內，更容易得到皇帝的信任，在與錦衣衛的關係上，東廠後來居上。錦衣衛向皇帝報告要具疏上奏，東廠可口頭直達;皇帝還賦予東廠督主以監督錦衣衛人員的權力。東廠和錦衣衛的關係，逐漸由平級變成了上下級關係 。在宦官權傾朝野的年代，錦衣衛指揮使見了東廠廠主甚至要下跪叩頭。
3、刑訊範圍不同
錦衣衛刑訊範圍只針對官員士大夫，而東廠監視範圍除政府官員外，還包括社會名流、學者等各種政治力量。設置錦衣衛以“駕馭不法羣臣”爲目的，所以錦衣衛的刑訊範圍只針對官員士大夫，所以一般不會審訊以及捉拿普通百姓。普通的百姓刑、民事案件只通過正常的司法進行處理。而東廠可以監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，不經司法審判，東廠可以直接逮捕、審訊;而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。
4、性質不同
錦衣衛是親軍二十六衛之一，掌儀仗，侍衛，緝捕，刑獄。其實仍是軍事機構，負責全國各地(東廠後期也涉及全國)，以及它有刑獄職能(東廠中前期沒有)。錦衣校衛拿人辦案要具疏上奏，殺人也要拿刑部行文。
東廠百分百的純特務性質監察機構，機構精簡，前中期只是負責京城及附近的地區，廠公是宮裏的大太監。
