一失一得
正統八年(1443年)，瓦刺亂軍圍攻哈密，殺死頭目3人及城外男女50餘人，虜去忠順王母和部衆1000餘人。天順元年(1457年)，倒瓦答失裏死，其弟卜列革嗣忠順王。天順四年(1460年)卜列革卒，無子，王母駑溫達失裏主國事。哈密爲北部瓦刺攻佔，王母及親屬頭目逃奔苦峪(安西東南玉門西南)避難。哈密人民大批流亡關內。
成化二年(1466年)，明朝兵部上奏請求收復哈密，於是命把塔木兒爲右都督守哈密。當時土魯番強盛，擁兵五萬，其中速檀阿力威脅哈密、赤斤當地民衆。甘肅巡撫婁良上報，兵部尚書白圭請求支援。於是舉薦高陽伯李文、右通政劉文前往經略，部隊剛抵達哈密時，哈密叛軍已經潰散。然而，劉文不敢深入，僅僅調遣罕東、赤斤鎮守苦峪，並帶領大軍返回，此舉招致速檀阿力藐視明朝軍隊，並更加大膽地侵犯哈密。成化三年(1467年)，命哈密故忠義王脫歡鐵木兒外孫、都督同知把塔木兒爲右都督，攝行國王事。成化八年(1472年)，把塔木兒死，其子罕慎請嗣父職，明廷準嗣都督職，但不準主國事。哈密仍無王。
成化九年(1473年)，吐魯番速檀阿力率兵攻破哈密，掠王母及金印，派其妹夫牙蘭據守。次年，以哈密頭目脫脫不花等爲指揮僉事等官，命暫住苦峽城，由都督罕慎暫行統轄。成化十二年，土魯番速檀阿力遣使赤兒米郎來貢，稱王母已經去世，等明朝使者抵達後，即歸還歸金印城池，然而其語氣並不真實。同年冬天，更鑄哈密衛印賜給罕慎，在苦峪建立衛所並佔領，給予土田及牛具谷種。成化十四年，速檀阿力去世，其子速檀阿黑麻繼任。此時，甘肅撫臣王浚請求趁機離間收納罕慎。成化十八年(1482年)，都督罕慎聯合赤金、罕東二衛，率兵萬人收復哈密。罕慎因功晉封左都督。成化二十冬十一月，罕慎入哈密，嗣忠順王。然而其貪婪殘忍，爲民衆所怨恨。
二失二得
弘治元年(1488年)，明朝封罕慎爲忠順王。年底，吐魯番阿黑麻率兵東來，假意與罕慎聯姻，在哈密城下，伺機殺罕慎。仍令牙蘭駐守。哈密都指揮阿木郎等率衆復遷苦峪避難。然而此時阿黑麻仍忌諱明朝，不敢稱佔領哈密，而仍然遣使入貢，請代領西域職貢。兵部尚書馬文升提議下敕要求阿黑麻還王母及金印，璽書一下，阿黑麻大怒，意欲出兵靠近邊塞。從將牙蘭稱吐魯番已經惹怒很多，如果再進攻將不利，並提議退換城印求和，以求後進。阿黑麻最終同意，並歸還。
弘治二年(1489年)，明廷命罕慎之弟奄克孛刺襲都督同知。弘治四年(1491年)，由於明廷干預，阿黑麻被迫交還哈密王印、城池及居民500餘人。弘治五年(1492年)，哈密有回回、哈刺灰、畏兀兒三種民族，兵部尚書馬文升奏請“必須得元代遺孳襲封，以理國事”，詔封曲先安定王族人、故忠順王脫脫侄孫陝巴爲忠順王，並遣使護送，並讓奄克孛刺、阿術郎輔佐。不久，吐魯番索求陝巴犒賜不得，而阿術郎更派遣哈刺灰族掠奪吐魯番牛馬，招致阿黑麻大怒，意欲再次進攻。
