萬曆二十七年（1599年）四月，援朝明軍總督邢玠在紫禁城午門進行了規模隆重的獻俘儀式，明神宗朱翊鈞一聲鈞旨，六十一個日軍俘虜被斬首示衆。隨後，朱翊鈞做“平倭詔”昭告天下，詔書上莊嚴寫道：“我國家仁恩浩蕩，恭順者無困不援；義武奮揚，跳梁者雖強必戮有明一代，皇帝親臨午門參與獻俘禮，一共只有4次，都是出自萬曆皇帝。“跳梁者雖強必戮”！這是一個多麼自信而強硬的皇帝！
萬曆皇帝毅然出兵，大明將士血灑三千里江山，拯救了朝鮮，讓日本人的侵略鐵蹄踐踏中華整整推遲了三百年。明朝的出兵絕不僅僅是宗主國對藩屬國的援助，而是關乎國運存亡的生死之戰，所以《明史》稱爲“東洋之捷，萬世大功。”但是，耗師糜餉，傷筋動骨，萬曆一朝終於成了國運浮沉的分水嶺。《明史?朝鮮傳》稱：“自倭亂朝鮮七載，喪師數十萬，糜餉數百萬，中朝與屬國迄無勝算。”萬曆三大徵，特別是壬辰援朝戰爭，把張居正千辛萬苦積攢起來的財政家底化爲烏有，把遼東、西北、浙江的精兵折損大半。後面女真崛起和陝甘農民起義接踵而至時，明朝已如風中殘燭，無財力，只能殘民以逞加派邊餉，無人力，只能拿有限的部隊四處救火，就這樣抱薪救火到最後，終於燃盡了朱家的天下。
清代史學家趙翼索性下了這樣的定論：“明亡不亡於崇禎，而亡於萬曆。”再看看日本方面。撤回本國的日軍諸將，在平戶的那古邪受到了熱烈歡迎，石田三成宣佈了秀吉的遺命，對諸侯進行了慰問和論功行賞，然後各歸其藩——在日本人普遍的思維裏，雖然沒有獲得朝鮮一寸土地，但覺得這場戰役戰功顯赫，宣揚了日本軍隊的榮耀。這種觀念一直延續到明治維新時代，日本的“徵韓論”再度喧囂，發動了近代史上又一次不義的侵略戰爭。《明史?日本傳》把戰爭的終結歸結爲：“秀吉死，諸倭揚帆盡歸，朝鮮患亦平。”事實上從戰局看，不管豐臣秀吉死不死，日軍的失敗都不可避免。
縱觀整個戰爭，無論是文祿之役還是慶長之役，日軍憑藉戰略和戰術優勢，總是能在戰爭初期勢如破竹，但一旦進入相持階段，小國對抗大國的資源劣勢就暴露無遺。豐臣秀吉在臨死前曾嘆息說：“吾不幸生於小國，兵力不足，使我不能克遂耀武八表之志，奈何！奈何！”這句話說到了要害，七年朝鮮之戰，“小國”對抗“大國”，最後的結局只能贏得倉皇北顧。戰禍連綿，無數日本將士暴骨海外，國內人怨不斷。《日本外史》這樣總結：“趨七道之民，裹其未愈之瘡痍，以入未知之地，連年無所成，致其力衰竭。”戰爭的挑起者豐臣秀吉更是第一個受到報應，正是因爲壬辰戰爭中激化的文吏派和武功派不和，導致豐臣家內部分崩瓦解，最後被保存實力的德川家康取得了天下，豐臣秀吉的子孫也被殺得精光。
德川幕府吸取了秀吉的教訓，熄滅了武力擴張的夢想，從一個極端走向另一個極端，躲進島國成一統，閉關鎖國整整兩百年，直到“黑船”的炮聲敲響了德川幕府的喪鐘。朝鮮是最大受害國，壬辰戰爭中人口死亡近兩百萬，耕地損失大半，幾乎在廢墟中重建。整個國家大傷元氣，以至於近代再次淪爲日本侵略戰爭的犧牲品。不過，對於再造之恩的大明，朝鮮李朝視之爲重生父母。滿清崛起後，李朝上下皆視之爲胡虜夷狄，仍然對明朝忠心耿耿，“奉明正朔”。《李朝實錄》記載了朝鮮仁祖李倧寫給皇太極的書信：“曾在壬辰之難，小邦朝夕且亡。神宗皇帝動天下之兵，拯濟生靈於水火之中。小邦之人，至今銘鏤心骨。寧獲過於大國（滿清），不忍負皇明。此無他，其樹恩厚而入人深也。”這份感激之情一直持續到明朝滅亡後，李朝還是在內部文書上堅持用崇禎年號。朝鮮孝宗李淏甚至以光復大明天下爲己任，訓練軍隊試圖北伐。
