很多人受到近親結婚危害的宣傳，產生了一種誤區。以爲近親結婚，其所生子女就會不健康，甚至會是畸形。其實，這是一種誤解。近親結婚的危害是近代的話題，而在古代近親結婚是很頻繁。如《紅樓夢》中的賈寶玉與林黛玉、薛寶釵，就分別是姑表親與姨表親。
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而在歷史上，還經歷過比姑表親、姨表親關係還親近的婚配階段。許多民族起源，都傳說是源於一對兄妹，如我國的伏羲、女媧，日本的伊邪那岐與伊邪那美等等。
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混血的確會引人新的優勢基因，但同時也會造成其自身家族的優勢基因的喪失或引人了劣勢基因。我們都知道血統純正的阿拉伯馬及一些名貴犬之類，都是因其血統純正而保有其品種優勢的。其實，人類也是一樣的。但是，長期過度地近親結婚、近親繁殖卻也會讓其家族的某些隱形疾病的基因得到累積。所以，在《權力的遊戲》中瑟曦說：坦格利安家族生下的子女，要麼是天才，要麼是瘋子。
古人沒有現代醫學和現代基因學方面的知識，他們反對近親結婚，是爲了減少倫理麻煩。所以只要不亂輩分，近親結婚並不阻撓。另外，從基因學上說，近親結婚並非就一定得病，更不是每個近親都會生出傻子來。
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古代孩子出生率很高，但存活率很低，幾乎家家都會有夭折的孩子，上到帝王，下到百姓，沒有能逃脫得了的。這其實就是基因缺陷造成的，帝王家爲了保證血統純正，兩族交好，經常是祖祖輩輩的通婚。
總的來說，近親結婚有太多不確定性，誰不敢說自己生的就繼承了所有好的優點，所以，明令禁止近親結婚是必需的。
