總督在清朝時，等同於“封疆大吏”的代名詞，它執掌軍政大權，有非常重要的地位。這個官職並非清朝首創，而是沿襲明朝。但因現實的變化，清朝對總督制度，既有繼承，更有變化。到光緒年間，清朝有常見的“九大總督”，它們是直隸總督、陝甘總督、四川總督、雲貴總督、湖廣總督、兩廣總督、閩浙總督、兩江總督和東三省總督。
不過，在清朝歷史中，實際存在過許多總督職位。它們大多因爲職權或轄區調整被裁撤。這些總督職位雖被掩蓋，卻可以藉此看出歷史脈絡的變化。
這些總督有兩類，一類以職權劃分。一類是確立九大總督過程中的變化。以職權劃分的總督，主要有河道總督和漕運總督兩種。
清朝時，京城糧食主要由地方提供。它們大多需要走水路運輸。這種以水路方式的運輸，被稱爲漕運。除了運糧，從全國徵收的賦稅，也大多需要從水路運輸。保證水路的通暢，在當時有非常重要的意義。
漕運總督專門負責漕運，河道總督負責京杭大運河、永定河、黃河的治理。仔細區分下，河道總督又有南河總督和東河總督。南河總督負責江南水系，東河總督負責山東、河南水系。
這類總督在清朝前中期有非常重要的作用。但隨着漕運衰落，內部腐敗等原因，漕運總督、河道總督在晚清時，都被裁撤，所管轄事務，併入各地督撫負責。
相比漕運總督、河道總督這類職位，九大總督的演變，會更爲複雜。我們以九大總督的演變過程，分別講述。先說直隸總督。
直隸總督確立後的轄區，包括現在天津全部，河北大部分，以及山東、河南小部分地區。清朝統一的過程中，這些地區都是較早被納入轄區的疆域。
清朝也較早在這些地方，確定總督的職權。直隸在京城周圍，情況複雜。它也經歷較多變化。順治五年，當時在這裏設立了直隸河南山東三省總督。
過十年，將總督降爲直隸巡撫。直到又過三年，才重新設立直隸總督。此後多次在總督、巡撫之間變動，直到雍正元年才正式確立。
兩江總督在清朝的地位，僅次直隸總督。兩江地區是清朝最富裕的地區，管轄現在江西、安徽、江蘇、上海，財政賦稅可佔全國三分之一以上。
所以，當地官員的設立，同樣是一個大問題。清朝佔領後，設立江南江西河南三省總督。但是，這個總督的轄區面積太大，不好管轄。清朝就把這個總督拆成江南總督和江西總督。
拆完後，朝廷發現很多事情還是不好辦。從軍事而言，兩江地區構成一個完整的防禦區，且經濟、文化上也互有關聯。如果拆分，對清朝而言，麻煩較多。
康熙二十一年時，江南總督、江西總督重新合併，成爲兩江總督。兩江總督也是清朝總督中，最早沿襲爲定製的總督職位。
陝甘總督是清朝變動最大的一個總督職位。它分別經歷過陝西三邊總督、川陝三邊總督、陝西總督、山陝總督、陝西總督、川陝甘總督、陝西總督、陝西總督、川陝總督的變化。中間有些總督，都是裁撤以後又設立。像陝西總督就曾設立過三次，但最後仍被裁撤。
這個職位所變動的轄區，主要是甘肅、陝西、山西、四川幾個地區。這些地區互相連接，構成西部疆域的重要板塊。對於它們的設立，務必小心，且極爲困難。
因爲陝甘總督的變遷，涉及到四川總督的設立。所以，這兩個職位，一直有很多複雜的關係。清朝在沒有佔領四川以前，就設立巡撫等地方官，名義上接管了這片地區。四川總督除了跟陝甘總督有很多複雜的關係，跟湖廣總督也是如此。
在康熙七年，清朝設立川湖總督，管轄四川、湖南、湖北地區。湖南、湖北地區，便是後來湖廣總督的轄區。而四川總督要到雍正年間才被剝離，乾隆時才成爲定製。
閩浙總督在順治二年設立，當時被稱爲福建總督，駐地福州。當時清朝其實並沒有真正佔領福州。這個做法跟最初設立四川總督相似，更多是一種政治上的需要，顯示清朝佔領天下的決心。
又過三年，清朝將福建總督改爲浙江總督，兼轄福建。再過十年，分別設立浙江總督和福建總督。如此頻繁的變動，也可以看出當時形勢波動極大。
康熙二十三年，又令福建總督兼轄浙江。雍正時期，爲處理浙江鹽務走私等問題，李衛出任浙江總督。時過不久，重新恢復閩浙總督。
乾隆時雖曾短暫效仿雍正設立浙江總督，處理特殊事務的做法，但並不長久，閩浙總督從此成爲定製。
雲貴總督正式定製於雍正十二年，在此之前，它經歷過雲南總督和貴州總督。跟雲貴總督相似，兩廣總督也曾分別設立廣東總督、廣西總督的設立。
雲貴、兩廣是明朝末期抵抗清朝的重要根據地，情況複雜。清朝在各省設立總督，有利於更好處理公務。
清朝還把廣西事務短暫交給雲貴總督處理，用來處理叛變。但屬於短期設立，事情結束後，雲貴總督便不再兼任。這也是古代官制演變的重要特點，更多是出於實際情況的調整、且是長期的演變。
東三省總督是在光緒年間才設立的，當時主要爲了增加東北地區的力量，更好抵禦外敵入侵。在此以前，當地設立將軍管轄軍政事務。以上種種，便是清朝總督職位的演變。