三失三得
弘治六年(1493年)，吐魯番阿黑麻再取哈密城，肢解阿木郎，綁架忠順王陝巴回吐魯番，掠走金印，仍令牙蘭駐守。明廷中大學士丘浚對馬文升說，哈密戰爭應當由馬文升掛帥。馬文升則認爲西域地方對中國不構成大危害，應當施以綏靖之策。大臣也稱明朝的威脅在北方瓦剌，而不應當讓兵部尚書去西部指揮。於是明廷派兵部侍郎張海、都督侯謙前往。恰逢阿黑麻派遣頭目寫亦滿速兒等四十人進貢言和。廷議中，通事王英建議利用西域各部落離間阿黑麻，並隔絕通市，以離間他們。廷議派遣張海前往，如果吐魯番歸還陝巴，則給予貢市;否則的話扣留使者。然而張海遣送齎璽書往責卻沒有得到回報。於是張海修葺嘉峪關，並逮捕哈密奸細，奏請戍邊廣西。
張海未等到命令就先返回京師，並稱哈密存亡不會影響到中國。明孝宗大怒，稱其無功，將張海與侯謙逮捕入獄並罷黜。馬文升則稱戍邊哈密漢奸，並採用王英計策，關閉嘉峪關，使得西域商人均怨恨阿黑麻。然而西域人因此反而跟從阿黑麻，使得阿黑麻率領大軍佔領哈密，並自稱可汗，掠奪罕東郡等地。
弘治八年(1495年)正月，阿黑麻向西離去，留下牙蘭與撒他兒率精銳二百鎮守哈密，牙蘭精通軍事。馬文升聽後，認爲應當襲擊並活捉牙蘭;並召見肅州指揮楊翥，命其以罕東兵三千爲前鋒，明軍三千後繼，星夜兼程偷襲哈密。此舉亦得到甘肅巡撫都御史許進支持。馬文升並派遣副總兵彭清統銳卒由南山馳至罕東，即調罕東諸番兵。許進及總兵劉寧抵達肅州，在嘉峪關外駐軍，並星夜前往。然而牙蘭得知後逃脫，但屬下八百人均被逮捕，明軍佔領哈密。自此西域開始忌憚中國。
當時阿黑麻正忙於與赤斤蒙古衛爭奪，不敢進軍哈密。之後在戰勝赤斤蒙古後，弘治九年三月，阿黑麻親自率兵攻佔哈密，令撒他兒、奄克孛刺居守。撒他兒不敢鎮守哈密，於是在刺木城駐軍。奄克孛刺則祕密勾結瓦剌小列禿，偷襲斬殺了撒他兒，佔領哈密。阿黑麻大怒派兵圍困，但因小列禿援兵進入，吐魯番軍撤退。
此時，吐魯番內困於絕貢不能互市，對外又因爲明軍許進鎮守甘肅、瓦剌小列禿及乜克力等部圍困，局勢越發困難。弘治十年，阿黑麻令其兄馬黑上書，願悔過，歸還陝巴及金印。馬文升擔心其中有詐，命其護送陝巴、金印至甘州。同年十一月，明孝宗起用左都御史王越，總制甘、涼等處邊務，經略哈密。弘治十一年八月，再封陝巴爲哈密忠順王。]
弘治十二年正月，明廷遣兵護忠順王陝巴回到哈密，並命都督寫亦虎仙、奄克孛刺、拜迭迷失三位輔佐，力主國事。並允許吐魯番各部入京朝貢。然而陝巴則與掊克諸部、阿孛刺等交惡。弘治十七年(1504年)，阿孛刺迎阿黑麻幼子真帖木兒入主哈密，陝巴棄城逃到沙州。當時邊吏遣指揮董傑及奄克孛刺到各地傳諭部衆，迎陝巴歸還，阿孛刺不服。董傑於是逮捕殺死阿孛刺等六人，其餘部落均恐懼服從。明廷又令都指揮朱瑄率兵護送陝巴恢復王維，而將真帖木兒歸還吐魯番。當時真帖木兒只有十三歲，其母是罕慎女兒。恰逢吐魯番中阿黑麻去世，其孩子均仇殺奪位，真帖木兒恐懼不敢回家，願意跟從奄克孛刺。然而守臣仍然擔心其與陝巴不和，於是帶回到甘州。其兄滿速兒平定內亂，自立爲吐魯番王。
