坦率地說，戰後日本甲級戰犯中，首相、將帥、大使級別的人，可以一大把一大把地抓，其中土肥原賢二的職位並不算是最高的。但是，他爲什麼能夠在甲級戰犯中赫赫有名並最後享受絞刑的“殊榮”呢？歸納起來，大致有四種說法。
第一種說法是，戰後遠東國際軍事法庭對28名甲級戰犯進行審判時，把他們的名字按照英文拼寫來排順序，結果是土肥原賢二被排在第二，這下子“爆棚”，知名度大爲提高。
第二種說法是，1948年12月23日零晨，遠東國際軍事法庭對判處死刑的7名甲級戰犯執刑，“死有先後，抽籤決定”，讓他們通過抽籤方式決定先後順序，土肥原賢二這小子真的不走運，一下子抽中了第1號，那就只好第一個走上了絞刑臺。對“第一名”，人們總是格外關注一些。
第三種說法比較靠譜，說土肥原賢二雖然官位不是最高、資歷不是最老，但水面下的活動卻是最多的，文雅一點說是有一肚子謀略，通俗地說就是一肚子壞水。更爲重要的是，正如日本人青木舜二郎在《土肥原機關的傳統和周邊》一文中所說的那樣，他是繼青木宣純、阪西利八郎之後，在中國從事諜報工作的第三代諜報頭子。在日本右翼分子眼中，他對“侵略擴張事業”貢獻最多、功勞最大。
第四種說法是，二戰後，中國國民黨政府向遠東國際軍事法庭提交的戰犯名單中，排名第一的就是土肥原賢二。據說，蔣介石直截了當十分厭惡地把土肥原稱爲“土匪源”，這次把他定爲戰犯名單第一名，是老蔣親自拍板的。大家知道，蔣介石對抗日戰爭末期日本中國派遣軍總司令岡村寧次都可以放一馬，爲什麼對土肥原賢二就這麼咬牙切齒，一定要置他於死地呢？
中國法官倪徵奧戰後在遠東國際軍事法庭曾經親自參加過審訊甲級戰犯嫌疑人土肥原賢二。他在《淡泊從容蒞海牙》（法律出版社，1999年）一書中說到土肥原賢二時說：“若論他所起的破壞作用，單就中國來說，則可以說無出其右者。”他還寫道：“早在‘九一八’以後，他以日本關東軍特務機關長的身份，到處威脅利誘，把偌大的一箇中國，分裂成滿洲、華北、冀東、內蒙、華中等幾個不同地區，分別成立僞政權，又在無數的基層，成立維持會，行使地方政府的職權。1938年，他在上海成立土肥原機關，積極準備成立僞組織，他在個別情況下，甚至不顧日本外交當局的勸阻，而是獨斷獨行。但是他在公開場合，總是隱藏在重大歷史事件的最深處。”
而曾經擔任英國駐日本大使的羅伯特克雷吉爵士在《日本人的真面目》一書中說：“歷史將無可辯駁地表明，日本陸軍的既定政策就是（在中國）挑起各種爭端，從各種挑釁事件中取利。在所有這一切陰謀詭計、阿諛討好和兇相畢露的威脅聲中，日本方面有一個小人物始終在活躍地上竄下跳——那就是土肥原大佐所演的角色。無論什麼地方，只要有他沾邊，哪怕是寫上幾個字，作上一番鼓動，就註定要出亂子。……無疑，他搞這一套的功夫是爐火純青了，他在中國的各社會階層中製造糾紛，一般是無往不勝的，籍此而爲侵略者鋪平道路。”
看到這些，我們也就不難理解蔣介石爲什麼對土肥原賢二深惡痛絕了！與舊軍閥博弈，投身抗日戰爭，可以說是蔣介石政治生涯中的兩件大事。但是，蔣介石在辦這兩件大事的長期過程中，總有一個被他稱爲“土肥源”的身材矮胖的日本小子在搗亂。他讓蔣介石這個“國家領袖”一次又一次丟盡面子。因此，蔣介石不能不辦他！最後，真的是在中方代表團強烈的要求和堅持下，土肥原賢二才被遠東國際軍事法庭判處絞刑的。
