完整劇情
以挑戰石英聯盟爲目標持續在關都地區旅行的小智、小霞和小剛一行人來到馬察市的神奇寶貝中心讓皮卡丘休息，但卻發現中心陷入大混亂。問喬伊小姐才知道傳送系統出了問題，傳進去的神奇寶貝都出不來。這時在一旁的傳送系統的開發者秋葉原博士似乎發現了什麼，急忙飛奔出門。好奇的小智等人隨後跟進秋葉原博士的立體顯像研究所。
秋葉原博士解釋，原來是火箭隊偷走了他的3D龍一號機(可穿梭現實與電腦系統中)，駭入神奇寶貝中心的傳送系統偷走神奇寶貝。這時只要灌入掃毒程式把駭入的漏洞補好就可恢復正常，但火箭隊會被當成病毒而被消滅……
既然是可愛又迷人的反派角色，小智一行人還是硬著頭皮搭上備用的3D龍初號機前去救火箭隊出來。
在電腦系統的世界裏，一下子就發現火箭隊用路障阻擋寶貝球傳送的路線，好竊取神奇寶貝。火箭隊發現小智們就叫阿柏怪和雙彈瓦斯對抗，但卻敗在3D龍零號機的「換裝」絕招之下。火箭隊只好派出3D龍零號機作戰。兩隻3D龍幾乎不分勝負，最後還是由3D龍初號機略勝一籌獲勝，火箭隊也當場被打飛，小智等人趕緊將路障移開以達成疏通任務。這時秋葉原忽然發現不知情的喬伊已經叫程式設計師灌入掃毒程式了!這代表連小智等人都會被當成消滅的目標……
小智他們趕緊叫已著地的火箭隊搭上3D龍零號機逃命。不久掃毒程式發射強力的滅毒火箭和光線炮，擊中3D龍零號機與火箭隊!火箭隊被擊落後掉進了程式漏洞裏。被卡在洞裏出不來的火箭隊，眼看就要被消滅了，在千鈞一髮之際，小智等人趕到而把火箭隊救上3D龍初號機。但因爲過重而3D龍跑不快，掃毒程式在後面朝著小智等人發射強力飛彈!皮卡丘趕緊用電擊對著飛彈迎擊，讓飛彈爆炸併發出強烈的閃光。
大家以爲沒了飛彈而正鬆一口氣，但這時卻還有兩發飛彈朝著小智等人攻過來!在這瞬間小智等人及時從傳送點抵達秋葉原博士的研究所，而尾隨的飛彈閃避不及，把研究所炸成廢墟。小智等人雖然被炸的烏漆抹黑，但總算是得救了。火箭隊感謝救命之恩後就一溜煙的跑了，留下秋葉原博士傷心的看著已粉碎的心血。之後再度到神奇寶貝中心的小智就把皮卡丘託給喬伊照顧，一行人把電腦世界的冒險深藏在心。
其他
在互聯網上還是能夠找到這一集的，但是建議大家如果沒有做好防護措施，還是不要觀看的好。只要不盯着看，多眨眼就沒事了。(注：互聯網上的是修改後的版本)