四失四得
正德元年九月，忠順王陝巴去世，其子拜牙郎嗣位。拜牙郎爲官淫虐，未能專心政事。而此時，滿速兒自稱“速檀”朝貢，上書請求歸還真帖木兒。明廷兵部則視其爲人質不予歸還。不久真帖木兒潛逃，被明廷追獲。正德七年，方纔令哈密三都督送真帖木兒回吐魯番。在抵達哈密後，奄克孛刺欲停止前行，而寫亦虎仙、滿刺哈三則堅持，最終護送其抵達吐魯番。並將明朝情況告訴滿速兒，偷偷誘導拜牙郎叛逃。拜牙郎擔心下屬謀害，則隱瞞奄克孛刺潛逃。奄克孛刺不從，逃至肅州。同年八月，拜牙郎棄城叛歸土魯番，滿速兒令頭目火者他只丁與寫亦虎仙、滿刺哈三竊取金印，鎮守哈密。又令火者馬黑木等至甘州索賞，稱拜牙郎棄國從番，吐魯番請求鎮守哈密，誘騙巡撫趙鑑以爲滿速兒爲忠臣，並獲得金幣。而此時，滿速兒率兵佔領拉木等城，與火者他只丁、牙木商議進攻甘肅。
正德九年(1514年)，瓦刺南侵哈密，滿速兒汗擊敗瓦剌，明韓對滿速兒汗、真帖木兒各有賞賜。八月，明廷命右都御史彭澤總督甘肅，統延寧、固原諸鎮部隊，經略土魯番。滿速兒佔領哈密後，嚮明廷索取金幣，要求贖回哈密城印。明武宗敕都督奄克孛刺、寫亦虎仙等共守哈密、赤斤等衛，如遇吐魯番侵犯，一同抵禦。
正德十年(1515年)正月，土魯番火者他只丁進犯赤斤、苦峪等地，燒殺掠奪。此時明朝都御史彭澤抵達甘州，吐魯番再寫信給彭澤，索要金幣。彭澤分析滿速兒部隊強悍，不宜用軍事平定，於是籌措緞、絹、布匹等物，遣馬驥等往哈密，與吐魯番議和。滿速兒大喜，並許諾歸還哈密金印土地。彭澤不等待事成就上報，稱滿速兒畏懼明朝，並已經歸還哈密土地和金印。同年四月，召還彭澤入京師。巡按甘肅御史馮時雍上疏稱彭澤處理失當，講和之事喪權辱國，而此奏章卻被兵部尚書陸完壓住。滿速兒此時卻更加驕橫，四處掠奪嘉峪關外衛所，並與瓦剌結盟進犯河西走廊，並要求更多的金幣以歸還金印。
當初寫亦虎仙私下與土魯蕃酋速檀滿速兒勾結，而彭澤最初不知而派遣。滿速兒以城印來歸降，留下速檀拜牙郎等人。寫亦虎仙再次出使並私通滿速兒，準備進佔肅州。當時，彭澤已經離開，趙鑑也離去，李昆擔任甘肅巡撫，他顧慮有變，在甘州扣留人質，並驅逐寫亦虎仙出關。正德十一年，滿速兒聽後大怒，再次進佔哈密，並分兵進攻沙洲，親自率萬餘騎兵進犯嘉峪關。遊擊芮寧與參將蔣存禮抵禦，芮寧率領七百部隊在沙子壩遇到敵軍，後兵敗陣亡。滿速兒遂屠城殺掠。武宗再次詔彭澤提督三邊軍務。恰逢副使陳九疇稱因爲逮捕使者而使得內應絕，於是再次請求和議。於是撤銷彭澤出兵，彭澤乞求歸鄉。此後，王瓊追論嘉峪關戰敗，而錢寧從中參與，而大學士樑儲等堅持反對，於是事方止。王瓊仍然堅持追論彭澤事，李昆、陳九疇一同被逮捕追論。彭澤被貶爲民、李昆被罷免官位，陳九疇除名。
