秦朝是我國曆史上的第一個大一統王朝，又是華夏族(漢族前身)自己建立的朝代。按理說，秦朝的正統性毋庸爭議。但實際上卻並非如此，秦朝一度作爲歷史上的反面教材，其正統性也遭受過後世的否定。
司馬光在《資治通鑑》中有一段《論正閏》。“閏”，即是“僞”。其中就言道：天生烝民，其勢不能自治，必相與戴君以治之....秦焚書坑儒，漢興，學者始推五德生、勝，以秦爲閏位，在木火之間，霸而不王，於是正閏之論興矣。及漢室顛覆，三國鼎跱。晉氏失馭，五胡雲擾。宋、魏以降，南北分治，各有國史，互相排黜，南謂北爲索虜，北謂南爲島夷。朱氏代唐，四方幅裂，朱邪(李存勖本姓朱邪)入汴，比之窮(后羿)、新(王莽)，運歷年紀，皆棄而不數，此皆私己之偏辭，非大公之通論也。
也就是說，我國曆史上的正統之辨，就是始自於漢朝對秦朝正統性的否定。戰國時期，鄒衍的五德終始學說開始興起，而這也成爲我國曆代王朝闡釋其政權合法性的理論架構。秦以水德自居，其色尚黑。而“漢”我們一般都認爲是火德，其色尚赤(紅)。但實際上，關於漢朝的德運，一度存在爭議。
據東漢·荀悅《前漢紀》：..漢興繼堯之胄。承周之運。接秦之弊。漢祖初定天下。則從火德。斬蛇着符。旗幟尚赤。自然之應。得天統矣。其後張蒼謂漢爲水德。而賈誼公孫弘以爲土德。及至劉向父子。乃推五行之運。以子承母。始自伏羲。以迄於漢。宜爲火德。其序之也。
即是說：劉邦定天下之時，以漢爲火德，其色尚赤。而至張蒼爲相，認爲漢朝應爲水德。而賈誼、公孫弘卻認爲漢朝應爲土德。至劉向、劉歆父子(西漢末年)，推五行之運，纔再定漢朝爲火德。
據《史記·張丞相列傳》：..張蒼爲計相時，緒正律歷。以高祖十月始至霸上，因故秦時本以十月爲歲首，弗革。推五德之運，以爲漢當水德之時，尚黑如故...(張)蒼爲丞相十餘年，魯人公孫臣上書言漢土德時，其符有黃龍當見。詔下其議張蒼，張蒼以爲非是，罷之。其後黃龍見成紀，於是文帝召公孫臣以爲博士，草土德之歷制度，更元年。張丞相由此自絀，謝病稱老。
由此可見，五德之運不僅關乎王朝的正統論定，還影響王朝的律歷、官員任免等方面。
實際上，無論漢爲水德還是火德，都是以否定秦朝的正統性爲前提而推定的。再據東漢·荀悅《前漢紀》：..秦昭王始滅周。而諸侯未盡從。至昭王之曾孫政。遂並天下。是爲始皇帝。有天下十四年。猶共工氏焉。非其序也。自周之滅。及秦之亡。凡四十九年。而漢祖滅秦。號曰漢。故爲火德矣。
周朝被推定爲木德，而木生火，故漢剛好以火德承繼了周朝的木德。而秦朝則被歸入共工氏、有窮氏(后羿)、新朝(王莽)之流，並沒有獲得漢朝的承認，那爲何漢朝要否定掉秦朝的正統性呢?
其一，秦朝的國祚不長，易於被抹去。自秦昭王滅周算起，秦朝有49年國運。而自秦始皇一併天下算起，秦朝的國祚只有14年。而秦之前的王朝，卻都有幾百年的國祚。秦朝的統治，還不到一代人的記憶。故而，秦朝的合法性也易於被否定掉。
其二，秦朝統一天下的進程中過於殘暴，而漢朝又是以革命取得天下，出於政治的目的，而否定掉秦朝的正統性。秦是戰國七雄之中，最爲殘暴的國家，也是唯一實行斬首授爵制的國家、屠戮過重，而被山東六國稱之爲虎狼之國。且又無信義德政於民，卻肆意侵凌奴役六國人民。故而，在漢朝建立之後，出於政治的目的(山東六國怨秦甚深)，也不願意承認秦朝的合法性。
其三，也與秦始皇焚書坑儒有關。秦朝的統治過於暴虐，儒生原本對秦朝就沒有好感，而秦始皇又作出焚書坑儒等舉措，更令儒生們生恨。而儒生掌握着知識，擁有對政治的解釋權威。肯定秦朝的合法，一定程度上就肯定了秦朝的暴虐統治，也相當於肯定了秦始皇的焚書坑儒事件，這顯然違背儒生們的意願。出於對秦始皇焚書坑儒的“投桃報李”，漢朝儒生便否定了秦朝的合法統治。
