田中義成、今谷明等學者認爲足利義滿有篡奪皇位的企圖;而受到此說法的影響，作家海音寺潮五郎、井澤元彥等人認爲義滿是由於皇室爲了阻止其篡位而被暗殺的。
日本從平安時代到室町時代期間，曾長期流傳着一首名叫《野馬臺詩》的預言詩。相傳這首詩是由中國南朝樑時期的高僧寶誌禪師所作，後來由遣唐使吉備真備帶到日本。該詩的內容爲：
東海姬氏國，百世代天工。右司爲輔翼，衡主建元功。初興治法事，終成祭祖宗。本枝周天壤，君臣定始終。谷填田孫走，魚膾生羽翔。葛後干戈動，中微子孫昌。白龍遊失水，窘急寄故城。黃雞代人食，黑鼠喰牛腸。丹水流盡後，天命在三公。百王流畢竭，猿犬稱英雄。星流飛野外，鐘鼓喧國中。青丘與赤土，茫茫遂爲空。
這首預言詩預言日本天皇之位傳到第100代時將會滅亡，猿、犬擾亂天下，這就是著名的“百王說”。後圓融天皇系當時官方認定的第100代天皇;關東的鎌倉公方足利氏滿生肖屬猴，足利義滿自己生肖屬犬，因此義滿曾懷疑自己和足利氏滿將取代天皇的天下，並且就此“百王說”這一問題諮詢了坊城俊任、吉田兼敦，得到的答案是“百是衆多的意思”。
雖然這首預言詩如今被認定爲僞作，但根據相關史料的記載，足利義滿可能真的有篡位的意圖。足利義滿在很早的時候就將自己的花押分爲武家用和公家用兩種，其繼室日野康子被後小松天皇封爲準母(地位相當於天皇的母親)，像皇族女性一樣被授予了“北山院”的院號。朝廷的祭祀權、人事任命權悉歸足利義滿管轄，義滿入宮覲見以及出外參拜寺社時使用與上皇同等的待遇。
1408年(應永15年)3月，後小松天皇臨幸義滿的居所北山第時，足利義滿所坐的榻榻米是當時只有天皇和上皇才能使用的繧繝綠圖案。4月，義滿的次子義嗣在宮中元服時享受了親王的待遇。由此可見，足利義滿有篡奪皇位的野心，而接受明朝所授予的“日本國王”封號，則是試圖假借明朝爲外援，也是篡位計劃的一個環節。足利義滿計劃脅迫後小松天皇禪位，讓愛子足利義嗣繼任天皇之位，自己則以治天之君的身份統治日本。但是，當時公卿的日記中沒有找到足利義滿排擠篡位計劃的最大障礙——皇太子躬仁親王的相關記錄。
由於足利義滿的權力已經完全凌駕於天皇之上，天皇成爲了傀儡;而且義滿又有篡位的意圖，因此朝廷決定將其剷除，派人下毒把義滿毒死。井澤元彥認爲暗殺者很有可能是義滿所親近的人物世阿彌和二條良基。此外，也有可能是當時的幕府將軍足利義持，因爲義滿寵愛義持的弟弟足利義嗣，這使義持的地位受到威脅，感到非常不安。
然而當時公卿的日記中根本沒有發現義滿是被暗殺的相關記載，因此暗殺說沒有直接證據。而井澤元彥認爲，朝廷之所以在足利義滿死後追贈其“太上天皇”的稱號，是爲了鎮撫被暗殺的義滿的怨靈。
