伯羅奔尼撒戰爭後，斯巴達人留下了名將萊山德(Lysander)主持雅典的重建。在他的扶植下，雅典的“三十僭主”再次粉末登場(前403年)。這批貴族寡頭一上臺就開始反攻倒算，大量處決敢與他們作對的民主派，短短八個月內，有超過1400人被處決，雅典後期的風雲人物阿基比阿德斯(Alcibiades)也被缺席判處流放。(色諾芬就是站在僭主一邊的，因此僭主倒臺後，他也很快去當波斯人的僱傭軍了)
底比斯此時大概已建立了類似雅典早期的民主政體，國內有九執政官、百人議會等機構，同樣是貴族派、平民派黨政不休。在斯巴達戰後飛揚跋扈之時，底比斯早有不滿之心。此時恰逢雅典民主派大量逃亡，底比斯人不計前嫌，敞開國門收留了這批他們，爲雅典民主政保留了一絲火種。雅典將軍Thrasybullus在底比斯人的支援下，重新集合同情民主派的軍隊殺回雅典。在一番談判後雅典重新建立了民主政體。第二提洛同盟的成立，雅典的再次復興也都是在這之後的事情。因此，說底比斯人對雅典有再造之恩也不足爲過。兩邦從此也冰釋前嫌，關係愈發密切。
在這一階段，斯巴達當政的國王是阿格西勞斯二世Agesilaus II(前399年-360年在位，這是一位富有傳奇色彩的勇士，真正的斯巴達人，他的故事甚至可以單獨再寫一篇傳記，只可惜此篇是底比斯簡史。)。阿格西勞斯不滿足於波斯人對希臘的頤指氣使，公開與反抗波斯人。他甚至組織大軍對波斯進行了遠征(遠征軍中就接收了剛剛撤回希臘的“萬人遠征軍”)。此時早已江河日下的波斯帝國對付一萬孤立無援的僱傭軍都已力不從心，面對斯巴達國王的御駕親征更是吃不消。
於是波斯人又祭起了老手段：金元外交。大批的使者帶着黃金奔向了希臘，希望能造成希臘本土的戰事，讓阿格西勞斯王后院起火。底比斯人熱情地接待了這些使者。早已不甘寂寞的他們與波斯人一拍即合。不過底比斯人不願承擔挑起戰爭的罵名，於是他們唆使自己的盟友羅克里斯人(Locrian)入侵佛基斯(Phocis)——一個斯巴達盟友。這樣，雙方既能名正言順的派兵參戰，又能依靠同盟的神聖義務免除自己挑起戰爭的罪名。同時，底比斯人派出使者前往雅典求援，基於對斯巴達人的共同敵對，波奧提亞同盟與雅典建立了永久的同盟關係。
斯巴達人認爲這是一個懲罰底比斯人的好機會，雖然此時他們的精兵都被阿格西勞斯國王帶去波斯未歸，手下算得上能良將的也就只有萊山德(此人由於冊立阿格西勞斯、征服雅典，功高震主，兼有些趾高氣昂，在國內已然樹敵無數)。但他們依然決定兵分兩路，讓萊山德自引一軍渡過科林斯海峽進入佛基斯，南下攻打底比斯;另一軍由斯巴達另一位國王波桑尼阿斯Pausanias親率，由斯巴達本土經科林斯地峽向底比斯挺進。兩軍相約會師于波奧提亞小邦Haliartus城下。
不過波桑尼阿斯由於種種原因在伯羅奔尼撒地區耽擱了幾天。率先抵達Haliartus的萊山德苦等援軍不到，煽動城內叛亂又沒有結果，只好自己獨力向Haliartus的城牆發動進攻。但他不知，早已有一支與他規模差不多的底比斯軍隊埋伏於附近。一聽到戰鬥的動靜，這支底比斯軍隊立刻向Haliartus城增援。兩軍在城下一番激戰過後，斯巴達軍隊潰散，名將萊山德竟然陣歿於此，屍體被底比斯人搶得。不過底比斯人追擊的過於深入，進入了一片地形複雜的區域，斯巴達敗兵重新結陣反擊，給底比斯人以重創。這一反擊雖然沉重打擊了底比斯人士氣，但斯巴達軍折一大將，羣龍無首，敗軍竟然三三兩兩的各自潰逃回自己的城邦了。
數日之後，姍姍來遲的波桑尼阿斯才抵達Haliartus。既然萊山德兵敗身死，會師合擊之策已失去意義，波桑尼阿斯也無心戀戰。他向底比斯人請求包括萊山德在內的陣亡戰士的屍體並提出停戰，底比斯人答應了請求並提出要求他率軍退出波奧提亞地區。至此，Haliartus戰役結束。
