1958年2月阿拉伯聯邦共和國成立後埃及和敘利亞於1958年2月合併，國名阿拉伯聯合共和國，簡稱阿聯。1961年9月敘利亞脫離阿聯後，埃及國名未改，仍稱阿聯。六天戰爭前後，埃及的國名是阿聯。以色列面臨南北聯合的威脅。1958年7月14日伊拉克的軍事政變推翻了費薩爾王朝，卡希姆將軍建立軍事政權。卡希姆深受蘇聯的影響，退出巴格達條約，拒絕美國的軍事援助。同樣，黎巴嫩和約旦也受到納賽爾的煽動。1958年春至夏，黎巴嫩發生內戰，伊拉克軍隊也捲了進去。黎巴嫩政府要求美國援助，第二天美國海軍陸戰隊在貝魯特登陸。
約旦國王侯賽因要求英國派遣軍隊幫助維持國內秩序，英國答應了他的要求。10月末，美、英兩國軍隊雖然撤出了黎巴嫩和約旦，但這兩個國家的國內形勢仍然極不穩定。埃及和敘利亞兩國採取了削弱約旦中立化的政策。1960年8月末約旦首相馬賈利在安曼被炸死，侯賽因國王在敘利亞邊境集結軍隊準備報復，形勢一度十分緊張。1961年9月28日，敘利亞取消同埃及的聯合。
1964年是阿拉伯各國團結氣氛見諸成效的一年。敘利亞、約旦、黎巴嫩在成立巴勒斯坦解放組織(PLO)和利用約旦河的問題上達成了協議。對此，埃及等其他阿拉伯國家也表示支持。改變約旦河上游的流向，使之不被以色列利用，這對以色列來說是關係生死存亡的問題。1964年11月，以色列空軍轟炸了這個水利計劃的關鍵——約旦河上游。阿方判斷，強行實施計劃會引起戰爭，因而於同年12月放棄了該項計劃。1965年5月14日於耶路撒冷建立的巴勒斯坦解放組織，是納賽爾所不感興趣的。和以色列鬥爭的不是納賽爾而是敘利亞領導的巴勒斯坦解放組織及其下屬游擊隊，這有損於以阿拉伯盟主自居的納賽爾的自尊心。1966年2月在一次改變中誕生的敘利亞軍事政權，加強了巴勒斯坦解放組織。1966年春以後，在以色列不斷髮生來自約旦和黎巴嫩的襲擊事件。10月，以色列向聯合國提出控訴，但毫無效果。
1966年11月3日，以色列軍隊襲擊了約旦的薩穆村游擊隊基地，給游擊隊造成亡18人、傷54人的損失。到1967年，在敘以邊境上不斷髮生襲擊和炮擊事件，形勢更趨緊張。雙方空軍終於交戰，敘利亞的6架飛機被擊落。5月，襲擊事件仍不時發生。以色列領導人的態度用《紐約時報》的話說，是：“爲了杜絕襲擊事件的發生，除了對敘利亞行使武力外別無他法。”無獨有偶。莫斯科、開羅、大馬士革傳出了“以色列軍隊正在北部集結兵力，準備進攻敘利亞”的消息。以色列再三要求蘇聯大使到現場調查，澄清以色列是否真的在集結兵力，但遭到了祖巴欽大使的拒絕。戰爭的真正根源在克里姆林宮。
隨着雙方衝突的進一步加劇，1967年，埃及總統納賽爾下令接管了位於埃及和以色列兩國之間的聯合國緊急部隊的陣地，5月23日納賽爾又下令封閉了以色列的重要出海口蒂郎海峽，這使以色列下定決心與阿拉伯國家開戰。