正德十五年(1520年)，滿速兒遣歸所虜明軍鎮撫程翥等並哈密忠順王拜牙即妻妾家人，唯留拜牙即未遣。正德十六年四月，明武宗駕崩，明世宗即位。同年六月，逮捕兵部尚書王瓊下獄，後謫戍榆林。因言官交相舉薦，起用彭澤爲兵部尚書，陳九疇爲僉都御史巡撫甘肅。嘉靖元年八月，吐魯番滿速兒大舉進攻，以兩萬騎兵進入甘州。都御史陳九疇率衆先登，力戰解甘州圍。滿速兒離開肅州時，陳九疇乘夜走小路抵達甘肅，夾擊攻破。殺死吐魯番將領火者他只丁，而滿速兒亦中箭，衆人聲稱其已經死亡。當時明世宗聽聞河西走廊有戰事緊急，派遣兵部尚書金獻民、都督杭雄增兵，部隊抵達蘭州後即聞捷報。遂聽從陳九疇計謀，閉關停止入貢。吐魯番部隊返回時，遇到蒙古亦不刺部隊，再戰再敗。明廷再次收回哈密。
五失五得
嘉靖四年二月，吐魯番牙木蘭再次佔領哈密，並率衆進入沙洲、傷及肅州。嘉靖五年三月，明世宗命兵部尚書王憲提督陝西邊務。王憲上任後即釋放羈押使者，並派人前往吐魯番傳諭，令其悔過伏罪歸還哈密，然而吐魯番不肯屈服。此時明廷正興大禮儀之爭事件，楊廷和、彭澤均因事離職，而張璁、桂萼上臺後，即舉薦與楊廷和不合的王瓊，替代王憲擔任總督。王瓊上任後就發現滿速兒未死，並請求治彭澤、陳九疇欺君之罪。刑部尚書胡世寧力爭則得保全陳九疇戍邊、彭澤和金獻民歸鄉、楊廷和免職。
嘉靖七年八月，吐魯番牙木蘭因畏懼滿速兒，而率領部隊與民衆向肅州求降，並祈求在白城山、金塔寺居住放牧，沒有得到批准。此時，滿速兒以討伐牙木蘭而攻擊肅州，被副使趙載、遊擊彭浚等擊退
嘉靖八年二月，明廷將此前哈密的部隊與民衆分配到肅州。此時滿速兒以牙木蘭叛變而派人進攻，稱願意歸還哈密城以換取牙木蘭。此時關於哈密歸屬之爭的事情再次被提起。王瓊上奏稱：“哈密既然能歸，請令失拜煙答子米兒馬黑麻鎮守。其所歸的部隊千餘人等，應散置於沙州。土巴帖木哥部落五千四百人，置白城山。哈密都督癿吉孛刺部落置肅州東部。赤斤都督刺南東置肅州北山金塔寺。罕東都指揮枝丹置甘州南山。”
王瓊還將牙木蘭逮捕，計劃送給滿速兒。而在兵部討論中，廷臣則稱哈密難於鎮守，詹事霍韜則反對道：“當初設置哈密的原因，是在我朝的西北角，用於給內陸郡縣作屏障。現在很難鎮守了，就計劃放棄它;那如果甘肅很難鎮守，難道也要放棄甘肅麼?明太宗設立哈密的原因是因爲元朝貴族尚且能自立，於是給予其虛名，而我朝能夠享受實際利益。現在嗣王已經死光了，這是上天的意思，誰能去復興?!現在只能在各個少數民族中尋找雄才鎮守的將領部落，並因此設立，而不要再特別規定新的忠順王了。”
