洪武四年(1371)，朱元璋詔令：“自今犯贓者無怠”。洪武八年(1375)，朱元璋又下令，犯贓罪的官吏一律貶謫到鳳陽屯種，也就是罰去幹農活。僅洪武九年(1376)一年，在鳳陽屯種的官吏就接近一萬人，其中大部分爲貪官。在《大明律》中，朱元璋對貪官污吏處罪特別重。其中，犯有貪贓罪的官吏，一經查實，一律發配到北方荒漠之地充軍;官吏貪污獲贓六十兩以上的，處以梟首示衆之刑。對付貪官污吏，除去用刑法規定的“五刑”，朱元璋還常常法外用刑，包括抽筋、挑膝蓋、剁指、剁腳、剝皮等酷刑。在官衙前，往往有一個剝皮場，和一個專挑貪官人頭的長杆;在官衙辦公書案旁，則有一個塞滿稻草的人皮，用以震懾和恐嚇那些心存貪瀆之念的官吏，使之觸目驚心。
如此懲治貪官污吏，亙古未聞於史。朱元璋這三種手段，在很大程度上使一些企圖作案的官員有所恐懼，有所收斂，而且也使貪贓枉法者能及時受到揭發、彈劾，對官員起到了一定震懾作用。儘管這樣，仍有不少貪官污吏仍存有僥倖心理，不把法律放在眼裏，有錢就抓，有好處就撈。對此，朱元璋不管對方是京城高官，還是皇親國戚，一概格殺勿論。郭桓和歐陽倫就因爲貪贓枉法，死在了朱元璋的嚴令之下。
戶部侍郎郭桓夥同他人貪贓舞弊，盜賣官糧，甚至牽連到禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王傑、工部侍郎麥志德等高級官員，其貪污盜賣獲得的金銀摺合成糧食達2400多萬石。案件查清後，朱元璋下令將趙瑁、王惠迪等人棄市，在鬧市處死，屍體暴露街頭;郭桓等六部侍郎以下官員也統統處死;各布政使司有牽連的官吏幾萬人也都逮捕入獄，嚴加治罪;全國各地捲入這一特大貪污案件的官吏、富豪，被抄家處死的不計其數。
對京師高官如此，對皇親國戚也不手軟。朱元璋的女婿、附馬都尉歐陽倫，憑着自己是馬皇后親生女兒安慶公主的丈夫，不顧朝廷的禁令，一向爲非作歹。對此，朝廷多次申戒，但歐陽倫卻置若罔聞。除了強佔土地、隱匿稅賦，歐陽倫還插足商業，走私販私，向陝西販運私茶，從中獲取暴利。家奴周保還強迫當地官吏，抽調幾十輛車爲歐陽倫運輸私茶，稍不如意，就任意打罵這些地方官。朱元璋知道後，立即下令賜死歐陽倫，誅殺周保。
由於鐵腕肅貪，雷厲風行，朱元璋在位期間，明朝河清海晏，百姓樂業。《明史》纂修者十分推崇明初的官清吏廉，贊曰：“明太祖懲元季吏治縱弛，民生凋敝，重繩貪吏，置之嚴典。
一時守令畏法，潔己愛民，以當上指，吏治煥然丕變矣”(《明史·循吏傳》)。清人朱彝尊《明詩綜》中收錄了反映了朱元璋時社會民生的一首詩，“山市晴，山鳥鳴。商旅行，農夫耕。老瓦盆中冽酒盈，呼囂隳突不聞聲”，與柳宗元《捕蛇者說》中“悍吏之來吾鄉，叫囂乎東西，隳突乎南北，譁然而駭者，雖雞狗不得寧焉”，形成了鮮明對比。
朱元璋在位三十一年，官擾民事件十分罕見，廉吏清官隨處可見，堪稱風正氣順;特別是在地方吏治方面，成效尤爲突出。據嘉靖年間戴璟《廣東通志》卷十一《循吏傳》統計，洪武年間，廣東的循吏有五十二人，其中許多人以廉吏著稱。如，海豐縣丞召翊“開創縣，勤勞爲最，且廉。”東莞縣令盧秉安在任十九年，“清操不易”。離任時，他不接受百姓贈送的財務，只接受贈詩。他自己寫詩抒志說：“不貪自古爲人寶，今日官貧詩滿囊。十有九年居縣邑，幸無一失掛心腸。”這真實反映了朱元璋整飭吏治後的官場氣象。
朱元璋打擊貪官污吏的做法，爲後來的明成祖、仁宗、宣宗所借鑑和沿襲，他們或嚴刑峻法，或剛柔並濟，不僅使明朝前期的官場風氣持續淨化，也成就了“永樂之治”和“仁宣之治”的美名。應該說，由朱元璋打造的官場清廉之風，一直延續到明朝宣德年間，吏治清朗達六十餘年，這在中國歷史上是極其罕見的。
從明朝中葉開始，皇帝昏庸，政治黑暗，官場腐敗，貪贓枉法的土壤滋生，沉寂多年的貪官污吏東山再起。嘉靖時期，清官海瑞就嚮往朱元璋時的酷刑駕吏，主張恢復剝皮治貪的辦法，可惜未被採納。這是後話。
