別國介入
1980年3月，哈佈雷和古庫尼兩派又在首都發生大規模武裝衝突，乍得再度陷入全面內戰。6月，古庫尼同利比亞簽訂“友好同盟條約”。11月，利比亞出兵乍得，幫助古庫尼把哈佈雷派武裝趕出首都。1981年1月，利比亞同古庫尼臨時團結過渡政府發表聯合公報，宣佈雙方進行合作。利比亞通過這種手段，控制了乍得五分之四的地區，但遭到非洲統一組織的強烈反對。6月，第18屆非洲統一組織首腦會議再次重申，外國軍隊應撤出乍得。11月，泛非和平部隊進駐乍得，利比亞軍隊撤出乍得。
1982年2月，古庫尼拒絕非洲統一組織的停火方案。6月，哈佈雷部隊攻佔首都，古庫尼逃往國外，全國團結過渡政府解體。10月，哈佈雷就任總統，組成新政府。新政府成立後，基本控制了國內局勢。
1983年6月，古庫尼部隊在利比亞領導人奧馬爾·穆阿邁爾·卡扎菲支持下，從乍得北部向政府軍發起猛攻;哈佈雷政府在法國總統弗朗索瓦·密特朗的援助下，全力反擊。8月9日，法國出兵乍得、會同哈佈雷部隊沿北緯16度線設防，遏制了古庫尼部隊南下，在乍得中北部地區形成軍事對峙局面。1984年9月，法國和利比亞簽訂協議，雙方自9月25日起同時從乍得撤出各自的全部軍隊，11月10日，雙方宣佈已完成撤軍工作。
10月20日至28日，舉行了乍得全國和解會預備會議，因各方歧見太深，未能取得一致意見。此後，哈佈雷政府大力推行“民族和解”政策。1986年2月，古庫尼軍隊在利比亞“伊斯蘭軍團”支持下，越過16度線向政府軍發動進攻，但以失敗告終。
10月，古庫尼要求同哈佈雷媾和。11月，乍得政府同古庫尼派簽署軍事聯合協議，古庫尼部隊歸順政府。利比亞對古庫尼歸順政府表示不滿，從11月中旬開始，利比亞軍隊在飛機、坦克和導彈的掩護下，向古庫尼部隊發起進攻。哈佈雷派兵增援古庫尼，哈佈雷、古庫尼兩派攜手抗擊利比亞軍隊。從此，原乍得兩大派間的內戰變成乍得同利比亞的直接軍事衝突。
豐田戰爭
1987年初，乍得在法、美等國支持下，開始向16度線以北反擊。在不到 3個月的時間裏，就相繼收復了北方重鎮法達、法亞·拉若和最大軍事基地瓦迪杜姆，利軍退守奧祖。 8月 8日，乍軍又收復了被利軍佔領達14年之久的奧祖。28日，利比亞軍隊再次發動大規模陸、空反擊，重新奪佔了奧祖。9月5日，乍軍在乍北部大烏尼昂加與利軍發生激戰，利軍北退，乍軍追擊，當晚越境攻擊了利比亞東南部的麥阿坦·薩拉軍事基地。乍得越境作戰激怒了利比亞，一場更大規模的戰鬥在醞釀中。
停火
在這種嚴峻形勢下，當時非洲統一組織主席、贊比亞總統卡翁達受命分別同乍得和利比亞領導人會晤，要求雙方停火，通過談判解決問題。經過努力，乍、利兩國終於同意從1987年 9月11日上午11時開始停火。至此，綿延近7年的乍利戰爭宣告結束。
後續
1989年4月，乍得聯合武裝部隊總司令賈穆斯發動政變，失敗被殺。參與政變的總統國防、安全顧問伊德里斯·代比逃往蘇丹，並在那裏組建反政府武裝，不斷進入乍得境內襲擊政府軍。
1990年11月10日，代比親率反政府軍約2000人越過乍蘇邊界，重創政府軍。18日，代比指揮的部隊又打敗哈佈雷親自指揮的政府軍，並乘勝前進，於12月1日攻佔首都恩加梅納，推翻了哈佈雷政權，代比出任乍得國家元首和國務委員會主席，哈佈雷逃往喀麥隆。
