鳳翔節度使李茂貞自恃有功，驕橫無禮，給唐昭宗李曄上書出言不遜。李曄非常氣憤，就下決心發兵討伐李茂貞。他命令門下侍郎同平章事杜讓能掌管征討事宜。
杜讓能勸諫說：“陛下剛即位不久，天下也不太平。鳳翔離長安這麼近，萬一不能消滅李茂貞，就會結下怨仇，那時，陛下將追悔莫及。”
李曄說：“現在皇室的地位越來越低，朝廷的號令只限於京都。朕可不想成爲逆來順受、任人擺佈的皇帝。杜卿只管爲朕徵調軍隊，籌措糧餉，朕自會委派諸王統領軍隊。這次討伐，無論成敗，朕保證不追究杜卿的任何責任。”
杜讓能還是有些擔心，他說：“陛下既然決定興兵，應該讓滿朝文武大臣都出力獻策，不應當只用臣一個人。”
李曄見杜讓能一再推託，有些不快，他說：“杜卿身爲宰相，應該與朕同甘共苦，怎麼遇事就想逃避責任呢?”
杜讓能不禁流下眼淚，說：“臣並不想逃避責任，只是擔心在目前的形勢下，陛下的大事難以成功，將來臣難免會像漢景帝時的晁錯一樣，白白斷送了性命。不過，既然陛下委臣以重擔，臣只能以死相報。”
李曄讓杜讓能留在中書省，籌劃調度出兵的事宜。杜讓能終日勞碌，一個多月沒有回家。
兵部侍郎同平章事崔昭緯暗中與李茂貞相互勾結。杜讓能早晨說一句話，晚上李茂貞就會知道。李茂貞掌握了朝廷討伐他的所有安排，就指使他的黨羽蠱惑長安市民，讓他們攔住了觀軍容使西門君遂的轎子，說：“李大帥沒有罪，不應當興兵討伐他，從而讓百姓遭受戰禍。”
西門君遂說：“這是宰相們的事，跟我有什麼關係呢!”
於是，這羣人又攔住崔昭緯和中書侍郎同平章事鄭延昌的轎子說：“李大帥有什麼罪，你們給主上出主意，叫主上征討他。”
兩人回答說：“這件事，主上全權委託杜讓能，我們根本不知道。”
市民們怒氣衝衝地撿起磚頭瓦塊亂投亂砸，崔昭緯和鄭延昌嚇得抱頭躲進附近的居民家中，官印和朝服都丟了。
李曄得知市民鬧事，認爲這一定是李茂貞主使的，因而，出兵征討李茂貞的決心更加堅定。893年(唐昭宗景福二年)八月，李譁任命覃王李嗣周爲京西招討使，率兵出征。並任命中書侍郎同平章事徐彥若爲鳳翔節度使，讓他取代李茂貞。
九月初十，李嗣周帶領三萬禁軍護送徐彥若去風翔赴任，路過興平，駐紮下來。李茂貞聯合那寧節度使王行瑜，合兵六萬，駐紮在周至，做好抗擊的準備。
李嗣周的禁軍都是剛剛招募來的新兵。而李茂貞、王行瑜的部下則都是身經百戰的邊防將土。九月十七日，李茂貞、王行瑜進軍興平，禁軍還未交戰就被敵軍的氣勢嚇倒，四散潰逃。李茂貞、王行瑜乘勢進攻三橋，長安受到震動，官吏、市民如驚弓之鳥爭相奔逃。數不清的百姓跪在皇宮門前，請求誅殺倡議發兵的那些宰相和官員。崔昭緯乘機陷害杜讓能，祕密給李茂貞送信說：“這次出兵本不是主上的主意，都是那個杜讓能唆使的。”
九月十九日，李茂貞在長安城西的臨皋驛陳兵，並上書李曄，歷數杜讓能的罪行，請求誅殺杜讓能。杜讓能對李譁說：“臣已有言在先，請陛下懲處臣來平息戰事吧。”
李曄無奈，只好下詔處死杜讓能。
