朱翊鈞的老師、萬曆第一任內閣首輔兼萬曆新政的策劃與執行人張居正過世後，萬曆十四年(1586年)十一月，朱翊鈞開始沉湎於酒色之中(一說是染上鴉片煙癮)，後因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。
萬曆十七年(1589年)，朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了“人滯於官”和“曹署多空”的現象。
萬曆十年(1582年)的三月，朱翊鈞就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九嬪”，而且，神宗在玩弄女色的同時，還玩弄小太監，當時宮中有10個長得很俊的太監，就是專門“給事御前，或承恩與上同臥起”，號稱“十俊”，所以，雒於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評，這與當初荒唐的武宗有一點類似。
至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了，他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配，爲了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處蒐括民財。
萬曆二十五年(1597年)，右副都御史謝傑批評朱翊鈞荒於政事，親政後政不如初：“陛下孝順父母、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節約開支、聽取意見、親人和賢人，都不能夠像當初一樣。”
以至於朱翊鈞在位中期以後，方入內閣的廷臣不知皇帝長相如何，于慎行、趙志皋、張位和沈一貫等四位國家重臣雖對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。
萬曆四十年(1612年)，南京各道御史上疏：“臺省空虛，那些致力於廢除掉，皇上深居二十多年，從來沒有一個接見大臣，天下將要淪陷的憂慮。”首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次，萬曆四十五年(1617年)十一月，“部、寺大官十缺六、七，風憲重地空署幾年，六科只剩下四個人，十三道只剩下五人。”
