改土歸流後，部分上層土司不甘心失敗，時刻圖謀復辟。而有些清軍在新地區肆行搶掠，有的流官不善於經理，驟然增加賦稅，興派徭役，自身又貪贓勒索。加之新設營汛部伍大多從鄰近地區抽調而來，致使原來地區力量空虛。這不僅使原土司有了叛亂的口實，也給了他們以可乘之機。
雍正十三年(1735年)春，貴州古州﹑臺拱地區苗民上層鼓動百姓發動叛亂。叛亂者深入丹江﹑黃平﹑凱里等廳州縣，雍正帝派兵鎮壓未果。乾隆帝繼位後，任命張廣泗爲七省經略，於乾隆元年(1736年)平定叛亂，清廷下令取消新區賦稅，按當地習慣審理民事糾紛，以鞏固對改土歸流地區的統治。雍正朝的改土歸流還只是在西南少數民族的部分地區實行，未改流的地方還不少。(據，《清史稿》中華書局1986版，第十三卷，志九十五，食貨一之戶口田制，三四八二頁有，乾隆二十二年“甘肅番子土民，責成土司查察”，可引爲佐證。)
即使改流處，也還保留原土司的殘餘勢力，他們仍能不同程度地控制原來的屬民，但改土歸流廢除了土司制度，減少了叛亂因素，加強了中央政府對邊疆的統治，有利於少數民族地區社會經濟的發展，對中國多民族國家的統一和經濟文化的發展有着積極意義。
