《清史稿》編寫的體例大致取法《明史》，但又有所創新。如本紀部分不僅逐年記載了皇帝的軍國大事，而且在前代遜君還健在、無諡可稱時，創了“宣統紀”的新格局;各志、表中除記錄天文、地理、禮樂、選舉、藝文、食貨及皇子、公主、外戚、封臣等各方面活動外，新修的交通志、邦交志及表中的軍機大臣、理藩院，都是前史所未有的。列傳中創立了疇人、藩部、屬國三傳，反映了清代社會的新發展。另外，對於反清鬥爭的重要人物如張煌言、鄭成功、李定國、洪秀全等，《清史稿》也都列了傳。這些都是值得稱讚的。
但是，由於參加修史的人多是清朝的遺臣，因此書中貫穿着反對民主革命，頌揚清朝正統的思想。例如誣衊明末農民起義軍爲“土賊”，稱太平軍爲“粵匪”，視辛亥革命爲“倡亂”。而對帝國主義的侵華罪行和清朝統治者的反動行徑卻多處隱瞞，傾向性錯誤顯而易見。對此，連當時的南京國民政府人員都極爲不滿。1929年12月14日，故宮博物院院長易培基列舉了十九條理由，呈請政府下令禁止《清史稿》發行，其中有;反革命、蔑視先烈、稱揚諸遺老、鼓勵復辟、反對漢族、爲清朝諱等內容。
同時，由於《清史稿》是衆人編纂而成，編寫時彼此缺少照應，更因時局動盪，倉促成書，未經主編總閱審定便“隨修隨刻，不復有整理之暇”，過於粗陋。因此，體例不一，繁簡失當，史實之中也有不少錯誤。其實，這與趙爾巽的主導思想有關。因爲他把此書看做是“急就之章”，“並非視爲成書”，只是想以此作爲“大輅椎輪之先導”，對於書中所有疏略紕繆處，“敬乞海內諸君子切實糾正，以匡不逮，用爲後來修正之根據。”顯然，按其本意。《清史稿》只是類似現代的一部徵求意見稿。這樣，易培基所指責的“體例不合，人名先後不一致，一人兩傳，目錄與書不合，紀表傳志互不相合，有日無月，人名錯誤，泥古不化，簡陋，忽略”等謬誤也就成了先天性的問題。至於遺漏、顛倒、文理不通等現象更屬意料中事。
