元末起義軍領袖之一的朱元璋擊敗其他義軍，將蒙元政權逐出中原，於公元1368年建立明朝。不過明朝的建立並不意味着戰事結束，據《明史》及《明實錄》記載，從公元1368年至公元1374年這七年間，倭寇對中國沿岸的侵擾次數多達二十三次，可見當時倭寇的猖獗。
洪武年間正值日本的南北朝內戰，流離失所的日本平民爲逃避戰亂，紛紛流亡海上。明太祖洪武25年(公元1392年)，日本北朝的足利氏吞併南朝，不少南朝遺臣相繼逃亡出海，與日本浪人組成強大武裝，形成倭寇，侵擾中國沿岸地區。
另一方面，曾割據江南沿海州縣的張士誠和方國珍，自被朱元璋擊敗後，其部下亡命海上，勾結日本浪人，侵擾山東、浙江、福建等沿海地區。有鑑於蘇、鬆、常、嘉、湖等州是張士誠的故根據地，朱元璋因而對以上地方採歧視性政策，該地田賦較其他地區高出十倍以上，當地百姓不堪其苦，流亡他鄉，或作爲倭寇嚮導。此外，閩浙大族亦爲了利益私通倭寇。
