1645年5月，已經喪失了所有地盤的李自成在湖北通山被殺。李自成的死亡非常突然，是死於地方武裝之手。由於對繼承人的問題沒有任何的安排，以至於此時剩下的東西兩路農民軍立刻陷入羣龍無首的局面。農民軍的二號人物劉宗敏被殺、謀士牛金星投降，更是將這支隊伍的凝聚力擊得粉碎。此時這些農民軍成了沒孃的孩子，而明清兩大集團對這些農民軍力量的拉攏也正式開始了。
一、由於明朝的官員的固執，東路農民軍投降了清廷
李自成這個傢伙意外死亡以後，他親自率領突圍的東路農民軍立刻陷入了無主的局面。當時農民軍中的一些首領如田見秀、郝搖旗、王進才、張鼎等人都有自己的勢力，但沒有一個人可以力挽狂瀾。他們每個人手上都有2萬到4萬不等的軍隊，雖然總數超過了21萬，但是沒有統一的指揮。這些農民軍首領各懷鬼胎，都想吞併其他的勢力。爲了擺脫清軍的追擊，這些農民軍進入了湖南地區，當時湖南還在南明的手裏，南明的湖廣總督何騰蛟就在長沙。而湖北卻已經被清軍佔領，滿清的湖廣總督佟養和在武昌。兩大集團南北呼應，似乎誰也奈何不了誰。這個時候這些農民軍加入哪一方，哪一方就會多一份勝利的把握。
此時湖南地區明軍的兵力只有2萬多軍隊，根本擋不住農民軍，當時此時的農民軍已經喪失了一切，根本沒有討價還價的餘地，他們不得不與何騰蛟商議聯合抗清的事宜。1645年7月，何騰蛟和農民軍首領達成了協議。但出於崇禎皇帝的死因和傳統教育的影響，何騰蛟等地方大員對這些農民軍並不上心，對答應給予的後勤補給也是一再推延。而此時佟養和以不必剃髮和提供充足補給爲誘餌，勸說湖南的農民軍撤往湖北。結果除了王進才和郝搖旗等少數軍隊繼續留在湖南之外，其餘農民軍將領全部開向湖北投降清廷，15萬農民軍就一轉眼成了僞軍。東路農民軍徹底瓦解，明清兩朝在兩湖地區的力量對比發生了大逆轉。
二、西路農民軍扭轉了明清兩股力量的對比
李自成的死訊傳回了北方，駐守陝北、寧夏一帶的農民軍也開始向南方撤離，這屬於西路軍。西路軍與之前東路軍的行軍路線相仿，也是進入了兩湖地區，此時滿清的動作更爲迅速，清廷先後六次招降西路軍。但西路軍經歷李錦和高一功等人沒有像東路軍將領那樣軟蛋，他們拒絕了所謂的勸降，並主動聯合了南明隆武政權。西路軍的總兵力在15萬左右，是一直相當有戰鬥力的軍隊。但南明方面很多迂腐的文官卻說“李賊破北京，罪不可赦，其同黨豈可封拜？”他們也不想想，，大明朝從北京敗到南京，又從南京一路逃到福建，這些文官還想着剿滅流寇的事情。最後隆武皇帝拍板，決定封李錦爲興國侯，高一功改名爲高必正。這兩個人組成了南明歷史上赫赫有名的忠貞營。
效忠了南明之後，就可定要爲反攻中原出力。1646年春節剛過，南明從湖南兵分兩路準備進攻湖北，何騰蛟出嶽州進攻湖北省會武昌，另一位大員堵胤錫統帥忠貞營進攻荊州，兩軍計劃在長江北岸會師。何騰蛟對明朝確實是忠心耿耿，但是個人能力確實不怎麼樣。他在途中遇到了明軍敗兵，敗兵言到“滿洲大軍已到”。何騰蛟聽後立刻下令軍隊撤退。其實這支清軍部隊只有區區2000多人。最坑爹的是這些敵情並沒有通知正在圍攻荊州的忠貞營。這年2月，忠貞營的身後出現了大量的八旗騎兵，忠貞營方面根本沒有任何的防備，他們一直認爲背後是何騰蛟的友軍。最後被城內城外的清軍夾擊，此戰忠貞營損失慘重。
三、無用的君子和有用的小人一再出現
在南明的歷史中，有用的小人和無用的君子這對矛盾體一再出現。1646年7月，湖北的清軍主力撤回了北方。何騰蛟決定再次進攻湖北。只可惜行進中的明軍只遭到了幾百清軍騎兵的襲擊，就開始瘋狂的撤退，他們以爲清軍主力已到。1647年2月，滿清方面爲了解決湖南的明軍，派出孔有德率兵進攻湖南。孔有德率領的軍隊大多是都是明朝的廂軍，只有30%左右的滿洲兵。當時長沙的防禦不足，王進才這個原來的農民軍首領保護何騰蛟拼死殺出重圍，隨後撤王衡州。截止當年8月，除了南部的一些城市還在明軍的控制之外，湖南北部、中部地區相繼淪陷。從1645年開始的兩年時間裏，本來抓了一手好牌的何騰蛟卻輸了個底朝天。不但沒有收復湖北，反而連湖南老家都賠進去了。
