1887年(清光緒十三年)九月十二日出生於浙江吳興(清湖州府歸安縣)。
1904年(光緒三十年)，時年18歲，在湖州剪辮，與友共辦《湖州白話報》，封面上只寫“甲辰年”、不書光緒三十年，以示不遵清代王朝。
1906年(光緒三十二年)，赴日本早稻田大學習師範，與章太炎、秋瑾等人交往。次年入同盟會。
1908年(光緒三十八年)，始與魯迅、黃侃等人師從章太炎學國學，研究音韻、訓詁及《說文解字》。
1910年(宣統二年)回國後曾任中學教員、浙江省教育總署教育司視學、北京高等師範附中教員、高等師範國文系教授、北京大學教授、《新青年》編輯、北平師範大學中文系教授和系主任等。他率先在《新青年》上發表致陳獨秀的白話信，並敦請他人用白話作文。
1911年(宣統三年)，辛亥革命後，錢玄同先在杭州教育專署任科員、視學。
1913年(民國二年)到北京，任國立北京高等師範學校及附屬中學國文、經學講師。
1915年(民國四年)，就任該任北京高等師範學校國文部教授，兼任北京大學文字學教授。
1917-1927年，兼任國立北京大學研究所國學門導師。同年他向陳獨秀主辦的《新青年》雜誌投稿，倡導文學革命，成爲“五四”新文化運動的揭幕人之一，成爲倡導新文化，攻擊封建主義，提倡民主、科學的勇士。
錢玄同從1913年到北京高等師範執教，連續在北京師範大學任專任教授二十餘年。他講授的課程，以音韻學爲主，還有“說文研究”、“經學史略”、“周至唐及清代思想概要”、“先秦古書真僞略說”等。並長期任國文系主任。
1917年(民國六年)，加入中華民國國語研究會爲會員，會長是蔡元培。該會宗旨是研究本國語言選定標準，以備教育界採用。兼任教育部國語統一籌備會常駐幹事，致力國語運動。他在《新青年》上發表《對文學芻議的反應》，激烈反對作文“用典”即。他說：“凡用典者，無論工拙，皆爲行文之疵病。”他提出“文學之文，用典已爲下乘;若普通應用之文，尤須老老實實講話，務期老嫗能解，如有妄用典故，以表象語代事實者， 尤爲惡劣。”
1918年(民國七年)，《新青年》也在他的倡議和影響下第4卷第1號開始用白話文出版。同年，錢先生成爲《新青年》的輪流編輯之一。在這期間，他曾動員魯迅給《新青年》寫文章。魯迅的小說《狂人日記》就是錢玄同催促他寫出的頭一篇作品，並且頭一次用魯迅作筆名。
1919年(民國八年)，他成爲“國語統一籌備會”的會員，並任常駐幹事。同年，中華民國國語研究會出版了《國音字典》，最終由教育部公佈成爲教育標準，錢玄同起了關鍵作用。
1920年(民國九年)2月1日，錢玄同在《新青年》第六卷第三號發表《減省漢字筆畫的提議》一文，提出：“對於漢字形體的改良……選取普通常用的字約三千左右，凡筆畫繁複的，都定他一個較簡單的寫法。”錢玄同抄用的簡體字，大部分是固有“擬體字”，新造字則不多。但不論造新的還是採舊的，錢玄同抱定的“唯一主張”是：減省筆畫。錢玄同通過學術的方法，以學理來闡明注音字母的合理性，並以自己的專長，通過學術的途徑，爲推進國語盡力。在論及“國音”、“京音”問題時，主張國語當以在現在社會上最佔勢力的普通話爲根據，決不能以北京一隅的方言爲根據。
錢玄同認爲，改用拼音字母需要10年的準備，因此他提出了十項籌備事項和五項“補偏救弊”的辦法。
1922年(民國十一年)，在國語統一籌備會第四次大會上，錢玄同提出了《減省現行漢字的筆畫案》，併成爲“漢字省體委員會”委員。
