永元三年(501)，南齊的雍州刺史蕭衍因其兄蕭懿被冤殺，起兵造反。南齊皇帝蕭寶卷覺得城防堅固，不以爲意，下令關閉城門嚴防死守，自己依舊在宮裏吃喝玩樂，還自信地對大臣們說道：“須來至白門前，當一決!”蕭衍的軍隊長驅直入，包圍了南齊都城建康。蕭寶卷這才穿上大紅袍，威風凜凜地上城樓視察，結果蕭衍的部隊在城下萬箭齊發，蕭寶卷差點被射成刺蝟，狼狽逃下城樓。近臣茹法珍替官兵向蕭寶卷求賞，好激勵將士死戰。可是蕭寶卷聽了很生氣，反問茹法珍：“亂黨殺進城裏後，難道只有我自己遭殃嗎?他們不是一樣沒好結果，爲什麼偏要讓我給他們錢才肯賣命?”平日慫恿皇帝胡鬧的茹法珍聽後悻悻退下。
皇宮後堂內存有數百塊木板，將士想拿出作爲城防之用，稟奏蕭寶卷等着他審批。蕭寶卷又不高興了，告訴來人：“木板是留着用來修建宮殿的，怎麼能用做城防。”如此幾次，將士們再也不肯爲他賣命，於是在駐守於宮城內的將軍王國珍的帶領下投降蕭衍。
大兵圍城，並不耽誤蕭寶卷玩樂的雅興，王國珍投降的這一晚，蕭寶卷還在含德殿吹笙，並乘興作了一首《女兒子》，玩累了才上牀休息。還沒有睡熟，就聽到有士兵攻進皇宮的叫喊聲。他趕緊爬起來向後宮跑去，可是通道被守夜的宦官給擋住了。見蕭寶卷要逃，宦官一刀砍在他的膝蓋上，之後割下首級送給蕭衍領賞去了。
蕭寶卷死時才19歲，剛當了三年皇帝。三年裏，這位皇帝做了無數讓大臣失望、百姓痛恨的荒唐事兒。
蕭寶卷小時就討厭讀書，喜歡做些稀奇古怪的事情尋開心。有一天夜裏，他發現東宮裏的老鼠躥上跳下，從此迷上深夜捉老鼠的遊戲，常常通宵不眠，帶着太監宮女捉老鼠直到天亮。蕭寶卷還喜歡玩雜耍，對擔幢分外着迷，剛開始練習在手臂上擔的時候，幢經常傾倒傷人。即便這樣，蕭寶卷仍舊興致不減，後來越練越好，竟然不滿足於在手臂上玩耍，開始嘗試用牙齒擔幢。他讓人做了一個七丈五尺長的白虎幢用牙齒擔着玩，牙齒掉落也不在乎。他的父親齊明帝蕭鸞雖然陰險狠毒，對兒子卻很寬厚，知道這個太子荒誕的行爲後也並不在意，依然寵愛非常。
齊明帝死後，按規矩應在太極殿停靈數日，以方便大臣及各國使節往來弔唁。蕭寶卷不喜歡和大臣接觸，更討厭應酬賓客，覺得父親的靈柩放在太極殿裏礙眼，於是令人趕緊擡走下葬。大臣徐孝嗣據理力爭，才又停放了一個月。這期間，大臣們紛紛前來哭靈，按道理蕭寶卷要一起痛哭以示悲哀，可是他卻常常以自己咽喉疼痛爲由不哭。不哭也就罷了，有一次大夫羊闡頓首痛哭時帽子掉了，露出光禿禿的頭頂，蕭寶卷竟然哈哈大笑，在一片哭聲裏開心地對身邊人說：“這多像一隻禿鷹在哭啊!”
