雍正期間有兩件大案：年羹堯案、隆科多案，以往有種說法，年羹堯、隆科多都爲雍正篡位出了力，所以最後被殺人滅口，這個說法不對，隆科多確實捲入了繼位事變，可年羹堯沒有，康熙駕崩時，年羹堯正擔任川陝總督，並不在北京，當然，他配合皇上接管了允禵的兵權，但這並沒牽涉到見不得人的密謀，不存在殺人滅口的動機。
年羹堯確有軍事才幹，接管西北軍權後，他打了一次漂亮的戰爭，一舉平息青海叛亂，雍正給他寫的硃批極其肉麻，稱他爲“恩人”，什麼“朕實不知如何疼你，方有顏對天地神明也”，讓人覺得很失態。
清史學家孟森說雍正這麼“滿嘴胡柴”，必是心裏有鬼，其實這倒冤枉雍正了，雍正就是這種古怪性格，倒不一定是故意灌米湯想害誰，比如雍正誇起鄂爾泰來一樣肉麻：我關心你，比關心我的兒子還厲害;你跟我分手的時候，我都哭了，這又如何解釋?
雍正重用年羹堯，無非是想通過他掌控軍權，雍正剛執政時，官僚系統對他抱有一定敵意，雍正需要突出軍隊方面的力量，年羹堯平定青海後，雍正更以此武功壓制文官系統。
年羹堯凱旋迴朝時，雍正下令公卿大臣郊迎跪接，這種禮儀太出格了，史家大多認爲這是雍正要寵待年羹堯，其實他無非是想借此挫辱官僚系統，以軍方壓制他們而已，雍正這麼做的後遺症很大，他原本以爲年羹堯是藩邸舊人，自己可以完全控制，誰料年羹堯在政治上是個粗材，一被捧就忘乎所以，很快就有點尾大不掉的兆頭。
一開始，雍正並沒有意識到這一點，直到他親自接待了年羹堯，年羹堯凱旋迴朝，在北京待了一個多月，在此之前，幾乎可以肯定雍正沒有動殺年羹堯的心思，但此後兩人卻完全決裂，這一個多月裏，到底發生了什麼?史書記載含糊不清，但推測起來，大致是雍正發現了年羹堯難以控制，已經構成了危險。
年羹堯驕橫嗜殺，說起來也不算死得太冤枉，但雍正翻臉之快、羞辱對手之毒，也讓人有點恐懼，年羹堯臨死前寫的摺子像京巴一樣恭順可憐：“臣今日一萬分知道自己的罪了，若是主子天恩，憐臣悔罪，求主子饒了臣，臣年紀不老，留下這一個犬馬，慢慢地給主子效力”，雍正的回信是讓他自裁，還說：你要是有絲毫怨恨之心，就會永墮地獄，萬劫不得超生。
隆科多的情形和年羹堯不同，雍正登基後，一嘴一個舅舅，用起好詞來疊牀架屋買一贈五，“真正當代第一超羣拔類之稀有大臣”，但沒過多久，這個“稀有大臣”就捱了整，被永久拘禁在暢春園附近，最後死於禁所。
從史料中隱隱約約能看出，隆科多之死似乎和那天的事變有關，隆科多說自己像諸葛亮，白帝城託孤之日就是死期已至之時，雍正則翻舊賬，說他在先帝駕崩之日身上帶刀，而且隆科多犯了一個大忌，他拼命勸皇上整死允禩，但同時包庇允禩的黨羽，似乎想要藉機接管允禩的勢力，總體來看，隆科多的倒臺還是登基事件的餘波。
年、隆兩案處理起來很順利，但是對雍正的精神終究是一次打擊，尤其是年羹堯，當年捧得太高，忽然又變得十惡不赦要謀逆，這讓皇上的英明神武往哪裏擱?雍正自己也說“殊令朕愧見天下臣工”，但是好處也很明顯，雍正擡高軍事系統以壓制官僚系統後，又轉而用軟弱易控的嶽鍾琪取代了年羹堯，制服了軍事系統。
只可惜這個軍事系統雖對皇上俯首帖耳，但打仗卻變得不太靈光，雍正後期，清朝和準格爾汗國再次爆發戰爭，一路打下來很不順利，總體來說勝少敗多，最後戰爭只能不了了之。