1925年(民國十四年)，錢玄同與黎錦熙一起創辦並主持《國語週刊》。“國語統一籌備會”於1928年改組爲“籌備委員會”，於1935年又改組爲“國語推行委員會”，他都一直任常務委員。同年，錢玄同抱病堅持起草了《第一批簡字表》。可以說，建國以後文字改革的三大任務：簡化漢字、推廣普通話、制定和推行《漢語拼音方案》，錢玄同早在半個世紀以前就做過很多堅實的奠基工作，他稱得起是文字改革工作的前驅。
1928年(民國十七年)，錢玄同曾任辭典處國音大字典股主任。1928年7月12日，國民政府大學院(即教育部)電請錢玄同、黎錦熙爲“國語統一會”的籌備員，改組國語統一籌備會。9月26日，中華民國大學院正式公佈“國語羅馬字”。12月國語統一籌備會改稱“教育部國語統一籌備委員會”，錢玄同、黎錦熙、陳懋治、汪怡、沈頤、白鎮瀛、魏建功爲常務委員。
1931年(民國二十年)，錢玄同任國音字母講習所所長。
1932年(民國二十一年)，錢玄同與黎錦熙共任《中國大辭典》總編纂。
1934年(民國二十三年)，錢玄同又提出《搜採固有而較適用的簡體字案》，並自己起草了“第一批簡體字表”，共2300多字。
1935年(民國二十四年)，大學院公佈了其中的324個字。這是歷史上由官方公佈的第一批簡化漢字。此外，錢玄同還倡導使用新式標點符號、阿拉伯數字、公元紀年法、漢字橫行書寫等。
1939年(民國二十八年)1月17日，錢玄同忽然右腦部溢血，在北京的德國醫院逝世。
反綱常名教
錢玄同出身於清末一箇舊官吏家庭，所受封建禮教頗多頗嚴。他對三綱五常等舊禮教最痛恨，反對也最堅決，激烈的言論很多，是一個敢於向舊禮教宣戰的先鋒大將。
錢玄同自號“疑古玄同”，對過去的大師，常持堅決否定態度。20年代初，錢玄同和大學剛畢業的顧頡剛討論今古文，以《聊齋志異》上的故事舉例，說明他們這一代學人治學應該有的態度：
書生桑生先後接納了兩名女子，這兩個不安分的女人，老是互相攻擊，一個說對方是鬼，一個說對方是狐，桑生起初以爲她們只是妒忌，說着玩玩，經過一段時間的考驗，發現她們果然一個是鬼一個是狐，事實證明兩個女人說得都對。
這個故事正好可以用來面對今古文之爭：“今文家攻擊古文家僞造，這話對;古文家攻擊今文家不得孔子真意，這話也對。我們今天，該用古文家的話來批評今文家，又該用今文家的話來批評古文家，把他們的假面具一齊撕破。”
顧頡剛認爲這是一個極銳利、極徹底的批評，是一個擊碎玉連環的解決方法：“我的眼前彷彿已經打開一座門，讓我們進去對這個二千餘年來學術史上的一件大公案作最後的解決。”
主張一夫一妻
舊社會文人嫖娼、納妾都是平常事，錢先生從不嫖娼。有人以他妻子徐婠貞身體不好爲由勸他納妾，錢先生嚴辭拒絕，說：“《新青年》主張一夫一妻，豈有自己打自己嘴巴之理。”錢先生還說：“三綱像三條麻繩，纏在我們的頭上，祖纏父，父纏子;子纏孫，一代代纏下去，纏了兩千年。新文化運動起，大呼解放，解放這頭上纏的三條麻繩。我們以後絕對不許再把這三條麻繩纏在孩子們頭上!可是我們自己頭上的麻繩不要解下來，至少新文化運動者不要解下來，再至少我自己就永遠不會解下來。爲什麼呢?我若解了下來，反對新文化維持舊禮教的人，就要說我們之所以大呼解放，爲的是自私自利，如果藉着提倡新文化來自私自利，新文化還有什麼信用?還有什麼效力?還有什麼價值?”
