獨孤後嫁給文帝楊堅時才十四歲，她當時讓丈夫發誓：“一生之中不能與除了她之外的任何女人生孩子。”楊堅嚴格遵守誓言，他的孩子全都是由獨孤皇后一人所生，皇帝的私生活如此純真，這在世界史上也是罕見的。因此隋朝後宮佳麗三千，然而形同虛設，文帝“唯皇后當室，旁無私寵”。宮中諸嬪妃宮女，也在獨孤後嚴厲的目光下噤若寒蟬，春心凍結，無人敢冒生命之虞去與皇上調情。
據史書記載，文獻皇后柔順恭孝，謙卑自守，很受隋文帝寵愛。文帝上朝時，她與帝同輦而進，至閣乃止。候其退朝之後又一起回宮，同吃同樂同寢，相顧歡欣。平日生活儉樸，不好華麗，專喜讀書，識達古今。文帝治政稍有不妥之處，她就忠心苦勸，於是做了很多有益之事。當時突厥與隋貿易，有明珠一盒，價值八百萬，幽州總管殷壽讓她買下，她婉言謝絕地說：“如今戎狄屢次侵犯，將士征戰疲勞，不如將八百萬獎賞有功之士爲佳。”此舉立刻朝野傳聞，受到百官稱讚；大都督崔長仁是文獻皇后表兄，觸犯國家王法，按律當處以斬刑，隋文帝看在皇后情面，有意赦免其罪。皇后進諫說：“國家之事豈可顧私。”遂將崔長仁處死；皇后異母兄弟獨孤陀因滋酒逞兇殘害百姓，曾受過皇后指責，故而懷恨在心，常以貓鬼詛咒皇后，按律當斬。皇后雖然氣得三天沒有進食，但最後還是請求文帝赦免其罪，皇后說：“如果獨孤陀蠹政害民，妾不敢爲其說情。但如今獨孤陀是因爲詛咒我而犯罪，所以我敢請求赦免他。”於是陀被免死。
