當時，長安城內傳言太子謀反，由此，太子勢孤力弱，歸附丞相劉屈髦的人越來越多。
交戰不利，太子劉據只有逃離長安，南奔覆盎城門。本來大門已經閉合，由於守門的大臣田仁認爲太子與武帝有父子之親，又屬於無罪被逼反，所以還是放開一條生路，劉據得以從長安城逃脫。
大軍入城後，武帝派人收取衛子夫皇后璽綬。知道兒子已經失敗，絕望之餘，衛子夫自殺。
大怒未息，武帝下令大肆捕殺太子賓客，多人以謀逆罪被族誅。
武帝怒甚，羣臣憂懼，不知如何勸說。此時，壺關三老令狐茂上書，勸說武帝：
“臣聞父者猶天，母者猶地，子猶萬物也。故天平地安，陰陽和調，物乃茂成;父慈母愛，室家之中子乃孝順。陰陽不和，則萬物夭傷;父子不和，則室家喪亡。故父不父則子不子，君不君則臣不臣，雖有粟，吾豈得而食諸!昔者虞舜，孝之至也，而不中於瞽叟;孝已被謗，伯奇放流，骨肉至親，父子相疑。何者?積毀之所生也。由是觀之，子無不孝，而父有不察，今皇太子爲漢適嗣，承萬世之業，體祖宗之重，親則皇帝之宗子也。江充，布衣之人，閭閻之隸臣耳，陛下顯而用之，銜至尊之命以迫蹴皇太子，造飾奸詐，羣邪錯謬，是以親戚之路隔塞而不通。太子進則不得上見，退則困於亂臣，獨冤結而亡告，不忍忿忿之心，起而殺充，恐懼逋逃，子盜父兵以救難自免耳，臣竊以爲無邪心。《詩》曰：‘營營青蠅，止於藩;愷悌君子，無信讒言;讒言罔極，交亂四國。’往者江充讒殺趙太子，天下莫不聞，其罪固宜。陛下不省察，深過太子，發盛怒，舉大兵而求之，三公自將，智者不敢言，辯士不敢說，臣竊痛之。臣聞子胥盡忠而忘其號，比干盡仁而遺其身，忠臣竭誠不顧鈇鉞之誅以陳其愚，志在匡君安社稷也。《詩》雲：‘取彼譖人，投畀豺虎。’唯陛下寬心慰意，少察所親，毋患太子之非，亟罷甲兵，無令太子久亡。臣不勝惓惓，出一旦之命，待罪建章闕下。”
這封疏奏，寫得非常中肯，在爲太子申辯的同時，令狐茂指出，正是因爲江充奸邪，才最終導致事變發生，誠懇勸說武帝在國內趕緊停止軍隊集結，不要使得逃亡的太子在外面流離過久而再生事端。
武帝接疏後，稍有感悟。
太子逃到湖縣(今河南三門峽靈寶縣豫靈鎮)後，攜兩個小兒子在泉鳩裏一戶貧家內躲避。戶主對太子非常忠心，常賣屨來維持太子生活所需。畢竟太子所需費用不菲，忽然想起有一位從前相熟的屬下老家在湖縣，太子就派人找他。
結果，太子行蹤被漢朝官吏發現，朝廷立刻派人來逮捕太子。
情急之下，太子自殺(或者是被殺)，戶主在格鬥中被殺，太子身邊兩個小兒子也被殺。太子劉據有三子一女，至此全部遇害。
而太子妃史良悌所生的孩子“史皇孫”劉進，他本人在長安被殺後，倒留有一個出生不久的孩子，由於小孩太小，又是武帝親曾孫，沒被立刻殺掉。武帝下詔，把這小孩子押到專門的監獄中關押起來。
所以，武帝太子劉據身後，只剩下這麼一個孫子。而恰恰是這個小孩子，日後被霍光擁立，成爲漢朝歷史上彪炳千秋的一代帝王——漢宣帝劉病已(劉詢)!
隨着歲月流逝，武帝對巫蠱之事有所後悔。經過仔細複審，武帝發現從前官吏和百姓以巫蠱害人罪相互告發的，基本沒有犯罪事實。而後，田千秋等大臣不斷爲太子鳴冤，武帝終於發現自己因多疑而致誤。
後悔無及，武帝深知太子劉據本無反心。於是，他下令把江充家滅族，把江充親信蘇文活活燒死在橫橋上。
處理了江充餘孽後，武帝在在湖縣建“思子宮”，並派人在太子遇害地修建“歸來望思臺”，藉此寄託對自己親生太子和兩個孫子的懷念之情。
一切的一切，都太晚了。人死，不能復生。
太子劉據死後，作爲兒子的燕王劉旦請求宿衛。漢武帝對此非常不滿，懲罰燕王，其後，他選擇少子劉弗陵爲太子。
到此，在武帝晚年擾亂一時的“巫蠱之禍”事件，終於告一段落。
