統一六國後，商鞅變法時極力反對的各方面的學派、人才都紛紛來到秦國服務，可能秦始皇採用了“秦國特色的商鞅變法”，造成秦帝國各種迷信盛行，其中黃老道家、陰陽家，他們綜合儒、法、道諸家的學說，提出所謂“五德終始說”，尤其得到秦始皇的信任，秦始皇於是認爲秦是水德，周是火德，水能克火，因此秦得天下，從齊燕來的儒生方士們把儒家的“封禪”也作了改頭換面的修改，盛傳自古帝王莫不舉行封禪典禮。
同時他們又說海上有蓬萊、方丈、瀛洲三島，是神仙居住的地方，有“不死之藥”，服後便可“長生不老”，秦始皇聽了都很動心，幻想成爲“長生不老”的神仙，二十八年，齊人徐福等上書海上仙境之事，秦始皇於是派他徵發童男女數千人入海求仙人。
秦始皇於二十八年至三十一年(前219～前215)連續到東方沿海，江淮流域以及北邊等地巡遊，所到之處，無不刻石頌其功德。
三十二年秦始皇又使燕人盧生求羨門、高誓等仙人蹤跡，後來又使韓佟、侯公、石生求仙人不死之藥，對於秦始皇這種行爲，也有儒生表示勸諫的，博士齊人淳于越建議秦始皇仍實行分封自己的子弟爲諸侯的政策，秦始皇交給臣下討論，丞相李斯反對。
李斯的奏議促成了秦始皇帝下令焚書禁書，規定史書非秦紀皆燒之;非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家《論》者，悉詣守、尉雜燒之;有敢偶語《詩》、《書》者，棄市。
以古非今者，族;吏見知不舉者與同罪;令下三十日不燒，黥爲城旦;準保存者，醫藥卜筮種樹之書;若願學法令，則以吏爲師。
這時，徐福入海求仙，費以鉅萬計，終不得藥，始皇心裏已感到受騙，於是命令御史案問諸生，互相揭發牽連四百六十餘人，始皇下令把他們都在咸陽活埋，這就是著名的“坑儒”。
某些人認爲《史記》記載秦始皇坑殺的乃是術士，並不是儒生，但根據《史記·秦始皇本紀》記載秦始皇坑殺的人“皆誦法孔子”。
統一之後過七年之後，秦始皇開始在渭河南岸修建後世皆知的阿房宮(亦名朝宮，阿房爲其前殿名)，每年動用民工七十多萬人，而當時全國總人口不過2000萬。
阿房宮可以容納十萬人，在裏面運送酒菜要用車和馬才行，僅一個前殿的面積就達到了東西長693米，南北寬116米，臺基高達11.65米，上面可以坐上萬人。
但由中國社會科學院考古研究所和西安市文物保護考古所聯合組成的阿房宮考古隊，對阿房宮遺址進行的考古工作發現，阿房宮本來就沒有建成，秦朝此宮殿僅完成地基而已。
