自古以來，中國的婆媳關係都很複雜，在日常生活往往會出現失調的情況。畢竟兩代人之間，還是存在着很多差異的。而慈禧太后和孝哲毅皇后之間，不僅僅存在着婆媳之間的一般矛盾，還有其他原因，導致了兩人關係的不和。
與其說兩人之間的關係存在問題，不如說是慈禧太后一人對孝哲毅皇后看不慣。在孝哲毅皇后入宮之後，不僅時常看不慣，虐待孝哲毅皇后，甚至有的時候還出手干預她與同治帝之間的夫妻生活。而兩人關係不和，也不僅僅流傳在宮闈中，甚至廣爲人所知。以至於後來，孝哲毅皇后年紀輕輕，身體康健，卻與同治帝前後腳去世，給人們留下了很多的謎團。民間傳說，孝哲毅皇后之所以那麼年輕便死了，正是由慈禧太后逼迫所致。那麼問題就來了，慈禧太后到底爲什麼那麼討厭孝哲毅皇后呢?
首先是因爲孝哲毅皇后阿魯特氏，本來就不是慈禧太后相中的皇后。在給同治帝選擇皇后的時候，慈禧太后中意的是鳳秀之女，而不是崇綺之女。而阿魯特氏作爲崇綺之女，能當上皇后，是因爲慈安太后和同治帝同意的結果。在這方博弈中，很顯然慈禧太后是輸了。這一先決條件，就決定了孝哲毅皇后很難得到慈禧太后的喜愛。
其次孝哲毅皇后入宮之後，與同治帝夫妻生活幸福，同治帝時常與她待在一起。同治帝只有一個，孝哲毅皇后得到同治帝的寵愛，那麼勢必就會有其他人受到冷落。慈禧太后中意的皇后人選，鳳秀之女入宮之後，封了個慧妃。入宮之後，同治帝並不怎麼喜愛她，自然而然的便冷落了她。慈禧太后見孝哲毅皇后得到同治喜愛，而慧妃卻被冷落，心裏自然不痛快，對孝哲毅皇后的厭惡更深，以至於後來做出了干涉帝后生活的事情。
慈禧太后之所以討厭孝哲毅皇后，應該還有慈安太后的原因在。慈安太后在的時候，慈禧太后的確事事取得慈安太后的同意纔會去做。但這並不代表，慈禧太后真與慈安太后姐妹情深。後宮女人之間，天生就存在着不可調和的矛盾。
否則後來也不會流出，慈安太后是被慈禧太后害死的說法。而孝哲毅皇后是慈安太后欽定的皇后，是堂堂正正從紫禁城正門擡入的皇后，是正室。而慈禧太后是選秀入宮，從低階嬪妃慢慢升至如今的地位。雖然與慈安太后並尊太后，但東宮太后慈安太后因爲正妻的原因，地位遠高於慈禧，所以慈禧對於嫡庶想來還是有些計較的。
慈禧太后經常因爲一件小事，就處罰孝哲毅皇后。一般情況下，孝哲毅皇后都默默忍受，但有一次慈禧竟讓太監掌摑她。掌摑是清朝對女人最具侮辱性的刑罰，一般宮女都不會受這類刑罰。而孝哲毅皇后作爲一國之母，竟然要受此刑罰，自然不願，便說：”臣妾再怎麼也是個正宮皇后，沒有該掌嘴的理由!“
這話聽到慈禧耳裏，怎麼都不好聽。慈禧雖然現在貴爲太后，但她一生的遺憾，便是自己當年不是從大清門進宮，不曾當過皇后。因此，孝哲毅皇后的一番言語，讓慈禧太后覺得，是在諷刺和嘲笑自己不是從大清門進來的正宮皇后。聽了孝哲毅皇后這麼一番話，慈禧太后越發憎恨。
另一個原因，便在於孝哲毅皇后自身。孝哲毅皇后性格耿直，不善逢迎。因此雖然身邊的宮女太監，都勸她去討好慈禧，但她認爲自己只要行爲端正，便沒必要阿諛奉承，溜鬚拍馬。不討好也就算了，但因爲耿直的性格，孝哲毅皇后總會有意無意得罪慈禧，讓自己的處境更加艱難。
民國三十五年《世界日報》略載：”三十四年十二月清三陵被盜，一、同治惠陵，棺兩口。一同治，一陪妃，屍體俱面目如生。金棺前供桌上同治翠印一、金錶一。棺內外珠寶、玉翠、金屬等品，用麻袋裝出，再用香爐量分，金子約二十餘斤。“當時戰亂，盜墓猖獗。清代帝王的陵寢很多都遭受了劫難，而孝哲毅皇后更慘。因爲有她是吞金而亡的傳說，所以盜墓者將她肚腹剖開，將腸子捋了一遍，看有沒有金子。身前受慈禧虐待，死後屍身受辱，這位皇后的一生，實在可憐可嘆。
