後三年之役1083—1087年(永保3年—寬治元年)間，源義家討伐奧羽豪族清原氏叛亂的戰役。和前九年之役”合稱“奧州十二年合戰”。
背景
原本東北地方的兩大勢力爲安倍氏跟清源氏，安倍氏於前九年之役滅亡後，清原氏成爲東北的霸主。在永保3年(1083年)時，清原氏的當主之位已從清原光賴轉移到弟弟武則一脈，傳至武則的兒子武貞，再傳至嫡子真衡。而清原武貞在前九年之役後，娶了被斬首的藤原經清的妻子，而她與藤原經清所生的兒子，就改名爲清原清衡，之後武貞又與她生一子名爲清原家衡。
養子成衡及清原氏分裂
清原武貞死後由真衡繼任，由於真衡沒有子嗣，便從平氏過繼一男爲養子，既爲清原成衡。又讓成衡娶源賴義之女爲妻。就在婚禮之際，在前九年之役獲有大戰功的長老吉彥秀武帶沙金來祝賀，但真衡卻沉迷在與奈良法師下圍棋，等待許久認爲遭到侮辱的秀武將沙金灑向庭院便憤然離去。聽聞此事的真衡認爲秀武此舉動無禮欲將他討伐，秀武便聯絡一直對真衡不滿的清衡與家衡共同作戰。
義家加入與真衡之死
此時源義家(源賴義嫡子)出任陸奧守，他同時也是真衡的妻舅，兩人便結成同一陣線。當真衡出兵北上之時，清衡與家衡聯軍趁此機會攻打真衡的大本營，但在士兵死守及義家及時來救援的情況下大敗，兩人都向義家投降。而真衡在往出羽進軍的路上急病猝死。
清衡與家衡之爭
真衡死後，義家將其所領有的奧六郡平分給清衡與家衡，清衡得和賀郡、江刺郡、膽澤郡。家衡得巖手郡、紫波郡、稗貫郡。但家衡對此結果不滿，於應德3年(1086年)出兵偷襲清衡的居所，清衡僅以身免，其他家人全遭到殺害。
義家便幫助清衡對抗家衡，曾一度在沼柵(秋田縣橫手市雄物川町沼館)吃了一次敗仗。家衡聽從叔父清原武衡之言將據點移至難攻不落的金澤柵(橫手市金澤中野)，而義家聽從吉彥秀武之言改打兵糧戰，包圍金澤柵直到對方兵糧耗盡。家衡及武衡因無糧食而放火燒金澤柵欲逃走，後來都被抓住並斬首。
戰後處理
朝廷認爲義家是以私人名義參戰，拒絕給予軍費更要求解任義家的陸奧守一職，義家則用自己的家財犒賞手下及有功人士，此舉讓源氏在關東獲得極大名聲。而清源清衡統治陸奧地方，也改名回藤原清衡成爲奧州藤原氏之祖。
