戰爭罪行
日本發動全面侵華戰爭後，畑俊六於1938年2月派往中國任侵華日軍華中方面軍司令，率部發起武漢作戰。8月上旬，指揮30萬日軍沿長江南北兩個方向由東向西進攻。10月26日，中國軍隊向西、向南撤退，熘俊六率日軍佔領了“九省通衢”武漢。在會戰中，畑俊六所率日軍公然違反國際法，使用毒氣375次，發射毒氣彈4萬顆以上。在熘俊六的縱容和唆使下，兇殘的日軍佔領武漢後，到處殺人放火，姦淫擄掠，無惡不作，廣大人民羣衆對日軍的暴行無不恨之入骨。
1939年8月至1941年2月，畑俊六調回國內連任阿部和米內兩屆內閣的陸軍大臣。在此期間，他參與了內閣對各項侵略計劃的設計和決策;以新的氣勢繼續進行侵華戰爭;在南京炮製了汪精衛傀儡政權;實簏了控制法屬印度支那的計劃;並就有關荷屬東印度問題與荷蘭進行了談判。他還支持日本的“南進”政策，贊成日本侵佔東南亞及南方各地區。爲實現南進的目標，他同意在國內以大政翼贊會取代政黨，進一步實現法西斯化;在國外促進日德意三國軍事同盟條約的簽訂。
1941年3月至1944年11月，畑俊六被日軍大本營任命爲日本中國派遣軍總司令，繼續對中國進行侵略戰爭。對中國解放區，他實行燒光、殺光、搶光的“三光政策”和毀滅性“掃蕩”，肆意屠殺無辜平民，許多村莊被洗劫一空。在國民黨正面戰場，則是攻略與施暴並行，每攻佔一個地方，就製造一樁慘案。1943年5月，日本中國派遣軍在攻陷湖南漢壽等地後所製造的“廠窖慘案”，就是一個惡劣的例子。在這次慘案中，3000日軍以4天時間共槍殺手無寸鐵的男女同胞達3萬多人，傷殘3000多人，強姦婦女2000多人，滿門殺絕的2000戶以上。美麗的廠窖頓時血流成河，屍骨如山，遍地焦土，一片荒涼。作爲侵華日軍最高司令官，對其下屬部隊的種種暴行是負有直接罪責的。1944年春，爲挽救日軍在太平洋的失敗，畑俊六根據大本營的命令，集中51萬兵力發動打通大陸交通作戰。在歷時8個月的作戰中，基本打通了平漢、粵漢和湘桂等鐵路線，侵佔了豫、湘、桂、粵等省大部和貴州一部，使中國又有20多萬平方千米土地和6000萬人口淪於日寇鐵蹄之下，給中國抗戰造成巨大危害，也給億萬中國人民帶來了新的災難。由於這一次的所謂“卓越戰功”，畑俊六於1944年6月被授予元帥稱號，獲得了天皇頒發的一級“金鷚”勳章。1944年11月，日軍大本營下令畑俊六轉任陸軍教育總監，繼續支持對中國和西方進行侵略戰爭。1945年4月，調任駐本土日軍第二總軍司令，準備進行本土決戰。
畑俊六作爲日本法西斯軍隊重要頭目之一，長時間擔任侵華日軍高級職務，積極奉行侵華政策和進行侵華戰爭，在中國犯下了種種罪行，給中國人民帶來了深重災難。日本投降後，根據中國政府的指控和強烈要求，駐日盟軍總部於1945年9月13日下令將熘俊六作爲甲級戰犯逮捕收監.把他送到了被告席上。1948年11月12日，遠東國際軍事法庭經過公開審理後作出最後判決，宣佈對戰犯煙俊六處以無期徒刑。
東京審判
“東京審判”的正式名稱是“遠東國際軍事審判”。1946年1月19日，經盟國授權，遠東國際軍事法庭在東京設立，同時公佈《遠東國際軍事法庭憲章》，指出法庭有權審判犯有反和平罪、普通戰爭罪和反人道罪的日本甲級戰犯。經過同盟國的多邊磋商，一致同意組成由美國、中國、英國、蘇聯、法國、澳大利亞、加拿大、新西蘭、荷蘭、印度、菲律賓等11個國家參加的遠東國際軍事法庭。
法官和檢察官由這11國各派一位，庭長是澳大利亞人衛勃爵士，檢察長爲美國律師季南。審判對象是28名罪大惡極的日本甲級戰犯，他們是：東條英機、土肥原賢二、鬆井石根、阪垣徵四郎、廣田弘毅、武藤章、木村兵太郎、荒木貞夫、平沼騏一郎、重光葵、木戶幸一、大島浩、東鄉茂德、橋本欣五郎、島田繁太郎、賀屋興宣、南次郎、梅津美治郎、畑俊六、小磯國昭、星野直樹、鈴木貞一、佐滕賢了、岡敬純、白鳥敏夫、松岡洋右、永野修身、大川周明。
在世界歷史上，組成國際法庭審判戰犯，這是規模最大、審判時間最長的一次。審判從1946年5月3日開始，至1948年11月12日結束，歷時兩年半。在審判期間，共開庭818次，先後有11名法官、88名檢察官和90餘名辯護律師出席審判，審判記錄竟達48412頁;又有419人出庭作證，779人書面作證，受理證據4336件，判決書長達1212頁。加上翻譯人員、採訪法庭消息的記者和衛兵，法庭全部人員已超過1000人。
1946年5月3日，遠東國際軍事法庭開始對畑俊六等28名日本甲級戰犯進行公開審理。陸軍元帥杉山元在作爲戰犯被捕之前已畏罪自殺，另一個陸軍元帥寺內壽一客死南洋，因而畑俊六成爲法庭被告席上唯一的一名日本陸軍元帥。由於米內光政爲他辯護，他逃脫了締結三國同盟的指責。畑俊六被指控犯有《起訴書》中列舉的第1項(圖謀侵略東亞及太平洋地區)、第27項(對中國實行侵略戰爭)、第29項(對美國實行侵略戰爭)、第31項(對英國實行侵略戰爭)、第32項(對荷蘭實行侵略戰爭)以及第55項(違反人道)等罪行。“違反人道”的罪行，主要包括被告畑俊六縱容、唆使部下在武漢殺戮平民和俘虜，姦淫婦女，搶劫和破壞財物等犯罪事實。1948年11月12日，遠東國際軍事法庭以5:6的判決票數(5票是贊成死刑，6票是贊成無期徒刑)正式宣佈對畑俊六判處無期徒刑時，他感激地朝着法官席鞠了一躬。
