子
長子憲懷太子朱翊釴，母李皇后，生五歲殤，贈裕世子。隆慶元年追諡。
次子靖悼王朱翊鈴，母不詳。生未逾年殤，贈藍田王。隆慶元年追加封諡。
三子明神宗，母李太后。
四子潞簡王朱翊鏐，母李太后
女
蓬萊公主，早逝。
太和公主，早逝。隆慶元年與蓬萊公主同日追冊。
壽陽公主，萬曆九年下嫁侯拱辰。國本議起，拱辰掌宗人府，亦具疏力爭。卒贈太傅，諡榮康。
永寧公主，下嫁樑邦瑞。萬曆三十五年薨。
瑞安公主，神宗同母妹。萬曆十三年下嫁萬煒。崇禎時，主累加大長公主。所產子及庶子萬長祚、萬弘祚皆官都督。萬煒官至太傅，管宗人府印。嘗以親臣侍經筵，每文華進講，佩刀入直。李建泰西征，命煒以太牢告廟，年七十餘矣。1644年甲申國變，同子長祚死於賊。弘祚投水死，長祚妻李氏亦赴井死。
延慶公主，萬曆十五年下嫁王昺。昺嘗救御史劉光復，觸帝怒，削職。明光宗立，復官。
棲霞公主朱堯姜，隆慶六年九月薨(《明史》無載，見《霞公主壙志》、《宛署雜記》、《神宗實錄》
