1894年(光緒二十年)中日爆發甲午戰爭。如何應付這場戰爭，清政府內部存在兩派。一派以慈禧太后爲首，史稱後黨，主張求和;另一派以光緒皇帝爲首，史稱帝黨，主張力戰。光緒雖已親政，但重大事務決策權仍在慈禧手裏。
慈禧與光緒的關係。他們既是伯母與侄兒，又是姨媽和外甥。光緒的父親奕譞是慈禧丈夫咸豐皇帝的弟弟，娶慈禧的妹妹爲妻，生下載湉。慈禧的兒子同治皇帝駕崩後，慈禧一錘定音，過繼時年只有四歲的載湉給前皇帝咸豐和自己做兒子，並立爲帝，兩人成爲名義上的母子。
隨着甲午戰敗，30多年洋務運動的成果灰飛煙滅，康有爲、梁啓超等有識之士認識到，非革新政治不足以救亡圖存。光緒也“憤極愧極”，爲了“不做亡國之君”，他逐步認識到學習西方不能“徒襲其皮毛”，必須進行根本的政治改革。他曾當面對慈禧表示，甘願“壞祖宗之法”，也要推進新政。而慈禧卻對光緒說：“凡所施行之新政，但不違背祖宗大法，無損滿洲權勢，即不阻止。” 雖然兩人都希望大清走向富強，但對“祖宗之法”的立場不同，爲變法失敗埋下了伏筆。
被慈禧太后扼殺的變法
1898年(光緒二十四年，戊戌年)6月11日，光緒採納維新派康有爲等人的主張，下《明定國是》詔，接連發出數十道變法命令。除舊的部分有：廢八股，改試策論;廢各省書院、祠廟改爲學堂;裁減綠營;裁撤詹事府等重疊機構。布新的部分有：辦學堂，首先籌辦京師大學堂;設中國銀行、礦務鐵路總局、農工商總局，倡辦各種實業;獎勵新著作、新發明;設立譯局，編譯書籍;准許自由開設報館、學會;編制國家預算，公佈歲出歲入;廣開言路，提倡上書言事等。
這些變法新政的舉措，是要用西方國家和日本明治維新的模式取代中國傳統的封建制度，這就大大觸動了頑固派的既得利益，危及到其統治。對於光緒的變法詔諭，只有湖南巡撫陳寶箴認真執行，湖北巡撫曾穌較爲熱心，其他各省督撫則觀望敷衍，甚至抵制，對“諭令籌辦之事，竟無一字復奏”。新政在絕大多數省份不能推行。光緒的變法令大都成爲一紙空文。
《明定國是》詔頒佈後第四天，慈禧逼迫光緒連發三道上諭：一、罷黜帝黨首領、光緒老師翁同龢，逐回原籍;二、任命慈禧親信榮祿爲直隸總督，統帥京畿董福祥部、聶士成部、袁世凱部三支重兵;三、凡授任新職二品以上大臣，“具折到皇太后前謝恩”。這對於已經歸政光緒的慈禧來說，無疑是要重新控制光緒了。
在變法中，當大學士孫家鼐提出“若開議院，民有權而君無權”時，光緒回答：“吾欲救中國耳，若能救國，則朕雖無權何礙?”即爲了國家而不惜自己的權位。事實證明，光緒是這樣說的，也是這樣做的。
面對慈禧的一連串舉動，光緒試圖通過壯大自己的力量來與慈禧進行對抗，以便加緊推行新政。他頻頻召見康有爲、譚嗣同、黃遵憲等維新派(六品以下小臣)共商變法大計;將阻撓禮部主事王照上書的禮部堂官懷塔布、許應睽等六人革職，新任命七名堂官，其中四人是維新派;提拔維新派官員，特別給譚嗣同、劉光第、楊銳、林旭四人以四品卿銜，擔任軍機章京，架空守舊的軍機大臣。
慈禧與光緒的排兵佈陣，使得後黨與帝黨兩派的鬥爭逐漸升級，危機四伏。光緒手中沒有兵權，萬般無奈之下決定冒險拉攏掌握天津新式陸軍的袁世凱。而慈禧不斷派人去天津與榮祿密謀，很快，榮祿調動聶士成的武毅軍移駐天津陳家溝，調動董福祥的甘軍移駐北京長辛店。
1898年9月15日，光緒判斷事態即將劇變，召見楊銳並授以密詔，訴說慈禧反對變法，自己自身難保之苦。康有爲、譚嗣同等除拉攏袁世凱外，又幻想取得日、英、美等國支持，四方奔走，但均無結果。
9月16日，光緒召見袁世凱，“著開缺以侍郎候補，責成專辦練兵事務”。9月18日，御史楊崇伊上奏慈禧稱：“風聞東洋故相伊藤博文，即日到京，將專政柄。”同日深夜，譚嗣同密訪袁世凱，希望他起兵勤王，逼慈禧徹底交權。袁當面表示願效忠皇帝，同時藉口事機緊迫，須迴天津部署。
