洪武十年以後，隨着朱元璋王朝的日漸鞏固，朱元璋考慮像宋太祖趙匡胤一樣剝奪原來武將功臣的軍權，直至把他們置之於死地，以此來確保江山不易主。
與此同時，昔日與朱元璋一同打天下的將領，也成了新王朝的顯貴。他們官封公侯，爵顯祿厚，在個個飛黃騰達之後，有的漸漸驕橫放縱起來。這正好給朱元璋誅殺他們提供了機會。
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朱元璋在加強了集權以後，又專門設立了皇帝的親軍體系“錦衣衛”組織，形成了歷史上有名的明代特務政治。因這些人員穿橘紅色服裝所以逐漸被稱爲錦衣衛。錦衣衛擁有緹騎數百人。朱元璋派自己的心腹做頭領，專門祕密偵察大小官吏的不公不法之事，並隨時向他報告。錦衣衛下設鎮撫司，設有專門的法庭、監獄，具有偵察、逮捕、審訊等大權。
胡惟庸是開國功臣李善長的女婿。他靠着李善長這個後臺當上了左丞相，在朝中大權獨攬，獨斷專行，官員升降、生殺大事，都自作主張;朝野內外的報告，凡對自己不利的全扣下來;想做官、升官的人，失意的功臣、武將，都奔走他的門下;收受金銀、絹帛、名馬、玩物不計其數。他網羅黨羽，培植親信，打擊異己。
胡惟庸如此胡作非爲，朱元璋早有耳聞，決心除掉胡惟庸，以鞏固江山統治。一天，胡惟庸的兒子乘馬車在南京城裏招搖過市，不小心從車上跌下摔死了，胡惟庸判車伕抵命。朱元璋知道後，非要胡惟庸償命不可，胡惟庸不從。這天，朱元璋突發御林軍逮捕胡惟庸，將其抄家滅族。
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胡惟庸被誅後，朱元璋借題發揮，命錦衣衛偵察百官，將那些行爲跋扈的、心懷不滿的、危及皇家統治的，統統羅織爲胡黨罪犯，處死抄家。因爲胡惟庸案株連，共殺掉了官員近3萬人，連位居“勳臣第一”、77 歲的李善長及全家70 多口人也一起被殺。
徐達曾被朱元璋列爲開國第一功臣，他因生背疽，醫生說這病最忌吃蒸鵝。可偏偏朱元璋在他病重時賜蒸鵝給他吃。徐達知道這是朱元璋不想讓他活下去了，但君命難違，徐達最後涕淚交流之下，當着內侍的面把朱元璋所賜的燒鵝全數吃完。但是吃燒鵝不一定就會死，徐達怕活着受罪，就服毒自盡了。這年是洪武十八年(1384年)，徐達去世時年54歲。
開國大將藍玉藍玉作戰勇敢，立有赫赫戰功，官封涼國公。他自恃功勞大，恃勢橫暴，私蓄奴婢、假子有數千人之多，還到處敲詐勒索，霸佔民田。百姓向御史告狀，御史官依法提審，藍玉竟命人將御史亂棍打走。朝廷明令禁販私鹽，他卻令家人進行走私活動。
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公元1393 年，朱元璋以藍玉謀反之名，派出錦衣衛親軍將藍玉逮捕。藍玉被砍頭，並抄斬三族。凡與藍玉有接觸的朝臣、列侯均坐黨夷滅。藍玉案先後誅殺一萬五千人，把軍隊中功高位顯的元勳宿將，幾乎一網打盡。
除藍玉外，所剩無幾的功臣也先後被以各種罪名賜死、鞭死或砍頭。功臣馮勝、傅友德、廖永忠、朱亮祖等也因失寵，先後被處死。
