世界衛生組織的前身可以追溯到1907年成立於巴黎的國際公共衛生局和1920年成立於日內瓦的國際聯盟衛生組織。戰後，經聯合國經社理事會決定，64個國家的代表於1946年7月在紐約舉行了一次國際衛生會議，簽署了《世界衛生組織組織法》。1948年4月7日，該法得到26個聯合國會員國批准後生效，世界衛生組織宣告成立。每年的4月7日也就成爲全球性的“世界衛生日”。同年6月24日，世界衛生組織在日內瓦召開的第一屆世界衛生大會上正式成立，總部設在瑞士日內瓦。
1851年第一次國際衛生會議在巴黎召開，目的是制定國際衛生公約，但是沒有成功。
1892年 控制霍亂的國際衛生公約被採用。
1897年 另一個國際公約--處理鼠疫的預防性方法被採用。
1902 年國際衛生局，後來更名爲泛美衛生局，以後改爲泛美衛生組織，在華盛頓成立。它是今天的泛美衛生組織(PAHO)的前身，同時是世界衛生組織的美洲地區辦公室。
1907年國際公共衛生辦公室 (OIHP)成立於巴黎，具有穩定的祕書處和由成員國政府的高級公共衛生官員組成的穩定的委員會。
1919年同盟國成立，在其他任務之中 ，負責解決國際關注的疾病預防與控制事務。同盟國的衛生組織在日內瓦成立，與(OIHP)是平行的。
1926年 提供天花和斑疹傷寒的預防被修入國際衛生公約中。
1935年航空國際衛生公約開始生效。
1938年 最後一次國際衛生會議在巴黎舉行。在亞歷山大的Conseil衛生、航海等檢疫被移交到埃及。(世界衛生組織的東地中海地區辦公室是它的直系後代)。
1945年 在舉行的關於國際組織的聯合國會議上，一致通過由巴西和中國建立一個嶄新的自治的國際衛生組織。
1946年 紐約國際衛生會議通過世界衛生組織(WHO)憲章。
1947年 WHO度委員會組織赴埃及協助遏制霍亂流行。
1948年 當4月7日61個成員國中的第26個成員簽署完認可簽名時，WHO憲章(作爲每年的世界衛生日)開始生效，稍後，第一屆世界衛生大會在日內瓦舉行，有53個政府的代表參加，後來成爲世界衛生組織的成員。
1951年 新建國際衛生規章正文被第四屆世界衛生大會採用，代替前一國際衛生公約。
1969年這些更名的國際衛生規章，去掉了蝨傳斑疹傷寒和迴歸熱.僅保留霍亂、鼠疫、天花和黃熱病。
1973年 來自執行委員會的報告表明對衛生服務存在着普遍的不滿，需要作出根本性的改變。第二十六屆世界衛生大會決定WHO將與其成員國合作而不是幫助，共同發展國家衛生保健體系的實踐性的指導方針。
1974年 WHO發起意在保護兒童不受小兒麻痹症、麻疹、白喉、百日咳、破傷風和肺結核等疾病侵襲的擴大免疫計劃。
1977年 第三十屆世界衛生大會確立目標：到本世紀末下個世紀初達到衛生保健水平：2000年人人享有衛生保健。所有人將過上在社會地位和經濟上富裕的生活。
1978年 WHO/UNICEF (聯合國兒童基金會)蘇聯阿拉木圖聯合國際會議採用一個關於以初級衛生保健爲關鍵最後達到2000年人人享有衛生保健的目標的聲明。
1979年 聯合國會員大會、第三十二屆世界衛生大會重健康是社會經濟與和平發展的強大槓桿。
1979年 全世界批准證明全世界根除天花 ，最後一個天花自然病例發生在1977年。
1981年 2000年人人享有衛生保健全球戰略被採用，並且由聯合國會員大會簽署，要求其他有關的國際組織與WHO合作。
1987年 聯合國會員大會表示關注艾滋病流行。有關艾滋病的全球計劃在WHO內發起。
1988年 慶祝WHO成立四十週年紀念。第十一屆世界衛生大會決定2000年消滅小兒麻痹症。
1993年與聯合國兒童基金會，聯合國開發計劃署，世界銀行和洛克菲勒基金會共同發起兒童主動免疫疫苗。
1996年 WHO衛生髮展中心在日本神戶成立。
1998年世界衛生組織公約簽署50週年紀念。
2006年12月12日，世界衛生組織(WHO)和聯合國人口基金(UNPF)共同採納了兩種抗人類乳頭狀瘤病毒(HPV)的新疫苗，這爲該疫苗在發展中國家的推廣使用提供了機遇。HPV是引起女性子宮頸癌的罪魁禍首。
2007年1月4日，陳富馮珍博士正式就任WHO總幹事。1月9日，陳馮富珍博士任命Anarfi Asamoa-Baah博士爲WHO新副總幹事。Anarfi Asamoa-Baah博士在1998年就已經是WHO的資深官員。
2007年1月16日，世界衛生組織報道了一項在肯尼亞開展的HIV控制項目取得了重大進展。項目採用電子登記系統實時記錄HIV患者的檢測和治療信息，這徹底變革了HIV的治療模式。埃爾德利特(肯尼亞地名)的Moi大學和美國Indiana州立大學在WHO的協助下，利用這套系統完成了近70，000例患者的治療。
2012年5月，世衛組織確定重點的程序在世界衛生大會對改革問題的討論中佔到了首要位置，會員國對二月份會員國關於規劃和確定重點會議的結果表示認可，同時認識到應當對健康的決定因素給予特別重視。治理和管理規劃羣組方面的許多改革都得到了批准，並要求祕書處向前推進，包括加以落實。在世衛組織的籌資等其它方面，會員國要求祕書處在定於12月初舉行的規劃、預算和行政委員會(PBAC)特別會議上對這一問題再次展開討論。
2012年第65屆世界衛生大會決定通過一項全球目標，即到2025年使慢性非傳染性疾病導致的過早死亡率降低25%。
2014年5月，第67屆世界衛生大會通過2014年至2023年傳統醫學戰略，敦促各國政府重視傳統醫學在醫療保健中的作用，並進一步提高傳統醫學的規範性與安全性。這項舉措將推中醫藥發展。
世界衛生組織宣佈，利比里亞過去42天沒有出現任何新的埃博拉病例，利比裏埃博拉疫情已經結束。
2016年1月15日，據中國之聲《新聞縱橫》報道，世界衛生組織日前宣佈，利比里亞最後一例埃博拉患者的病毒檢測呈陰性，同時該國已連續42天沒有新增埃博拉病毒感染病例，這一時間是埃博拉病毒最長潛伏期21天的兩倍，因此可以宣佈疫情結束。
這也標誌着從2014年起肆虐西非的埃博拉病毒疫情全部結束。[7] 但是就在幾個小時後，塞拉利昂的衛生官員證實，塞拉利昂又有人因埃博拉病毒而死亡。