此時，兵部尚書胡世寧則反對道：“以前我們不惜放棄大寧、交趾等地，而哈密怎麼能和它們比呢?忠順王自罕慎以來，均投靠吐魯番，且屢次向我們索求。明朝初期設立元朝貴族和寧、順寧、安定都爲王，安定又在哈密界內，接近我甘肅。現在存亡都不知道啊，爲什麼還只說哈密呢?我認爲現在我們應當專門鎮守黃河以西，不要哈密，以後不會再惹我們內陸王朝。”並稱：“牙木蘭本屬部歸正，不是叛變，不宜遣送會吐魯番。唐朝的悉怛謀歷史值得借鑑。”胡世寧還稱：“番族首領狡詐多端，想奪取我們的肅州，在內地逐漸安插了一些奸細。一旦被發覺後，他們大多施行反間計，扳倒朝廷所派的邊關大臣。假如我們答應讓他們進京朝貢，其使臣剛剛進關，賊兵亦已到達，河西地區幾度陷於危急之中。在此情況下，是閉關還是通貢，兩者相比較孰利孰害是很明白的。現今王瓊等人既然說賊人已逼近我們的城堡，綁架我們的士兵，聲稱賊人要大舉進攻，這恐怕是威嚇朝廷，另一方面又說賊人懾於朝廷的威力正在悔罪，應仍答應與他們通貢，他們的言詞是多麼自相矛盾。霍韜又對賊人沒有蓋印信的番文產生懷疑，而依我看即使賊人的番文蓋有印信，亦不足爲憑。只要不墮入他們的圈套，使他們無法達到離間我們忠臣之間的關係，廢弛我們邊疆地區防衛的目的，就可以了。牙蘭本是我們朝廷所屬的番臣，被土魯番人擄掠而去，現今束身前來歸附，其事屬於反正，應馬上安撫並任用他。招撫對他們這些攜有二心的人，會使我們藩籬屏障更爲堅固。至於是否去興復哈密，我們中國不宜着急。哈密國已是立滅多次，現在其王也已被賊人所利用，百姓也全部流亡了。假如在哈密另立其他族爲王，則他們強大時便會入侵中國;弱小時又會服從賊人，難保他們不做侵叛之臣。所以我認爲興復哈密對中國無益，只會給番族首領向朝廷要挾提供便利。故請求皇上給王瓊賜蓋有玉璽的文書，讓他會同甘肅的守衛大臣，把番國使者遣送回去，讓其使者告訴滿速兒，詰問他爲何入侵中國。假如他推諉說自己不知此事，則讓他把虎力納咱兒戴上枷鎖解送到中國來。如果這次入侵是出自瓦剌，則讓他把瓦剌綁縛起來替自己贖罪。否則就拘留他們的使臣，發兵征討他們。只有威力和信用二者並行，賊人才會知道收斂自己。同時再敕令王瓊要爲國家盡忠盡謀，力求好的善後計劃，以通番納貢爲臨時之計，充實糧庫加強保衛爲長久之策，這就是邊疆地區的大幸了。”
張璁等人不聽，力主王瓊的建議，安置各民族到肅州境內。但依照胡世寧建議，留下牙木蘭不遣返。
嘉靖九年，滿速兒派遣虎力奶翁進貢，再次索要牙木蘭，沒有得到允許。滿速兒於是伺機虎力奶翁回去後，就率領部隊進犯肅州。恰逢虎力奶翁死於路上，瓦剌又進攻吐魯番北部，滿速兒不得停止。
嘉靖二十四年(1545年)，吐魯番酋長滿速兒死後，長子沙汗嗣速魯檀，次子馬黑麻不服其轄，亦稱速魯檀，分據哈密。嘉靖三十六年(1557年)，哈密衛都督米爾馬黑麻要求內附，明廷讓其駐屯甘肅。嘉靖三十八年(1559年)，吐魯番速魯檀沙汗子脫列速刺復居哈密。隆慶四年(1570年)，滿速兒次子馬黑麻回吐魯番，嗣兄職爲速魯檀。萬曆十年(1582年)，哈密衛都督同知米爾馬黑麻等襲職。萬曆三十五年(1607年)，哈密都督爲巴拜汗。