9月19日夜，慈禧突然提前兩天從頤和園返回紫禁城。9月20日，光緒先召見袁世凱，後會見日本前首相伊藤博文。
9月21日凌晨，慈禧發動政變，將光緒囚禁在中南海瀛臺，宣佈臨朝訓政。當晚，袁世凱從楊崇伊處獲悉慈禧重新訓政，以爲事情泄露，爲保全自己，和盤托出維新派的密謀。致使事態擴大，大批維新派被捕、被革、被逐和六君子被殺。變法宣告失敗。 戊戌變法僅僅持續103天，其失敗的教訓深刻揭示了這樣一個真理：既得利益集團一旦形成，必定會頑固阻撓和反對改革。與既得利益集團的決戰，將決定改革的成敗。
遲來的新政救不了大清
戊戌變法失敗兩年後，1900年義和團運動引發八國聯軍侵華戰爭。這時，慈禧獲得兩個完全不靠譜的信息：一是義和團有刀槍不入神功，有敢於和“洋鬼子”血戰到底的決心，二是各國公使要求慈禧歸政光緒。兩個信息分別使慈禧認爲，中國民心可用、“洋鬼子”可恨，決定向各國宣戰，結果使中國又一次遭遇慘敗。
在經受盲目排外失敗的打擊與西逃西安飽嘗的艱辛之後，慈禧終於認識到列強遠比大清強大，爲了大清江山與億萬臣民，必須引進一些西方的制度和觀念。因此拋棄了保守主義偏見，決定繼續光緒在戊戌變法時提出的政策，發起清末新政。
1900年8月20日，慈禧在向西逃亡途中，以光緒的名義下罪己詔。12月1日，慈禧已逃到西安，在西安行在發佈上諭：“取外國之長，乃可補中國之短。懲前事之事，乃可作後事之師。欲求振作，當議更張。”要求大臣們在兩個月的限期內，就政治改革問題發表意見。然而，兩個月過去了，屠殺戊戌六君子的恐怖記憶，使大臣們仍然噤若寒蟬。
1901年1月30日，一向堅持“祖宗之法不可變”的慈禧，以光緒的名義頒佈變法詔書。詔書以雄辯的文字說明，只有“變法”，才能使國家漸致富強。祖宗之法也不是不可變的，而且列祖列宗也是在不斷地變法。慈禧明白臣民對於戊戌政變被血腥鎮壓會心有餘悸，在昭書中作一些新的解釋。說維新派“僞辯縱橫，妄分新舊”，給康有爲定性爲“乃亂法也，非變法也”。
儘管詔書稱康有爲“亂法也，非變法也”，但在實際上清末新政恰恰是戊戌變法的延續與發展。比如，戊戌變法的變科舉、發展工商業和要求君主立憲的呼聲，在清末新政時發展爲廢除科舉制、獎勵工商業與預備立憲的實施。
不過，清末新政卻始終未脫離“永固皇位”，即以保全清朝統治者的利益爲前提去實施近代化的一些措施。而慈禧的預備立憲承諾，遇到的是革命黨人舉起的民主共和與武裝起義的大旗，已經錯過了在和平環境中進行改革的歷史時機。
歷史給了清末新政十餘年的改革時間。新政開始時，慈禧年過花甲，光緒正值壯年，雖然被囚禁於四周環水的小島瀛臺，但他一直堅持學習外語，關心與研究國內外時事，始終懷抱着“有意振興中國”(光緒私下對即將離開皇宮的德齡語)之志。1908年11月13日，在慈禧患病多日之後，光緒也“疾甚”(見《清實錄》)，次日便駕崩於瀛臺涵元殿，年僅37歲。過了不到一天，慈禧駕崩。
對光緒如此蹊蹺之死，百年來人們紛紛懷疑他死於謀殺。從2003年至2006年，北京市公安局偵查人員與中國原子能科學院科研人員，從光緒陵寢提取光緒的頭髮進行檢驗，結果發現含量相當高的砒霜。後來，中國人民大學教授、國家清史編纂委員會主任戴逸撰文稱，慈禧惟恐自己先死，光緒復出盡翻舊案，故在全國大造光緒病重輿論，希望光緒因體弱多病而先死。但事與願違，自己先罹重病，勢將不起，故臨終前令親信毒死光緒。從檢測結果與史料記載來看，這應是事實的真相。
而在光緒與慈禧駕崩後，這場在變法詔書中自稱是“母子一心，臣民共見”的清末新政，卻又變成攝政王載灃等人的撥弄朝政。歷史是無情的，三年後，清王朝最終無可挽回地被革命黨人推翻了。