雖然有了停戰協議，但這這遠遠沒有結束。波桑尼阿斯回國後遭到指控，認爲他私自定下的這一停戰條約背叛了自己的城邦，因此，這位斯巴達國王被處以流放，躲身於一神廟內苟延殘喘。停戰條約被撕毀，科林斯戰爭正式爆發(前395年，主要是因爲戰爭後來主要是圍繞在科林斯地峽以及周邊海域進行的，因此得名)。科林斯、阿哥斯這兩個希臘大邦也相繼加入底比斯，與之形成同盟，並在科林斯建立了一個同盟議事會處理盟務。優卑亞、琉卡斯、阿開那尼亞，安布累喜阿、卡爾西斯等先後加入反叛行列。
翌年，首戰得勝的底比斯人聯合雅典、科林斯、阿哥斯等盟友，集合大軍於科林斯境內準備進攻伯羅奔尼撒。斯巴達方面也組織了一支旗鼓相當的部隊。兩軍相遇於乾枯的奈美河Nemea河牀附近，一場典型的希臘式重裝步兵戰爭旋即爆發激戰。底比斯、科林斯、阿哥斯三邦的軍隊在陣線的右翼擊潰了他們的對手——伯羅奔尼撒同盟軍，並進行了追擊;但由雅典人組成的左翼卻被斯巴達人擊破。右翼的底比斯人追擊一段後重回戰場，陣型未穩，斯巴達人突然從左翼趕來，打敗了他們。是役，底比斯同盟軍共損失了2800人，以斯巴達爲首的伯羅奔尼撒同盟軍僅損失1100人。
同年晚些時候，阿格西勞斯國王終於率他的大軍躲開了帖薩利人的阻截，沿陸路姍姍趕來，直奔波奧提亞。阿格勞西斯王的軍隊包括早先從斯巴達帶走的精兵，一些解放的希洛特，以及從色諾芬萬人遠征軍中接手的僱傭軍;同時，一隻斯巴達部隊正徘徊於奧科邁努斯附近，還有一支則從斯巴達開出，渡過科林斯灣奔向波奧提亞。這三支大軍會師於科羅尼亞，與匆匆趕來的底比斯聯軍發生戰鬥。這場戰役完全是上一場Nemea戰役的翻版，雙方各自得左翼都取得了勝利。得勝一翼的底比斯人見到另一翼的潰敗，於是整理陣型向營地撤退。但阿格西勞斯王率軍迎頭趕上，又截殺了一陣才罷手。
在此之後，科林斯戰爭就沒有爆發臺大規模的衝突。由於有波斯人的支援，底比斯同盟在海上佔據了優勢，並使斯巴達人的海上運輸受到抑制，讓他們不能隨意的通過科林斯海峽到達中希臘;但在陸地上，底比斯人依然沒有什麼好的對策對付斯巴達人的陸軍。同時，斯巴達人想盡辦法要使離他最近的阿哥斯、科林斯兩邦脫離底比斯同盟——正是他們扼守住了科林斯地峽。
這樣戰爭一直維持着局部小衝突的狀態到前388年。
這一階段，雅典帝國在客蒙(Conon)的努力下開始了復興，重修了城牆，着手發展海外勢力(雅典第二帝國從此復興);斯巴達人也意識到了沒有波斯人的支持，這場戰爭他們很難取得勝利。於是，在前393年，各個城邦的使者曾在波斯宮廷內舉行了一場談判，各自聲明自己的立場。斯巴達人願意在各個城邦保持獨立的情況下提供一紙合約，並向波斯人承諾承認波斯對小亞細亞沿岸各邦的主權(保持獨立的含義實際上是要求解除同盟);但提案被底比斯同盟一致否決，雅典人要求保留自己在愛琴海的既得利益，底比斯人要求保留波奧提亞同盟，而阿哥斯人則已經在着手吞併科林斯的行動。
談判沒有得到進展，但雅典將軍客蒙復興雅典帝國的行動刺激了波斯人，他們暗中答應斯巴達人爲其提供祕密援助——又是我們熟悉的外交手腕。可以看出無論戰局如何發展，烽火連天的希臘土地中永遠不會有真正的贏家，千里之外的波斯纔會得到最大的利益。
此時，斯巴達得到了西西里的敘拉古艦隊支持，軍事實力驟增，，打破了底比斯同盟的海上優勢，迫使底比斯及其盟邦妥協。公元前387年秋， 交戰各邦代表被波斯召往首都蘇撒，聽取波斯王敕令的和約(史稱“安塔西達斯和約”或波斯大帝和約)。隨後，各邦代表再會於斯巴達，接受了和約。)科林斯戰爭結束。根據和約，所有希臘城邦均享自治，除伯羅奔尼撒同盟外的所有希臘同盟皆須解散，小亞細亞沿岸諸邦則歸波斯所有，不守和約者將受到波斯大帝與其盟友的全面進攻。在斯巴達軍事壓力下，底比斯被迫解散了彼奧提亞同盟，阿哥斯放棄了對科林斯的兼併。科林斯恢復了貴族政權重歸斯巴達同盟。斯巴達得以重新登上希臘霸主之位。
