南宋末年，江南少年楊過自小父母雙亡，被父親生前結義兄弟、江湖上有名的大俠郭靖夫妻收養，楊過個性倔強，脾氣頑劣，爲郭靖妻子黃蓉所不容，無奈之下，郭靖唯有將楊過送到天下道教正宗的全真教去學武。全真教教規森嚴，天性叛逆的楊過偏生又拜了心地狹窄的小人爲師，在教中吃盡苦頭，忍無可忍，終於逃出全真教，被追打之下慌不擇路，逃進了活死人墓。活死人墓中隱居一位少女，名叫小龍女，從小在活死人墓中長大，武功高強，卻不諳世事，她收留楊過，並收他爲徒，師徒二人在墓中一起練武、一起長大，漸生情愫，只不過，不諳世事的兩人卻都不知道這就是世間至純至真的愛情。
全真教道士尹志平迷戀小龍女美色，不能自持，趁着小龍女穴道被點時侵犯，錯使守宮砂暗失，造成誤會。小龍女誤以爲是楊過，與楊過發生誤會，憤而離開活死人墓，獨自闖蕩江湖。楊過懵然無知，四處尋找小龍女，在尋找小龍女的過程中，遇上別的女子，從別的女孩對自己的情愫中，楊過才恍然明白小龍女對自己的感情，終於明白了愛情的味道。因爲蒙古鐵騎即將南下，中原武林大會，要結盟對抗蒙古人，卻被蒙古國師金輪國師前來挑戰，郭靖等人等難以匹敵，關鍵時刻，小龍女和楊過無意中捲入紛爭，打敗金輪國師。
郭靖等人佩服感謝小龍女，更爲楊過驕傲，郭靖甚至要將自己親生女郭芙許配楊過，但是楊過卻說要娶小龍女爲妻。此言一出，衆人大驚：宋朝禮教森嚴，師徒通婚乃是大逆不道!二人愛情不能爲這世俗所容。小龍女知道自己和楊過的愛情讓楊過被衆人唾棄，爲了楊過能夠被郭靖等人接受，她黯然離去，後來練功時因思念楊過走火入魔，卻被絕情谷主所救，絕情谷主也被小龍女深深迷住，要娶她爲妻，心如死灰的小龍女答應了。就在小龍女出嫁前夕，楊過找到了絕情谷中來，二人相逢，頓時愛情之火不可遏制，小龍女知道楊過對自己的感情始終未變，於是拒絕了絕情谷主的婚約，絕情谷主情急之下，用絕情谷獨有的“情花”刺傷楊過，唯一能夠解毒的辦法，就是谷中特有的絕情丹。
絕情谷主原本想以此脅迫二人，沒有想到，卻引出了自己的元配妻子：原來谷主當年將自己妻子裘千尺推下山崖，裘千尺一直沒死，要找自己丈夫報仇，她趁機剷除了谷主，但是卻沒有給楊過解藥：她要楊過殺了郭靖夫妻，給自己報仇，自己纔會給他解藥。在此之前，楊過在找尋小龍女過程中，發現了自己父親的死亡真相：原來自己父親竟然是被郭靖夫妻殺死!其實當年楊過父親勾結奸人，賣國求榮，郭靖出於國家大義，不得已大義滅親。但是殺父之仇讓楊過根本不計其餘，一心要殺死郭靖爲自己父親報仇。於是他毫不遲疑答應下來。蒙古大軍圍攻襄陽，郭靖帶領各方援軍守住襄陽城，由於他的武功卓絕和領導才能，成爲了襄陽城的中流砥柱，擋住了蒙古大軍。楊過原本懷着殺死郭靖的心態而來，卻在接觸的過程中被郭靖的凜然大義和開闊襟懷感染，最後，在關鍵時刻不僅沒有殺郭靖，反而在千軍萬馬之中救了郭靖。
郭靖女兒郭芙誤會楊過，一劍砍去了他一支胳膊，楊過斷臂昏迷，醒來時機緣巧合，偶遇前輩高人遺留的一隻神鵰，並在神鵰幫助下，練成一身神功。此時小龍女發現了當時自己是被尹志平姦污，千里追殺尹志平，被全真教幾大高手聯手一擊，打成重傷，楊過趕來，出手救了小龍女，小龍女已經是奄奄一息，內傷太重，無法醫治……楊過給彌留之際的小龍女穿上新娘的鳳冠霞帔，二人成親。後兩人趕到絕情谷，幾經爭鬥終於得到絕情丹，但楊過卻因小龍女傷重不治而棄丹不食，小龍女自知傷重不治，怕楊過傷心陪自己一起死，於是在絕壁下留書：十六年後相會。自己毅然跳進了萬丈深淵!
楊過醒來，發現小龍女不在，一時不知道發生什麼事情，衆人爲了安慰楊過，說是小龍女被一個世外高人帶走，十六年後會回來跟他相見。楊過半信半疑，決定等待小龍女十六年。十六年後，楊過已經是江湖上鼎鼎大名的大俠，因爲他總是帶着那隻神鵰，江湖上都稱之爲“神鵰俠”，雖然名滿江湖，楊過卻一直深居簡出，默默等待着和小龍女重逢的日子。 而郭靖黃蓉的二女兒——郭襄已經長大成人，並與“神鵰俠”結緣。在和小龍女分手十六年後，楊過來到當時小龍女刻字的地方，守候了整整一天一夜，小龍女沒有出現，楊過知道小龍女不會再出現，自己十六年的守候不過是一場空，在一夜之間，鬢髮盡白!楊過絕望，縱身跳入萬丈深淵!
在深淵水下，楊過發現了一條狹窄的通道，遊過通道，他找到了在這裏隱居了十六年的小龍女!原來小龍女也是投崖未死，無意中進入這個洞天福地，但是卻沒有辦法再出去，於是一直在谷底隱居，二人十六年後重逢，無限欣喜……楊過帶着小龍女離開深淵，前往襄陽。此時的襄陽已經被蒙古大軍圍攻十六年，蒙古皇帝御駕親征，要攻下襄陽。眼看襄陽就要失守時，神鵰俠侶翩然出現，楊過以高強武功，萬軍之中殺死蒙古皇帝，蒙古大軍頓時崩潰，解了襄陽十六年的圍困。經此一役，神鵰俠侶天下揚名，楊過卻帶着小龍女悄然隱退，回到了活死人墓中，過着不爲人知的生活，只留下神鵰俠侶的傳奇在世間流傳。
