《君九齡》中的女主角有很多個名字，其中楚九齡就是本名。楚九齡出身高貴，爲前太子的公主，後來太子被殺，新太子即位登基之後，楚九齡比許配給了陸雲旗。楚九齡一直覺得父親死得蹊蹺，在大婚當天知道了原來自己的父親竟然是新皇帝以及楚九齡聯手弄死的，爲了報殺父之仇，楚九齡選擇行刺謀殺。
皇帝身邊有這麼多人保護，楚九齡自然是謀殺失敗了。行刺失敗之後，楚九齡被關押在大牢裏面，陸雲旗知道了這件事，連夜打算去營救楚九齡，可惜楚九齡沒有活下去的想法，自己起火自殺了。
楚九齡再次醒來，發現自己音容全部改了，成爲了君蓁蓁。重新獲得一次性命，九齡格外珍惜，九齡知道自己不能像過去那樣魯莽了，她想要查清楚自己父親死亡的真相，想要保自己的姐姐弟弟安危，於是九齡就苦練醫術，利用前世學好的醫術，來到澤州，開醫館懸壺濟世。
朱瓚知道楚九齡自焚死亡，覺得事有蹊蹺，於是也前往澤州打算調查清楚。在澤州朱瓚與改頭換面的九嶺相遇，一開始的時候朱瓚對九齡很防備，認爲九齡並不簡單。但後來朱瓚發現九齡真的是非常善良，所以主動出手相助。九齡利用朱瓚的影響力建立了醫館，同時減少了很多騷擾。
陸雲旗在九齡死了之後，被安排娶九齡的姐姐楚九黎爲妻。可是陸雲旗是喜歡九齡，不然當初不會連夜趕回來救九齡。後來知道九齡還活着，想要納九齡爲妾。自然遭到了九齡的拒絕，知道九齡想要爲父親報仇，陸雲旗選擇回到新皇帝身邊，獲得他的信任後再幫助九齡，從而獲得九齡歡心。九齡最後的結局是幫助父親報了仇，也遇到了心愛的人，保全了自己的家人。
