明代文字獄主要集中在洪武年間和永樂之後幾年。而且除了方孝孺之慘烈外，其他文字獄規模並不大。持續時間也不算太久。對明朝整體實力影響不是很大。而清朝文字獄則是對中國文化傷筋動骨的摧殘了。明史案，南山集案，呂留良案，加上清初的科場案，哭廟案，奏銷案，前後持續了約一個半世紀。受刑文人遍及全國精英，若論明清皆有文字獄而視之如一，那可就是忽略了質變與量變的根本差別了。一個人判十年徒刑，出來仍能自立，生活，若判個五十年一百年，可就要絕後了。如果十年動亂不是七十年代中期及時結束，隨後及時恢復高考，再運動個幾十年的話，老一輩學者相繼謝世後，中國傳統學術可就要真絕了。
清以前，晚明的思想運動，王學左派、顧炎武、黃宗羲對明朝皇權提出的嚴厲的批評，並且有許多政策、學術上的建議和探索。在清朝士人眼中，這些人都成了無父無君之人。所以清朝這一個半世紀文字獄的殺戮，徹底扭轉了晚明以來的思想解放運動，而重新回到了極端皇權的時代。楊珍的《清朝皇位繼承製度》對清朝皇權的集中，有相當精彩的闡述，明朝雖然朱元璋廢相，而一度集大權於一身，皇權達到頂峯，其後皇權卻是不斷削弱的過程，內閣逐漸有相權之實。而清朝則從建國到乾隆，一直在不斷的強化皇權，直到在外國勢力的打擊下喪失部分主權後，皇權才逐漸削弱，而這個削弱也首先是因爲主權的喪失。這是非常值得思考的問題。絕對不是一句“清承明制不詳說”所能解釋的。清朝末年的思想解放與反思，是在外國思潮的影響下興起的，與明朝完全自發的思想解放與反思，價值完全不同。晚明的思想反思，說明中國傳統思想，在明朝制度下是可以自我修補的。而清朝的反思則直到外力衝擊才顯露出來，才說明了清朝政治高壓下，對思想的強有力控制。
本來清儒對明儒的反思後，走樸學的紮實之路，講求實證，學風非常正派大氣，顧炎武，黃宗羲爲清初學者起了個好頭。但是連續一個半世紀的文字獄，殺的士人緘口不敢談時事，講求實證的治學思想，無法在現實中實現，便埋頭故紙堆，雖然清儒有考據的巨大功勞，對中國學術全面的整理，但因爲無法在現實中有所發揮，而成了死學問。閻若璩的《古文尚書疏證》將晉以下視爲真理的《古文尚書》，一舉證明乃是晉人僞作。這絕對是巨大的成就，可以同意大利歷史學家瓦拉發現羅馬教皇擁有至高無上權力依據《君士坦丁獻土》文件爲僞造的成就比美。但在清代竟然對思想界沒有產生革命性的影響，而只引起考據學上的轟動。清儒學問成就雖高，卻於經世無一用。“萬馬齊喑究可哀”就是在乾嘉學派尚稱昌盛的時代發出，正是清朝連續的文化高壓下的結果。
明儒空疏而不讀書，清儒專注考據而不聯繫實際，恐怕纔是明清儒家學者兩代最大的弊端。明儒空疏實在不能講是他們讀四書五經讀的。而確實是八股文應該改革了。而清朝學者不聯繫實際的弊端，則確實是清朝文字獄的效果了。
