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秦始皇死的時候，秦朝確實還有上百萬的軍隊。不過在那場轟轟烈烈的秦末農民起義當中，除了駐守在南方的嶺南兵團之外，基本上都被消滅乾淨了。
趙佗和任囂攻打南越帶走五十萬秦軍，駐守南越，後來任囂病逝，趙佗用五十萬秦軍自立爲王;咸陽駐守秦軍約五萬，後來被項羽所滅。
章邯帶的秦軍，加上牢獄囚犯組建的秦軍約二十萬，跟項羽打仗兵敗後被坑殺;秦國大將王離的九原軍大概有三四十萬，留下二十萬駐守邊境，剩下的一二十萬被項羽所獲。
這些零零散散的百萬秦軍，大部分都駐守邊境，剩下的用來剋制全國各地反叛的軍隊，後來基本上都被打散了，所以後來在史書上也就沒有任何痕跡。
在秦始皇統一六國後，並沒有停止他擴大版圖的雄心，北面的匈奴和南邊的百越，一直是秦朝的心腹大患，於是秦始皇開始北征匈奴南征百越。
公元前219年，秦始皇派出屠睢率五十萬大軍，征討嶺南百越之地。屠睢將五十萬大軍兵分五路，趙佗作爲副將率領三萬兵馬平定嶺南地區，一路所向披靡。
屠睢在戰爭途中大開殺戒，一路殺軍民無數，非常殘暴，一時間屠睢成了敵軍的心腹大患，當地人就淬了毒的箭，像是大雨一樣射向了秦軍，屠睢不幸中箭身亡。
所以，在這之後，秦始皇則派任囂爲主帥，趙佗爲副帥進攻嶺南百越，見嶺南山高水險，不易通行，便下令開鑿靈渠，經過五年纔將靈渠開通，可見秦始皇的征服欲有多麼堅定。
公元前214年，靈渠鑿開了，秦朝繼續攻打嶺南百越，戰爭進行得很順利，任囂和趙佗將嶺南百越打下來了，秦始皇很開心，地盤又擴大了，那就開始規劃吧。好不容易打下的江山不能放着不管啊，秦始皇將桂林，南海，象郡都劃給了任囂管理，趙佗作爲副手輔助。
後來秦始皇去世，秦二世胡亥繼位，秦朝爆發了陳勝吳廣起義，繼而引發全國性的起義，秦朝陷入四面楚歌，分崩離析的局面。
此時任囂遠在南海郡，在一片太平中過日子，眼看着秦朝陷入水深火熱，無力回顧嶺南百越之地，秦朝軍中又有兵無將無力迴天，任囂便起了自立之心。
畢竟，秦朝顧不上自己，自己的嶺南百越之地又山高水險易守難攻，還不如獨立出來，坐山觀虎鬥，沒準秦朝覆滅了，自己還能保下五十萬大軍和一方太平。如果不獨立，秦朝接下來需要支援，自己還要出兵出將出物資，沒幾天這點家底就玩完了。
任囂的算盤打得很好，但是不幸的是，任囂不久就病重不久於人世了，在臨死前把自己的副帥趙佗叫回來，跟趙佗說，南海郡依山傍海，是天險之地，易守難攻，實在是建國的好地方，我就要不久於人世，現在就把南海郡交給你，你自己看着辦。
任囂與趙佗搭檔多年，一起征戰又一起管理三郡，在三郡之地過了一段太平日子，二人情分不同一般，任囂臨死前對趙佗的這番託付，即是爲趙佗考慮，也是爲三郡之地的百姓考慮，畢竟三郡之地的多年太平，是二人共同的努力成果，二人在三郡之地這麼些年也過得很舒服。
任囂死後，趙佗就發檄文給橫浦、陽山、湟谿等各個關隘，告訴他們，秦朝的戰爭已經開始了，我們沒有能力千山萬水的支援，只能斷絕道路要塞，集合軍隊，保護自己。於是這個官員，也很聽話地封鎖了五嶺上所有的交通要道。
與此同時，趙佗將忠於秦朝的官員全部誅殺，斷絕了和秦朝的一切聯繫，用自己的親信代替秦朝官員。這明顯是自立的節奏。三郡之地的桂林，象郡的其他長官，見到趙佗如此也想自立，乾脆不再聽趙佗的命令，紛紛獨立。
直到秦朝徹底覆滅，漢朝建立，三郡之地還存在着，並沒有受到秦末戰爭，以及楚漢爭霸的波及。
但是趙佗始終想要一統嶺南百越，就在公元前205年，趙佗發動對桂林，象郡的戰爭，趙佗依靠自己多年的戰鬥經驗，成功地征服了桂林，象郡等從三郡之地獨立出去的地區，恢復了三郡之地的統一。因爲這個原因，駐守在嶺南的秦軍兵團，基本上就沒回中原參與戰爭。
而咸陽駐守秦軍約五萬，後來則是被項羽所滅。
