出生後不久，瑪格麗特王后的父母就在圖勒鎮的教堂爲她舉行了盛大的受洗儀式，許多身份地位很高貴的親屬都參與並見證了這次典禮。之後，在瑪格麗特王后的嬰兒時期，一個名叫歐法妮的家庭保姆負責照顧她。歐法妮爲這個家族服務多年，忠誠可靠，伊莎貝拉生下的所有孩子都是由她照管的。
瑪格麗特王后這一家人與歐法妮感情很深，歐法妮不幸辭世後，爲了紀念她，雷尼埃勒還特地建造了一座紀念碑。紀念碑上有歐法妮的雕像。這個雕像中，歐法妮臂彎間還抱着兩個孩子，據說其中一個孩子就是瑪格麗特王后。
伊莎貝拉的父親洛林公爵查理二世去世時，洛林本應該由伊莎貝拉和雷尼埃勒繼承的，可是洛林公爵的另外一位繼承人卻突然冒了出來。這位繼承人並不認爲自己比伊莎貝拉更有權利繼承洛林，而是他認爲即使伊莎貝拉得到丈夫的全力支持，他也比伊莎貝拉更爲強大，能夠奪取並守衛好洛林。
這位準備強行繼位的人就是伊莎貝拉的叔叔，剛剛去世的洛林公爵查理二世的弟弟安東尼·德·沃代蒙。伊莎貝拉的父親去世後，安東尼就決定奪取洛林公國的所有權，決不能讓它落入它合法的繼承人伊莎貝拉之手。他覺得伊莎貝拉不過是個女流之輩，因此，他很瞧不起他這個侄女。
他表示：“洛林地位尊崇，歷來都是兵家必爭之地，決不能由一個女人來掌管。”安東尼召集了自己的追隨者和私兵，組建了一支軍隊，開始攻城略地。而另一方面，伊莎貝拉則盡她所能地讓洛林人民支持她的事業。雷尼埃勒以伊莎貝拉的名義組建了一支武裝力量，並親自指揮大軍前去迎戰安東尼。
伊莎貝拉自己則帶着孩子們來到了洛林的主要城市南錫，對當時的她來說，南錫是最安全的地方，伊莎貝拉打算在那裏等待戰爭的結果。那時，瑪格麗特王后大約兩歲。
