朱厚璁與皇妃閻氏、王氏、枉氏、盧氏、江氏、趙氏、陳氏，趙氏等人共生八個兒子：
長子朱載基，生二月即死，追封哀衝太子;
二子朱載壑，但嘉靖十八年(公元1539年)，立爲太子，爲拉攏人心，獲得民心，是年大赦天下，並把大牢裏的犯人集體流放到鍾祥的冷水鋪以西地帶安居，遺憾的是朱載壑20歲時夭折，諡莊敬太子;
三子朱載垕，封裕王，後繼位爲皇，即明穆宗;
四子朱載圳，封景王，嘉靖四十五年去世，無子廢封，諡景恭王;
五子、六子、七子和八子均未滿歲便夭折了。八個兒子中，僅穆宗一支有傳人，其餘都絕嗣。
朱厚璁還有五個女兒，但到朱厚璁死前，只有三女寧安公主還活着，其他幾個女兒都早逝。
從朱厚璁一生的生育情況看來，從嘉靖十年到二十一年移居西內之前，是他子女出生的高峯期，他的八子五女全都出生在這個時期，這與朱厚璁的廣選嬪妃有直接的關係。
從朱厚璁一生的生育情況看來，從嘉靖十年到二十一年移居西內之前，是他子女出生的高峯期，他的八子五女全都出生在這個時期，這與朱厚璁的廣選嬪妃有直接的關係。
但從嘉靖二十一年移居西內後，朱厚璁就開始一心一意地修練，服用丹藥後就縱慾。雖然他以後也曾經廣選淑女，但卻再也沒有子女。