公元209年，秦二世繼位，陳勝吳廣起義反抗暴秦，在奪取陳縣後，陳勝自立爲王，因陳勝吳廣是原楚國人，於是定國號張楚。
陳勝吳廣起義後，各地豪傑諸侯紛紛響應反對暴秦。不久劉邦就在家鄉沛縣起義，攻下沛縣周圍各地，被沛縣父老以及部下蕭何等人擁護爲沛公。
楚國名將項燕的後人，項梁項羽叔侄倆仇恨暴秦已久，聽說了這個消息，便在會稽起兵，原來的楚人楚將，聽說項家軍復起也紛紛趕來投奔。
同年十二月，陳勝因爲軍力薄弱被秦朝大將章邯打敗，在逃跑的過程中被車伕莊賈所殺害，葬於芒碭山，從稱王到兵敗身亡歷時六個月。
項梁在謀士范增的建議下，擁護熊心爲傀儡皇帝，打着楚國的旗號招兵買馬，壯大自己打天下，劉邦感到自己兵力微弱投靠項梁項羽叔侄。
秦朝知道最有實力的軍隊是項梁統帥的，便派秦朝大將章邯率兵攻打，項梁輕敵兵敗被章邯誅殺。
楚王熊心明白，自己爲項家所用受制於人，便想打壓項家獨立掌權。所以後來，熊心便將項羽，呂臣兩隻軍隊合併一處，由自己直接統帥，號令三軍，一起指揮作戰。
熊心爲了打壓項羽，破格提拔宋義爲大將軍，項羽爲副帥受制於宋義，熊心能夠掌握軍隊。命令項羽北上救趙。同時命令劉邦收攏項梁和陳勝的餘下部隊攻打咸陽。
與此同時，熊心下令其餘將領也可以攻打咸陽，並且先入關中者爲王。項羽因爲想要稱王不願北上救趙，熊心便勸項羽，北上打章邯可以直接報殺項梁之仇，並且秦軍兇悍，不是一時半會能打下來的，有可能你打完章邯之後再打咸陽都來得及，諸將之中誰的戰爭實力能和你比呢。
之後，項羽果然打敗章邯，但此時秦朝的第三位皇帝子嬰，已經投降了劉邦。等到項羽來到咸陽，已經是劉邦攻下咸陽一個月後了。
劉邦攻下咸陽後，約法三章保護秦地百姓，盡得人心。項羽因此大怒，認爲劉邦有不臣之心，劉邦怕項羽率軍攻打，便獻出咸陽，小心周旋下，項羽相信了劉邦，接收了咸陽。
項羽接受咸陽後，大開殺戒，火燒秦國皇宮，誅殺秦君子嬰，在咸陽境內燒殺搶擄，惹得秦地百姓怨聲載道，但是幸運的是項羽並沒有殺掉咸陽投降的秦軍，只是將其收歸麾下。
這就是秦朝咸陽守軍的結局。
而章邯帶的秦軍，加上牢獄囚犯組建的秦軍約二十萬，最後跟項羽打仗兵敗後被坑殺。
其實這件事在史學界是有爭議的，據說當時項羽受楚懷王的命令北上救趙，打章邯，九戰九捷，最後在鉅鹿之戰當中將章邯打敗了。事後項羽爲了更快地攻入關中，居然直接招攬了章邯。但同時卻坑殺了章邯做帶的二十萬秦軍。
之所以要招攬章邯而坑殺秦軍，原因其實也不復雜。項羽自己雖然能打，但是一個人的力量是有限的，項羽想征戰天下的有幫手，於是爲了增強實力，接受了投降的章邯，但是擔心章邯帶着二十萬秦軍詐降，於是將二十萬秦軍誅殺了。
項羽接受章邯也是無奈之舉，因爲劉邦已經打下了咸陽，項羽不確定劉邦是敵是友，各地的諸侯如果一起亂起來，自己可能打不過來，自己的確需要一個有戰爭實力的大將，於是只能將國仇家恨暫時放下，化敵爲友。
但是，這個結果，對於那二十萬被坑殺的秦軍來講，恐怕就太無辜了。
至於秦國大將王離的九原軍，大概有三四十萬，除了留下的二十萬駐守邊境，剩下的一二十萬被項羽所獲。
王離率領的九原軍，原來是大將蒙恬做主帥，王離當時作爲副帥。但是後來趙高篡權，將胡亥扶上帝位，扶蘇被逼自殺。此前蒙恬與太子扶蘇交好，趙高擔心蒙恬會爲扶蘇報仇，便令胡亥殺死蒙恬，蒙恬不堪受辱因此自殺身亡。
之後王離升任主帥接收了九原軍，九原軍是秦朝最精銳的一支軍隊，曾經跟着蒙恬打過匈奴，成功地抵禦的外敵，捍衛了邊境的太平。
陳勝吳廣起以後，九原軍當時正駐守九原，雲中等地，並沒有出戰過。直到項梁起義，秦朝覺得不行了，一般的軍隊對付不了，才讓王離率十萬九原軍，南下平叛，圍剿趙國，剩下的二十萬九原軍繼續駐守九原，雲中等地。
後來項羽破釜沉舟，渡河救趙，與圍剿趙國的王離章邯相遇，章邯戰敗投降，王離被俘虜，十萬九原軍則是被項羽收編。但也有很大一部分，是直接死在了戰爭當中。
這就是秦朝末年的時候，秦國所有主力軍隊的最終結局了。
