騎士團中最爲出名的三大騎士團皆爲軍事修士會，即醫院騎士團，聖殿騎士團和條頓騎士團。他們爲教宗組織的僧侶騎士團，其使命是鎮壓聖地周圍的衝突，與毗鄰的穆斯林國家作戰，保衛並擴大十字軍領地。這三個騎士團後發展爲精銳的職業軍，但在聖地失陷之後先後逐漸失去宗教意義。除了上述三大宗教騎士團之外，蘇格蘭地區的騎士，在前往聖地加入十字軍行列的途中，往往選擇假道伊比利亞，因爲在伊比利亞半島的軍事行爲也帶有強烈的十字軍色彩。
甚至於在伊比利亞還出現了三個騎士團，聖地亞哥騎士團、卡拉特瓦騎士團，阿爾坎特拉騎士團，與一個較小的蒙提沙騎士團。條頓騎士團，又譯德意志騎士團，正式名稱爲耶路撒冷的德意志弟兄聖母騎士團，與聖殿騎士團，醫院騎士團一起並稱爲三大騎士團。現時，條頓騎士團的口號是幫助，守衛，救治。第三次十字軍東征期間，來自德意志地區的騎士多次獲贈土地和城堡。
聖殿騎士團，或神廟騎士團，正式全名爲基督和所羅門聖殿的貧苦騎士團，是存在於中世紀的天主教軍事修士會，乃著名的三大騎士團之一。其成員稱爲聖殿騎士，而高級成員則獲許穿着騎士團標誌性的繪有紅色十字之白色長袍。聖殿騎士團曾是歐洲歷史上最富有和強大的天主教軍事修士會之一，並且在其存在的近兩百年中對中世紀的歐洲經濟體系產生了巨大的影響。
聖殿騎士團和十字軍的命運密切相關。1291年，聖地陷落，他們失去根據地，最終淪爲法王腓力四世爲解決財務問題的犧牲品。1307年，其衆多成員在法國被捕，殘酷審訊後以異端罪名處以火刑。1312年，身處亞維農教廷的教宗克雷芒五世被腓力四世施壓，宣佈解散聖殿騎士團。此一活躍將近兩世紀的宗教軍事組織，從此在歐洲主要地區銷聲匿跡，其悲劇性結局則催生許多相關的傳說和文學作品。
醫院騎士團全稱是耶路撒冷聖約翰醫院騎士團，又被稱爲聖約翰騎士團，成立於1099年，最初是由法國貴族幾名同伴在耶路撒冷的施洗者聖約翰教堂附近的醫院裏成立，主要目的是照料傷患和朝聖者。由於朝聖者無私的付出讓醫院修會迅速發展，從1110年起修會同意將分散耶路撒冷的領土的財產，可以交給醫院騎士團。1113年，教廷承認他們是獨立的修會，並賜予他們一系列的經濟，政治特權，如無需繳納十一稅，無需接受任何政權的領導，只受教宗節制。
醫院騎士團的會規以奧思定會的會規爲基礎制定。騎士團的成員分爲教士，騎士和士官，以及會友或受贈者。騎士團由一位大團長統治，並有教士會議和八位法官協助。其組織和聖殿騎士團十分相似，但對於慈善事業上表現更爲顯著。醫院騎士團成立時只是單純行善的組織，從1120年纔開始作爲一個軍事修會進行活動，以武力保護朝聖者不受異教徒攻擊，並發展成爲耶路撒冷王國的一支重要的軍事力量，對耶路撒冷的政局也有很大的影響力。
它在耶路撒冷王國擁有七座大要塞，還有其他140多座建築。耶路撒冷王國國王鮑德溫四世去世後，當時醫院騎士團的大團長羅傑德穆蘭反對居伊繼任，可惜沒有成功。後來在1187年哈丁戰役中，醫院騎士團也派出主力參戰，由於指揮上的失誤，包括醫院騎士團及聖殿騎士團在內的基督教軍隊幾乎全軍覆沒，醫院騎士團大團長羅傑德穆蘭戰死。
