1860年11月6日，亞伯拉罕·林肯當選爲第十六屆美國總統。他是第一位共和黨總統。 林肯的當選對南方種植園主的利益構成嚴重威脅，南方種植園奴隸主爲製造分裂，發動了叛變，南方11個州先後退出聯邦，宣佈成立“美利堅聯盟國”，並制訂了新的憲法，選舉新總統。
1861年4月，南方叛亂武裝首先向北方挑起戰爭。林肯號召民衆爲維護聯邦統一而戰，南北戰爭爆發。戰爭初期，林肯採取謀求同南方和解的方針，軍事上節節失利。在各階層的強烈要求下，一系列打擊奴隸制的法令在1862年得以通過。1862年09月22日，林肯發表《解放黑人奴隸宣言》，宣佈自1863年01月01日起廢除叛亂各州的奴隸制，奴隸將成爲自由人。文件給黑奴帶來了希望和勇氣，許多黑奴脫離了南方軍隊，參加了北方軍。1864年，他提出“民有、民治、民享”的口號，鼓舞士氣，於1865年04月取得內戰勝利。在1864年大選中，林肯提出了廢除奴隸制的第十三條修正案並列入共和黨競選綱領。11月08日，林肯再次當選爲總統。
1865年4月14日晚，林肯在華盛頓福特劇院觀看喜劇《我們的美國親戚》時，被演員約翰·布斯刺殺，次日晨逝世。林肯的不幸逝世引起了國內外的巨大震動，美國人民深切哀悼他，有700多萬人停立在道路兩旁向出殯的行列致哀，有150萬人瞻仰了林肯的遺容。
